seqkit

SeqKit - toolkit lintas platform dan ultracepat untuk manipulasi file FASTA/Q

• Coba SeqKit di browser Anda (Tutorial dan Latihan disediakan oleh sandbox.bio)

• Dokumen: http://bioinf.shenwei.me/seqkit ( Penggunaan , FAQ , Tutorial , dan Tolok Ukur )

• Kode sumber: https://github.com/shenwei356/seqkit

• Versi terbaru:

• Silakan kutip: ,

• Yang lain :

Fitur

• Mudah dipasang (unduh)

• Menyediakan binari yang dapat dieksekusi yang terhubung secara statis untuk berbagai platform (Linux/Windows/macOS, amd64/arm64)

• Ringan dan out-of-the-box, tanpa ketergantungan, tanpa kompilasi, tanpa konfigurasi

• conda install -c bioconda seqkit

• Mudah digunakan

• Ultrafast (lihat detail teknis dan benchmark)

• Mengurai format FASTA dan FASTQ dengan mulus

• Mendukung ( gzip / xz / zstd / bzip2 terkompresi) STDIN/STDOUT dan file input/output, mudah diintegrasikan dalam pipa

• Hasil yang dapat direproduksi (benih rand yang dapat dikonfigurasi dalam sample dan shuffle )

• Mendukung ID urutan khusus melalui ekspresi reguler

• Mendukung pelengkapan otomatis Bash/Zsh

• Perintah serbaguna (penggunaan dan contoh)

• Fungsi praktis didukung oleh 38 subperintah

Instalasi

Buka Halaman Unduhan untuk opsi unduhan dan log perubahan lainnya, atau instal melalui conda:

conda install -c bioconda seqkit

Sub-perintah

Kategori	Memerintah	Fungsi	Masukan	Sensitivitas untaian	Multi-utas
Operasi dasar	seq	Ubah urutan: ekstrak ID/seq, filter berdasarkan panjang/kualitas, hilangkan celah…	CEPAT/Q
	statistik	Statistik sederhana: #seqs, min/max_len, N50, Q20%, Q30%…	CEPAT/Q		✓
	selanjutnya	Dapatkan urutan selanjutnya berdasarkan wilayah/gtf/tempat tidur, termasuk urutan mengapit	CEPAT/Q	+ atau/dan -
	geser	Ekstrak selanjutnya di jendela geser	CEPAT/Q	+ saja
	faidx	Buat file indeks FASTA dan ekstrak selanjutnya (dengan lebih banyak fitur daripada samtools faidx)	CEPAT	+ atau/dan -
	menerjemahkan	menerjemahkan DNA/RNA ke urutan protein	CEPAT/Q	+ atau/dan -
	jam tangan	Pemantauan dan histogram online fitur urutan	CEPAT/Q
	Husy	Penggabungan dan streaming file fastx secara real-time	CEPAT/Q		✓
Konversi format	fq2fa	Ubah format FASTQ ke FASTA	Q CEPAT
	fx2tab	Konversikan FASTA/Q ke format tabel	CEPAT/Q
	fa2fq	Ambil catatan FASTQ yang sesuai dengan file FASTA	CEPAT/Q	+ saja
	tab2fx	Ubah format tabel menjadi format FASTA/Q	TSV
	mengubah	Konversi pengkodean kualitas FASTQ antara Sanger, Solexa dan Illumina	CEPAT/Q
Mencari	memahami	Pencarian urutan berdasarkan ID/nama/urutan/motif urutan, ketidakcocokan diperbolehkan	CEPAT/Q	+ dan -	sebagian, -m
	menemukan	Temukan urutan/motif, ketidakcocokan diperbolehkan	CEPAT/Q	+ dan -	sebagian, -m
	amplikon	Ekstrak amplikon (atau wilayah tertentu di sekitarnya), ketidakcocokan diperbolehkan	CEPAT/Q	+ dan -	sebagian, -m
	ikan	Carilah urutan pendek dalam urutan yang lebih besar	CEPAT/Q	+ dan -
Atur operasi	mencicipi	Urutan sampel berdasarkan nomor atau proporsi	CEPAT/Q
	rmdup	Hapus urutan duplikat berdasarkan ID/nama/urutan	CEPAT/Q	+ dan -
	umum	Temukan urutan umum beberapa file berdasarkan id/nama/urutan	CEPAT/Q	+ dan -
	duplikat	Urutan duplikat sebanyak N kali	CEPAT/Q
	membelah	Pisahkan urutan menjadi file berdasarkan id/seq wilayah/ukuran/bagian (terutama untuk FASTA)	FASTA lebih disukai
	perpecahan2	Pisahkan urutan menjadi file berdasarkan ukuran/bagian (FASTA, PE/SE FASTQ)	CEPAT/Q
	kepala	Cetak catatan N FASTA/Q pertama	CEPAT/Q
	genom kepala	Cetak urutan genom pertama dengan awalan umum pada namanya	CEPAT/Q
	jangkauan	Cetak catatan FASTA/Q dalam suatu rentang (mulai:akhir)	CEPAT/Q
	pasangan	Memperbaiki pembacaan berpasangan dari dua file fastq	CEPAT/Q
Sunting	mengganti	Ganti nama/urutan dengan ekspresi reguler	CEPAT/Q	+ saja
	ganti nama	Ganti nama ID duplikat	CEPAT/Q
	pertemuan	Gabungkan urutan dengan ID yang sama dari beberapa file	CEPAT/Q	+ saja
	memulai kembali	Atur ulang posisi awal untuk genom sirkular	CEPAT/Q	+ saja
	mengubah	Edit urutan (mutasi titik, penyisipan, penghapusan)	CEPAT/Q	+ saja
	sana	Sanitasi file FASTQ satu baris yang rusak	Q CEPAT
Pemesanan	menyortir	Urutkan urutan berdasarkan id/nama/urutan/panjang	FASTA lebih disukai
	acak	Urutan acak	FASTA lebih disukai
Pemrosesan BAM	bam	Pemantauan dan histogram online fitur rekaman BAM	BAM
Aneka ragam	jumlah	Hitung intisari pesan untuk semua urutan dalam file FASTA/Q	CEPAT/Q		✓
	gabungan-slide	Gabungkan jendela geser yang dihasilkan dari geser seqkit	TSV

Catatan:

• Sensitivitas untaian:

• + only : hanya memproses pada untai positif/maju.

• + and - : mencari di kedua untaian.

• + or/and - : bergantung pada tanda/opsi/argumen pengguna.

• Multi-thread: Menggunakan 4 thread default cukup cepat untuk sebagian besar perintah, beberapa perintah bisa mendapatkan keuntungan dari thread tambahan.

Kutipan

1. Wei Shen*, Botond Sipos, dan Liuyang Zhao. 2024. SeqKit2: Pisau Swiss Army untuk Pemrosesan Urutan dan Penyelarasan. iMeta e191. doi:10.1002/imt2.191.

2. Wei Shen, Shuai Le, Yan Li*, dan Fuquan Hu*. SeqKit: toolkit lintas platform dan ultracepat untuk manipulasi file FASTA/Q. PLOS SATU . doi:10.1371/journal.pone.0163962.

Kontributor

• Wei Shen

• Botond Sipos: bam , scat , fish , sana , watch .

• yang lain

Ucapan Terima Kasih

Kami berterima kasih kepada semua pengguna atas masukan dan saran mereka yang berharga. Kami berterima kasih kepada semua kontributor karena telah menyempurnakan kode dan dokumentasinya.

Kami menghargai Klaus Post atas paket fantastisnya (kompres dan pgzip) yang mempercepat pembacaan dan penulisan file gzip.

Kontak

Buat masalah untuk melaporkan bug, mengusulkan fungsi baru, atau meminta bantuan.

Lisensi

Lisensi MIT

diagram bintang