Unduh tombo - unduh kode sumber tombo

tombo

Kode sumber lainnya

Minor Optimizations and Bug

Unduh

/ONT_logo_deprecate.png

Kami memiliki sumber daya bioinformatika baru yang menggantikan fungsi proyek ini! Lihat repositori baru kami di sini: remora.

Repositori ini sekarang tidak didukung dan kami tidak menyarankan penggunaannya. Silakan hubungi Oxford Nanopore: [email protected] untuk bantuan dengan aplikasi Anda jika tidak memungkinkan untuk ditingkatkan.

Tombo

Tombo adalah seperangkat alat yang terutama untuk identifikasi nukleotida yang dimodifikasi dari data sekuensing nanopori. Tombo juga menyediakan alat untuk analisis dan visualisasi sinyal nanopori mentah.

Dokumentasi terperinci untuk semua perintah dan algoritma Tombo dapat ditemukan di halaman dokumentasi tombo.

Fitur

Deteksi Basis yang Dimodifikasi
- Mendukung DNA dan RNA langsung
  - Detail pemrosesan RNA
- Tiga algoritma deteksi mendukung berbagai aplikasi
  - Model alternatif (lebih disukai)
  - Perbandingan sampel
  - Baru-baru ini
Vizualisasi sinyal mentah berlabuh referensi
Analisis sinyal mentah python API
Metode estimasi model yang mudah digunakan dengan tutorial

Memulai

Instalasi Conda (metode pilihan)

 # instal melalui lingkungan bioconda (https://bioconda.github.io/#set-up-channels)
conda install -c bioconda ont-tombo

Langkah pertama dalam analisis Tombo adalah mencoret-coret ulang (sinyal mentah ke penyelarasan urutan referensi) pembacaan nanopori mentah. Hal ini menciptakan indeks dan menyimpan keselarasan sinyal mentah yang diperlukan untuk melakukan analisis hilir.

Dalam contoh ini, sampel E. coli diuji untuk metilasi dam dan dcm (model CpG juga tersedia untuk analisis manusia). Dengan menggunakan hasil ini, sinyal mentah diplot pada posisi dcm yang dimodifikasi paling signifikan dan prediksi dasar bendungan yang dimodifikasi dikeluarkan ke file goyangan untuk digunakan dalam pemrosesan hilir atau visualisasi di browser genom.

 tombo resquiggle path/ke/fast5s/ genome.fasta --processes 4 --num-most-common-errors 5
tombo deteksi_modifikasi alternatif_model --fast5-basedirs jalur/ke/fast5s/ 
    --statistics-file-basename native.e_coli_sample 
    --alternate-bases dam dcm --proses 4

# plot sinyal mentah di lokasi dcm paling signifikan
plot tombo most_significant --fast5-basedirs path/ke/fast5s/ 
    --statistics-nama file native.e_coli_sample.dcm.tombo.stats 
    --plot-model-standar --plot-model-alternatif dcm 
    --pdf-nama file contoh.situs_dcm_paling_signifikan.pdf

# menghasilkan file wig dengan perkiraan fraksi bacaan yang dimodifikasi di setiap situs referensi yang valid
tombo text_output browser_files --statistics-nama file native.e_coli_sample.dam.tombo.stats 
    --tipe-file peredam_fraksi --browser-file-nama dasar asli.e_coli_sample.dam
# juga menghasilkan file cakupan pembacaan yang berhasil diproses untuk referensi
tombo text_output browser_files --fast5-basedirs jalur/ke/fast5s/ 
    --cakupan jenis file --browser-file-basename native.e_coli_sample

Meskipun model motif ( CpG , dcm , dan dam ; paling akurat) dan model basis alternatif khusus semua konteks ( 5mC dan 6mA ; lebih akurat) lebih disukai, Tombo juga memungkinkan pengguna menyelidiki modifikasi basis lain atau bahkan yang tidak diketahui.

Berikut adalah dua contoh perintah yang menjalankan metode de_novo (mendeteksi penyimpangan dari tingkat sinyal kanonik yang diharapkan) dan metode level_sample_compare (mendeteksi penyimpangan tingkat sinyal antara dua sampel yang diinginkan; berfungsi paling baik dengan cakupan tinggi).

 tombo deteksi_modifikasi de_novo --fast5-basedirs jalur/ke/fast5s/ 
    --statistics-file-basename sample.de_novo_detect --proses 4
tombo text_output browser_files --statistics-nama file sample.de_novo_detect.tombo.stats 
    --browser-file-basename sample.de_novo_detect --file-types dampened_fraction

tombo deteksi_modifikasi level_sample_compare --fast5-basedirs jalur/ke/fast5s/ 
    --control-fast5-basedirs path/ke/control/fast5s/ --minimum-test-reads 50 
    --proses 4 --statistics-file-basename sample.level_samp_comp_detect
tombo text_output browser_files --statistics-nama file sample.level_samp_comp_detect.tombo.stats 
    --browser-file-basename sample.level_samp_comp_detect --statistik jenis file

Lihat tutorial lebih lengkap di halaman dokumentasi.

Metode Instalasi Alternatif

Tombo tersedia untuk instalasi melalui pip, tetapi memerlukan instalasi R serta dependensi paket R (ggplot2 dan gridextra) untuk semua fungsi visualisasi.

 # install paket pip (instalasi numpy diperlukan sebelum tombo untuk optimasi cython)
pip instal numpy
pip install ont-tombo[penuh]

Tombo juga dapat diinstal langsung dari sumbernya (kebanyakan untuk pengembangan) dengan menjalankan perintah berikut:

 git clone https://github.com/nanoporetech/tombo
cd tombo
instalasi pip -e .

Masalah yang Diketahui

Tombo tidak mendukung file data baca format FAST5 multi-baca. Silakan gunakan perintah multi_to_single_fast5 dari paket ont_fast5_api untuk mengkonversi ke format FAST5 single-read sebelum diproses dengan Tombo.