RAILIN

RAILIN (Penugasan Resonansi dengan Pemrograman Linier Integer)

Perkenalan

RAILIN adalah perangkat python untuk penetapan rantai samping asam amino otomatis dari frekuensi resonansi magnetik nuklir. Masalah ini dapat dirumuskan sebagai masalah penugasan linier dan diselesaikan dengan teknik optimasi terbatas. RAILIN menggunakan pendekatan klasifikasi MAP (maksimum aposteriori) untuk memperkirakan kemungkinan bahwa frekuensi resonansi setiap sistem putaran berhubungan dengan salah satu dari 21 asam amino. Pengetahuan sebelumnya disediakan oleh struktur primer protein. Urutan asam amino ini digunakan untuk merumuskan masalah penugasan linier terbatas, yang selanjutnya diselesaikan menggunakan Pemrograman Linier Integer. Masalah pemrograman bilangan bulat adalah optimasi matematis atau program kelayakan di mana beberapa atau semua variabel dibatasi menjadi bilangan bulat. Dalam banyak situasi, istilah ini mengacu pada pemrograman linier bilangan bulat (ILP), yang mana fungsi tujuan dan batasannya (selain batasan bilangan bulat) adalah linier.

Penggunaan

usage: railin.py [-h] [--reffile REFFILE] [-a ASSIGNMENTS] [-t TOLERANCE]
               [-s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}] [-v]
               resfile seqfile

positional arguments:
  resfile               Path to list of pseudo-residues in ASCII format.
  seqfile               Path to sequence file in FASTA format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --reffile REFFILE     Path to BMRB reference shifts in ASCII format.
  -a ASSIGNMENTS, --assignments ASSIGNMENTS
                        Number of assignments to be computed (default: 100).
  -t TOLERANCE, --tolerance TOLERANCE
                        Linking Tolerance in ppm (default: 0.6).
  -s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}, --strategy {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}
                        Assignment strategy (default: CplexILP).
  -v, --verbose         Turn on verbosity option.

Instalasi

Instalasi Standar

Ketergantungan

RAILIN bergantung pada paket berikut:

• numpy -- wajib (numpy.scipy.org)
• scipy -- wajib (scipy.org)
• matplotlib -- diperlukan (matplotlib.org)
• networkx -- diperlukan (networkx.github.io/)
• IBM ILOG CPLEX Optimizer - diperlukan (pengoptimal cplex)

Untuk memeriksa apakah salah satu paket di atas sudah terinstal di sistem Anda, coba:

$ python
>> > import numpy
>> > import scipy
>> > import matplotlib
>> > import networkx
>> > import cplex

ImportError berarti paket belum diinstal.

Instal dependensi pada sistem mirip unix

1. Gunakan manajer paket Anda untuk menginstal paket python yang diperlukan; misalnya di Debian/Ubuntu:

$ sudo apt-get install python-numpy
$ sudo apt-get install python-scipy
$ sudo apt-get install python-matplotlib
$ sudo apt-get install python-networkx

2. Unduh dan instal Pengoptimal IBM ILOG CPLEX:

Untuk tujuan pengujian, versi uji coba dapat ditemukan di sini. Untuk fungsionalitas penuh Anda perlu mendaftar di ibm.com dan mendapatkan salinan berlisensi.