pbbam

pbbam

Pada rilis SMRTanalisis 3.0, PacBio menggunakan format BAM standar industri untuk file data panggilan dasar (baik yang selaras maupun tidak selaras). Kami juga telah memformulasikan format file pendamping BAM (bam.pbi) yang memungkinkan akses cepat ke kumpulan informasi per-baca yang lebih kaya serta kompatibilitas untuk perangkat lunak yang dibangun berdasarkan format cmp.h5 lama.

Paket perangkat lunak pbbam menyediakan komponen untuk membuat, menanyakan, & mengedit file PacBio BAM dan indeks terkait. Komponen ini mencakup pustaka C++ inti, pengikatan untuk bahasa tambahan, dan utilitas baris perintah.

Tersedianya

pbbam terbaru dapat diinstal melalui paket bioconda pbbam .

Silakan merujuk ke halaman resmi pbbioconda kami untuk informasi tentang Instalasi, Dukungan, Lisensi, Hak Cipta, dan Penafian.

Catatan:

Pustaka ini tidak dimaksudkan untuk digunakan sebagai utilitas BAM tujuan umum - semua BAM input & output harus mematuhi spesifikasi format PacBio BAM. BAM non-PacBio akan menyebabkan pengecualian.

Dokumentasi

• Beranda Dokumentasi

  • Memulai
  • Referensi API C++

• log perubahan

Pertanyaan Umum

Membantu! Saya mendapatkan "kombinasi kimia pengurutan yang tidak didukung"!

pbbam memvalidasi semua file BAM, dan sebagai bagian dari validasi ini, pbbam memeriksa apakah variabel BindingKit dan SequencingKit di setiap ReadGroup dari file BAM yang disediakan diketahui. Sebagai bagian dari pengembangan kimia yang sedang berlangsung, kita mungkin perlu memperkenalkan nomor komponen baru untuk mengidentifikasi reagen baru dan/atau Sel SMRT. Kemungkinan besar Anda tidak akan mengalami masalah seperti itu saat menggunakan SMRT Link, karena SMRT Link memiliki pembaru otomatis terintegrasi yang secara berkala akan memeriksa dan menginstal kimia baru secara otomatis. Semua alat PacBio yang digunakan tanpa instalasi SMRT Link yang tepat akan memerlukan intervensi manual untuk mengunduh bahan kimia baru:

 cd < some persistent dir >
export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR= " ${PWD} "

wget https://raw.githubusercontent.com/PacificBiosciences/pbcore/develop/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml -O chemistry.xml

Hal ini akan menyebabkan pbbam mencoba memuat chemistry.xml out-of-band dari SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR dan memungkinkan Anda menggunakan perangkat lunak yang lebih lama dengan BAM yang lebih baru. Catatan: ini hanya memungkinkan validasi internal pbbam lolos, ini tidak akan secara otomatis membuat perangkat lunak lain yang bergantung pada kimia bekerja dengan kimia yang lebih baru. Misalnya, backend Arrow (Unanimity) juga diparametrikan pada kimia, dan akan gagal jika kimia yang benar-benar baru diperkenalkan. Lihat FAQ Unanimity tentang cara menggunakan SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR untuk memuat model kimia baru.

Lisensi

• Lisensi sumber terbuka PacBio

PENAFIAN

SITUS WEB DAN KONTEN INI DAN SELURUH LAYANAN TERKAIT SITUS, TERMASUK DATA APA PUN, DISEDIAKAN "SEBAGAIMANA ADANYA", DENGAN SEMUA KESALAHAN, TANPA PERNYATAAN ATAU GARANSI DALAM BENTUK APA PUN, BAIK TERSURAT MAUPUN TERSIRAT, TERMASUK, NAMUN TIDAK TERBATAS PADA, JAMINAN APAPUN DARI KELAYAKAN UNTUK DIPERDAGANGKAN, KEPUASAN KUALITAS, TIDAK ADA PELANGGARAN, ATAU KESESUAIAN UNTUK TUJUAN TERTENTU. ANDA BERTANGGUNG JAWAB DAN RISIKO TOTAL ATAS PENGGUNAAN SITUS INI, SEMUA LAYANAN TERKAIT SITUS, DAN SITUS WEB ATAU APLIKASI PIHAK KETIGA. INFORMASI ATAU SARAN LISAN ATAU TERTULIS TIDAK DAPAT MENJADI JAMINAN APA PUN. REFERENSI APA PUN TERHADAP PRODUK ATAU LAYANAN TERTENTU PADA SITUS WEB TIDAK MERUPAKAN ATAU MENYIARKAN REKOMENDASI ​​ATAU DUKUNGAN OLEH PACIFIC BIOSCIENCES.