sel2tcr

Cell2TCR adalah alat untuk inferensi motif reseptor sel T (TCR). Motif TCR menggambarkan sekelompok TCR dengan kesamaan urutan yang cukup untuk mengenali epitop yang sama.

Memulai

Lihat contoh penggunaan di cell2tcr.ipynb.

Instalasi

1. Buat lingkungan conda baru

 conda create --name cell2tcr_env python=3.10
conda activate cell2tcr_env

2. Instal Cell2TCR dari Github

git clone https://github.com/Teichlab/cell2tcr.git
cd cell2tcr
pip install .

3. Opsional: Tambahkan kernel untuk digunakan di notebook Jupyter

 python -m ipykernel install --user --name cell2tcr_env

Tantangan manusia terhadap SARS-CoV-2 mengungkap dinamika respons lokal dan sistemik

Diterbitkan di Alam 19.06.2024

Rik GH Lindeboom*, Kaylee B. Worlock*, Lisa M. Dratva, Masahiro Yoshida, David Scobie, Helen R. Wagstaffe, Laura Richardson, Anna Wilbrey-Clark, Josephine L. Barnes, Lorenz Kretschmer, Krzysztof Polanski, Jessica Allen-Hyttinen , Puja Mehta, Dinithi Sumanaweera, Jacqueline M. Boccacino, Waradon Sungnak, Rasa Elmentaite, Ni Huang, Lira Mamanova, Rakesh Kapuge, Liam Bolt, Elena Prigmore, Ben Killingley, Mariya Kalinova, Maria Mayer, Alison Boyers, Alex Mann, Leo Swadling , Maximillian NJ Woodall, Samuel Ellis, Claire M. Smith, Vitor H. Teixeira, Sam M. Janes, Rachel C. Chambers, Muzlifah Haniffa, Andrew Catchpole, Robert Heyderman, Mahdad Noursadeghi, Benny Chain, Andreas Mayer, Kerstin B. Meyer , Christopher Chiu, Marko Z. Nikolić† & Sarah A. Teichmann†