Unduhan SEMUT - Unduhan kode sumber SEMUT

SEMUT

Kode sumber lainnya

Gracilidris

Unduh

Alat Normalisasi Tingkat Lanjut (ANTs) adalah pustaka C++ yang tersedia melalui baris perintah yang menghitung pemetaan dimensi tinggi untuk menangkap statistik struktur dan fungsi otak. Hal ini memungkinkan seseorang untuk mengatur, memvisualisasikan, dan mengeksplorasi secara statistik kumpulan gambar biomedis yang besar. Selain itu, ia mengintegrasikan modalitas pencitraan dalam ruang + waktu dan bekerja lintas spesies atau sistem organ dengan penyesuaian minimal.

Pustaka ANTs dianggap sebagai perangkat registrasi dan segmentasi citra medis canggih yang bergantung pada Insight ToolKit, pustaka pemrosesan citra medis yang banyak digunakan dan disumbangkan oleh pengembang ANTs. Alat yang berhubungan dengan ANT juga telah memenangkan beberapa kompetisi internasional yang tidak memihak seperti MICCAI, BRATS, dan STACOM.

Dimungkinkan untuk menggunakan ANT di R (ANTsR) dan Python (ANTsPy), dengan fungsionalitas tambahan untuk pembelajaran mendalam di R (ANTsRNet) dan Python (ANTsPyNet). Pustaka ini membantu mengintegrasikan ANT dengan ekosistem R/Python yang lebih luas.

Instalasi

Tautan cepat: unduh binari | membangun dari sumber | buruh pelabuhan | conda.

Biner yang telah dikompilasi sebelumnya

Cara termudah untuk menginstal ANT adalah dengan mengunduh binari terbaru di halaman Rilis. Unduh rilis terbaru di bagian "Aset", lalu unzip arsipnya. Selanjutnya, tambahkan perpustakaan ANTs ke PATH Anda:

 export PATH=/path/to/ants/bin:$PATH

Anda dapat memeriksa apakah ini berhasil dengan menjalankan perintah untuk menemukan jalur ke fungsi ANT apa pun:

 which antsRegistration

Jika berhasil, Anda seharusnya dapat menggunakan fungsionalitas penuh ANT dari baris perintah atau bash. Anda mungkin ingin mengontrol multi-threading dengan mengatur variabel lingkungan ITK_GLOBAL_DEFAULT_NUMBER_OF_THREADS .

Membangun dari sumber

Bila diperlukan, Anda juga dapat membuat ANT dari kode sumber terbaru. Contoh minimal di Linux/Mac terlihat seperti ini:

workingDir= ${PWD}
git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git
mkdir build install
cd build
cmake 
    -DCMAKE_INSTALL_PREFIX= ${workingDir} /install 
    ../ANTs 2>&1 | tee cmake.log
make -j 4 2>&1 | tee build.log
cd ANTS-build
make install 2>&1 | tee install.log

Detail lebih lanjut dan skrip instalasi lengkap yang dapat diunduh dapat ditemukan di Panduan Linux/MacOS. Membangun dari sumber umumnya juga dapat berfungsi di Windows dengan beberapa langkah tambahan yang dijelaskan di Panduan Windows. Alternatifnya, Anda juga dapat menginstal ANT melalui Docker atau Conda.

Contoh kode

ANTs adalah perpustakaan fleksibel yang dapat digunakan untuk berbagai aplikasi dan area. Di bawah ini adalah kumpulan contoh skrip yang - dengan sedikit usaha - dapat disesuaikan dengan kebutuhan spesifik Anda. Beberapa contoh juga menyertakan kode untuk ANTsR atau ANTsPy.

Pendaftaran

Pendaftaran dasar [Tautan]
Pendaftaran dasar dengan topeng [Link]
Deformasi besar [Tautan]
Asimetri [Tautan]
Registrasi mobil [Tautan]
Pemetaan kumpulan titik [Tautan]
Pengoptimalan global [Tautan]

Konstruksi templat

Templat otak [Tautan]
Templat subjek tunggal [Tautan]
Prioritas tisu "Memasak" untuk templat [Tautan]

Ketebalan kortikal

Ketebalan kortikal dasar [Link]
Contoh simpanse [Link]

Segmentasi

Koreksi bias N4 + Atropos [Tautan]
Segmentasi tumor otak [Tautan]

Otak

Pemetaan otak dasar [Tautan]
Ekstraksi otak [Tautan]
Label sambungan multi-atlas/penggabungan intensitas [Tautan, Tautan] (kredit: @chsasank)
fMRI atau Koreksi Gerakan [Tautan]
Reproduksibilitas fMRI [Tautan]
Pelat EPI parsial ke registrasi gambar T1 [Tautan]

Lihat juga templat ANT kami yang telah dibuat sebelumnya dengan prioritas spasial yang tersedia untuk diunduh [Umum, MNI].

Paru-paru

Registrasi CT paru [Tautan]
Pendaftaran masker paru-paru [Link]
Estimasi paru-paru dan lobus [Tautan]
Segmentasi berbasis ventilasi paru [Link]

Jantung

Contoh dasar [Tautan]

Lainnya

Resolusi super berbasis patch [Tautan]
Penyangkalan gambar [Tautan]
Berubah [Tautan]

Sumber Belajar

Ada banyak sumber berbeda untuk mempelajari cara menggunakan fungsi ANT dan metodologi di baliknya. Daftar pilihan sumber daya berguna disediakan di sini.

Wiki SEMUT [Tautan]
Dokumentasi ANT [Tautan]
Tutorial SEMUT [Tautan]

Beberapa tutorial yang umum dikunjungi untuk fungsi ANT tertentu juga disajikan di bawah.

Menggunakan antsRegistration [Tautan]
Menerapkan warp dengan antsApplyTransforms [Tautan]
Menggunakan semutCorticalThickness [Tautan]
Menggunakan N4BiasFieldCorrection [Tautan]
Presentasi Multi-modalitas [Tautan]

Berkontribusi

Jika Anda memiliki pertanyaan, permintaan fitur, atau laporan bug, cara terbaik untuk mendapatkan bantuan adalah dengan memposting masalah di halaman GitHub. Harap diingat bahwa sulit untuk memberikan bantuan apa pun jika Anda tidak memberikan informasi yang cukup untuk mereproduksi masalah atau lingkungan Anda.

Kami menyambut setiap kontribusi dan ide baru untuk meningkatkan ANT. Jika Anda ingin menyumbangkan kode, cara terbaik untuk memulai adalah dengan membaca Wiki untuk memahami proyek atau dengan memposting masalah.

Tim

Pengembangan ANTs dipimpin oleh Brian B. Avants (Creator, Algorithm Design, Implementation), Nicholas J. Tustison (Compeller, Algorithm Design, Implementation Guru), Hans J. Johnson (Large-Scale Application, Testing, Software design), Gang Song (Originator), Philip A. Cook, Jeffrey T. Duda (DTI), Ben M. Kandel (Perfusion, analisis multivariat), dan Nick Cullen (Python, R).

Referensi

Banyak koleksi artikel jurnal telah diterbitkan menggunakan perangkat lunak ANTs dan dapat ditemukan dengan mencari di Google Scholar atau PubMed. Di bawah ini, kami menyediakan daftar artikel paling relevan yang dikurasi untuk digunakan sebagai panduan untuk lebih memahami atau mengutip ANT.

Registrasi Gambar

Registrasi gambar diffeomorfik simetris dengan korelasi silang: mengevaluasi pelabelan otomatis otak lansia dan neurodegeneratif . Anal Gambar Medis (2008). [Link]

Evaluasi 14 algoritma deformasi nonlinier yang diterapkan pada registrasi MRI otak manusia . Gambar Saraf (2009). [Link]

Evaluasi metode registrasi pada CT toraks: tantangan EMPIRE10 . Pencitraan Med Trans IEEE (2011). [Link]

Evaluasi kinerja metrik kesamaan ANT yang dapat direproduksi dalam registrasi citra otak . Gambar Syaraf (2011). [Link]

Templat

Efek templat optimal dalam studi hipokampus pada populasi yang sakit . Gambar Saraf (2010). [Link]

Segmentasi Gambar

Kerangka kerja multivariat sumber terbuka untuk segmentasi n-jaringan dengan evaluasi data publik . Neuroinformatika (2011). [Link]

Segmentasi multi-atlas dengan penggabungan label bersama dan pembelajaran korektif—implementasi sumber terbuka . Neuroinformasi Depan (2013). [Link]

Koreksi Bias

N4ITK: peningkatan koreksi bias N3 . Pencitraan Med Trans IEEE (2010). [Link]

Ketebalan Kortikal

Pengukuran ketebalan kortikal berdasarkan registrasi . Gambar Saraf (2009). [Link]

Evaluasi skala besar terhadap pengukuran ketebalan kortikal ANT dan FreeSurfer . Gambar Saraf (2014). [Link]

Variasi regional dan hemisfer dalam ketebalan kortikal pada simpanse . J Neurosci (2013). [Link]

Pemetaan Longitudinal Pengukuran Ketebalan Kortikal: Studi Evaluasi Berbasis Inisiatif Neuroimaging Penyakit Alzheimer . J Alzheimer Dis (2019). [Link]