Repositori ini menyajikan alur kerja komputasi untuk menghitung dan mengkarakterisasi semua iModulon untuk organisme yang dipilih. Ini terjadi dalam lima langkah:
iModulon adalah kelompok gen yang dimodulasi secara independen dan dihitung melalui Analisis Komponen Independen (ICA) dari kumpulan data ekspresi gen. Untuk mempelajari lebih lanjut tentang iModulons atau menjelajahi iModulons yang diterbitkan, kunjungi iModulonDB atau lihat publikasi kami untuk Escherichia coli , Staphylococcus aureus , atau Bacillus subtilis .
Di sini, kami memperkenalkan konsep Modulom untuk suatu organisme, yang merupakan kumpulan semua iModulon yang dapat dihitung untuk organisme tersebut berdasarkan data RNA-seq yang tersedia untuk umum. Pipeline komputasi menyediakan alur kerja langkah demi langkah untuk menghitung Modulome untuk Bacillus subtilis .
Kami telah menyediakan container Docker yang sudah dibuat sebelumnya dengan semua perangkat lunak yang diperlukan.
Untuk memulai, instal Docker dan Nextflow.
Anda juga dapat menjalankan setiap program secara lokal, dengan semua persyaratan tercantum dalam file conda environment.yml . Untuk Langkah 5 (Karakter iModulon), instal tambahan pymodulon.
Silakan kutip makalah berikut: iModulonMiner dan PyModulon: Perangkat lunak untuk penambangan ringkasan ekspresi gen tanpa pengawasan
