jcvi

JCVI: Perangkat Serbaguna untuk Analisis Genomik Komparatif

Kumpulan pustaka Python untuk mengurai file bioinformatika, atau melakukan komputasi terkait perakitan, anotasi, dan genomik komparatif.

Penulis	Haibao Tang (tanghaibao)
	Vivek Krishnakumar (vivekkrish)
	Xingtan Zhang (tangerzhang)
	Won Cheol Yim (wyim-pgl)
E-mail	[email protected]
Lisensi	BSD

Cara mengutip

Tip

JCVI sekarang diterbitkan di iMeta!

Tang dkk. (2024) JCVI: Perangkat Serbaguna untuk Analisis Genomik Komparatif. iMeta

Isi

Modul berikut tersedia sebagai metode penanganan Bioinformatika generik.

• algoritma

  • Pemecah pemrograman linier dengan SCIP dan GLPK.
  • Supermap: temukan kumpulan jangkar yang tidak tumpang tindih dalam keluaran BLAST atau NUCMER.
  • Urutan kenaikan terpanjang atau terberat.
  • Operasi matriks.

• aplikasi

  • Aksesi GenBank entrez, pengunduh Phytozome, Ensembl dan SRA.
  • Hitung tingkat substitusi (non) sinonim antara pasangan gen.
  • Konstruksi dasar pohon filogenetik menggunakan PHYLIP, PhyML, atau RAxML, dan visualisasi.
  • Pembungkus untuk BLAST+, LASTZ, LAST, BWA, BOWTIE2, CLC, CDHIT, CAP3, dll.

• format

  Saat ini mendukung format .ace (phrap, cap3, dll.), .agp (goldenpath), format .bed , output .blast , format .btab , format .coords (output nucmer ), format .fasta , format .fastq , .fpc format, format .gff , format obo (ontologi), format .psl (UCSC blat, GMAP, dll.), format .posmap (keluaran assembler Celera), format .sam (pemetaan baca), format .contig (format perakitan TIGR), dll.

• grafis

  • BLAST atau plot titik sintaksis.
  • Histogram menggunakan seni R dan ASCII.
  • Melukis daerah pada kumpulan kromosom.
  • Plot makro-sintetik dan mikro-sintetik.

• utilitas

  • Kerapu dapat digunakan sebagai struktur data himpunan yang terpisah.
  • range berisi operasi rentang umum, seperti tumpang tindih dan rangkaian.
  • Aneka resep buku masak, dekorator iterator, utilitas meja.

Lalu ada modul yang berisi metode khusus domain.

• perakitan

  • Analisis histogram K-mer.
  • Persiapan dan validasi jalur ubin untuk rakitan berbasis klon.
  • Perancah melalui ALLMAPS, peta optik dan peta genetik.
  • Prosedur QC sebelum perakitan dan pasca perakitan.

• anotasi

  • Pelatihan prediktor gen ab initio .
  • Hitung statistik gen, ekson dan intron.
  • Pembungkus untuk PASA dan EVM.
  • Luncurkan beberapa proses MAKER.

• membandingkan

  • Filter BLAST berbasis skor-C.
  • Pemindaian synteny (de-novo) dan angkat (temukan jangkar terdekat).
  • Rekonstruksi genom leluhur menggunakan metode Sankoff dan PAR.
  • Pencari duplikat gen ortolog dan tandem.

Aplikasi

Silakan kunjungi wiki untuk aplikasi lengkap.

Ketergantungan

Berikut adalah daftar paket python pihak ketiga yang digunakan oleh beberapa rutinitas di perpustakaan. Ketergantungan ini tidak wajib karena hanya digunakan oleh beberapa modul.

• Biopython
• numpy
• matplotlib

Ada modul Python lain di sana-sini dalam berbagai skrip. Cara terbaik adalah menginstalnya melalui pip install ketika Anda melihat ImportError .

Instalasi

Cara termudah adalah menginstalnya melalui PyPI:

 pip install jcvi

Untuk menginstal versi pengembangan:

 pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git

Alternatifnya, jika Anda ingin menginstal secara manual:

 cd ~/code  # or any directory of your choice
git clone git://github.com/tanghaibao/jcvi.git
pip install -e .

Selain itu, beberapa modul mungkin menanyakan lokasi program eksternal, jika perluasan tidak dapat ditemukan di PATH Anda. Program eksternal yang sering digunakan adalah:

• alat Kent
• ALAT TIDUR
• MENATAH

Sebagian besar skrip dalam paket ini berisi banyak tindakan. Untuk menggunakan contoh fasta :

 Usage:
    python -m jcvi.formats.fasta ACTION


Available ACTIONs:
          clean | Remove irregular chars in FASTA seqs
           diff | Check if two fasta records contain same information
        extract | Given fasta file and seq id, retrieve the sequence in fasta format
          fastq | Combine fasta and qual to create fastq file
         filter | Filter the records by size
         format | Trim accession id to the first space or switch id based on 2-column mapping file
        fromtab | Convert 2-column sequence file to FASTA format
           gaps | Print out a list of gap sizes within sequences
             gc | Plot G+C content distribution
      identical | Given 2 fasta files, find all exactly identical records
            ids | Generate a list of headers
           info | Run `sequence_info` on fasta files
          ispcr | Reformat paired primers into isPcr query format
           join | Concatenate a list of seqs and add gaps in between
     longestorf | Find longest orf for CDS fasta
           pair | Sort paired reads to .pairs, rest to .fragments
    pairinplace | Starting from fragment.fasta, find if adjacent records can form pairs
           pool | Pool a bunch of fastafiles together and add prefix
           qual | Generate dummy .qual file based on FASTA file
         random | Randomly take some records
         sequin | Generate a gapped fasta file for sequin submission
       simulate | Simulate random fasta file for testing
           some | Include or exclude a list of records (also performs on .qual file if available)
           sort | Sort the records by IDs, sizes, etc.
        summary | Report the real no of bases and N's in fasta files
           tidy | Normalize gap sizes and remove small components in fasta
      translate | Translate CDS to proteins
           trim | Given a cross_match screened fasta, trim the sequence
      trimsplit | Split sequences at lower-cased letters
           uniq | Remove records that are the same

Maka Anda perlu menggunakan satu tindakan, Anda cukup melakukan:

 python -m jcvi.formats.fasta extract

Ini akan memberi tahu Anda opsi dan argumen yang diharapkan.

Jangan ragu untuk memeriksa skrip lain dalam paket, ini bukan hanya untuk FASTA.

Sejarah Bintang