elastis

Selamat datang di elastix: kotak peralatan untuk registrasi gambar yang kaku dan tidak kaku.

elastix adalah perangkat lunak sumber terbuka, berdasarkan Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK) yang terkenal. Perangkat lunak ini terdiri dari kumpulan algoritme yang biasa digunakan untuk melakukan registrasi gambar (medis): tugas menemukan transformasi spasial, memetakan satu gambar (gambar diam ) ke gambar lain (gambar bergerak ), dengan mengoptimalkan metrik kemiripan gambar yang relevan. . Desain modular elastix memungkinkan pengguna dengan cepat mengonfigurasi, menguji, dan membandingkan berbagai metode registrasi untuk aplikasi tertentu. Antarmuka baris perintah memungkinkan pemrosesan otomatis kumpulan data dalam jumlah besar, melalui skrip. Saat ini elastix disertai dengan ITKElastix sehingga tersedia dalam Python (di Pypi) dan SimpleElastix, membuatnya tersedia dalam bahasa seperti C++, Python, Java, R, Ruby, C# dan Lua. Gambar buruh pelabuhan dari versi elastix terbaru juga tersedia di dockerhub. Beberapa plugin tersedia bagi mereka yang ingin menggunakan fungsionalitas elastix dalam antarmuka pengguna grafis, antara lain plugin napari dan 3Dslicer.

Penulis

Pengembang utama elastix adalah Stefan Klein dan Marius Staring. Perangkat lunak ini awalnya dikembangkan di Image Sciences Institute, di bawah pengawasan Josien PW Pluim. Saat ini sudah banyak yang berkontribusi pada elastix.

Jika Anda menggunakan perangkat lunak ini di mana pun, kami akan sangat menghargai jika Anda mengutip artikel berikut:

• S. Klein, M. Staring, K. Murphy, MA Viergever, JPW Pluim, "elastix: kotak peralatan untuk registrasi citra medis berbasis intensitas," IEEE Transactions on Medical Imaging, vol. 29, tidak. 1, hal. 196 - 205, Januari 2010. unduh doi
• DP Shamonin, EE Bron, BPF Lelieveldt, M. Smits, S. Klein dan M. Staring, "Pendaftaran Gambar Paralel Cepat pada CPU dan GPU untuk Klasifikasi Diagnostik Penyakit Alzheimer", Frontiers in Neuroinformatics, vol. 7, tidak. 50, hlm. 1-15, Januari 2014. unduh doi

Komponen spesifik elastix dibuat oleh banyak orang; Kutipan yang relevan dapat ditemukan di sini. Selain itu, Anda dapat menggunakan pengidentifikasi elastix DOI dari Zenodo untuk merujuk pada rilis perangkat lunak tertentu: https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.13366181

Informasi lebih lanjut

Informasi lebih lanjut, termasuk manual ekstensif dan model kebun binatang, dapat ditemukan di wiki

Tutorial interaktif tersedia di buku catatan Jupyter.

Anda juga dapat berlangganan milis untuk mengajukan pertanyaan. Informasi tentang berkontribusi pada elastix dapat ditemukan di sini.