AAV

AAV

Terakhir Diperbarui: 05/03/2024

Penafian

REPOSITORI INI SUDAH UANG DAN TIDAK AKAN DIPERTAHANKAN LAGI

Ini adalah gudang pribadi untuk menganalisis data pengurutan AAV PacBio yang sudah lama dibaca. Kode sumber terbuka sekarang dipelihara dan dikembangkan di repo LAAVA FormBio. Silakan kunjungi LAAVA untuk mendapatkan basis kode terbaru! Terima kasih!

Prasyarat

• ular piton 3.7
• R

Perpustakaan Python diperlukan:

• pysam

Paket R diperlukan:

• ggplot2
• dplyr
• jaringan
• gridEkstra

Instalasi

Anda dapat langsung mendownload/mengkloning repo untuk menggunakan skrip secara langsung.

 $ git clone https://github.com/Magdoll/AAV.git

Anda dapat menginstal dependensi Anda sendiri atau menggunakan salah satu opsi berbasis conda berikut.

Opsi1: Gunakan Conda dan instal prasyarat satu per satu

 conda install -c bioconda pysam
conda install -c r ggplot2
conda install -c r dpylr
conda install -c r grid
conda install -c r gridExtra

Opsi2: Gunakan Conda dengan yml

Misalkan Anda telah menginstal anaconda dan binernya ada di $HOME/anaCogentPy37/bin . Anda akan menambahkan biner ke $PATH dan membuat lingkungan conda baru bernama AAV.env .

 $ export PATH=$HOME/anaCogentPy37/bin:$PATH
$ conda env create -f AAV.conda_env.yml
$ source activate AAV.env

Pada titik ini prompt akan berubah menjadi (AAV.env) $

Penggunaan

Silakan baca tutorial AAV