Unduhan tower cli - pengunduhan kode sumber tower cli

tower cli

Kode sumber lainnya

v0.10.3

Unduh

dua CLI

tw adalah Platform Seqera pada baris perintah. Ini membawa konsep Seqera seperti saluran pipa, tindakan, dan lingkungan komputasi ke terminal.

Seqera Platform adalah aplikasi full-stack untuk pengelolaan jalur data dan sumber daya komputasi. Hal ini memungkinkan analisis data kolaboratif dalam skala besar, lokal, atau di cloud apa pun.

CLI berinteraksi dengan Seqera untuk menyediakan antarmuka untuk meluncurkan pipeline, mengelola sumber daya cloud, dan mengelola analisis Anda.

dua

Fitur utamanya adalah:

Pengalaman seperti Nextflow : tw CLI menyediakan lingkungan yang ramah pengembang. Pipeline dapat diluncurkan dengan CLI mirip dengan Nextflow tetapi dengan manfaat Seqera dalam hal pemantauan, logging, penyediaan sumber daya, pengelolaan kumpulan data, dan berbagi kolaboratif.
Infrastruktur sebagai Kode : Semua sumber daya Seqera, termasuk pipeline dan lingkungan komputasi, dapat dijelaskan secara deklaratif. Hal ini memungkinkan definisi lengkap dari lingkungan analisis yang dapat dibuat versinya dan diperlakukan sebagai kode. Ini sangat menyederhanakan pembagian konfigurasi dan administrasi rutin.
Dibangun di atas OpenAPI : dua CLI berinteraksi dengan Seqera melalui Seqera Platform API yang menggunakan spesifikasi OpenAPI 3.0. CLI memberikan kontrol penuh atas aplikasi Seqera, memungkinkan pengguna mendapatkan wawasan maksimal tentang pengiriman pipeline dan lingkungan eksekusi.

Lihat dokumentasi Platform Seqera untuk mempelajari lebih lanjut tentang aplikasi tersebut.

Tersedianya

dua CLI dapat diinstal di macOS, Windows, dan Linux.

Ini kompatibel dengan Seqera Cloud dan Enterprise versi 21.08 dan yang lebih baru.

Memulai

Panduan ini mencakup instalasi dan konfigurasi CLI, penyediaan infrastruktur cloud, dan peluncuran pipeline ke lingkungan komputasi AWS Batch.

1. Instalasi

Unduh versi terbaru untuk OS Anda dari aset di halaman rilis.
Ganti nama dan buat file dapat dieksekusi:
```
mv tw- * tw
chmod +x ./tw
```
Pindahkan file ke direktori yang dapat diakses oleh variabel $PATH Anda:
```
sudo mv tw /usr/local/bin/
```

2. Konfigurasi

Anda memerlukan token akses agar CLI dapat berinteraksi dengan instans Seqera Anda. Pilih Token pengguna dari menu pengguna di Seqera UI, lalu pilih Tambahkan token untuk membuat token baru.

Salin nilai token akses dan gunakan dengan CLI dengan salah satu dari dua cara berikut:

Variabel lingkungan :
1. Ekspor token sebagai variabel shell langsung ke terminal Anda:
```
 export TOWER_ACCESS_TOKEN= < your access token >
```
2. Tambahkan perintah export ke file .bashrc , .zshrc , atau .bash_profile agar dapat ditambahkan secara permanen ke lingkungan Anda.
dua bendera perintah :
Berikan token akses langsung di perintah tw Anda dengan --access-token :
```
tw --access-token= < your access token > < other options >
```

Jika diperlukan, konfigurasikan variabel lingkungan tidak wajib berikut menggunakan metode yang sama di atas:

TOWER_WORKSPACE_ID : ID Ruang Kerja. Default: Ruang kerja pengguna.
TOWER_API_ENDPOINT : URL API Seqera. Bawaan: api.cloud.seqera.io .

Anda dapat menemukan TOWER_WORKSPACE_ID Anda dari tab Ruang Kerja di laman organisasi Anda. Alternatifnya, Anda dapat membuat daftar semua ruang kerja yang dapat diakses token Anda dengan tw workspaces list dan menyalin ID ruang kerja dari output perintah.

3. Pemeriksaan kesehatan

Konfirmasikan instalasi, konfigurasi, dan koneksi:

$ tw info

    System health status
    ---------------------------------------+------------------
     Remote API server connection check    | OK
     Tower API version check               | OK
     Authentication API credential's token | OK

`tw` perintah CLI

Lihat Penggunaan untuk instruksi rinci dalam menggunakan CLI.

Pelengkapan otomatis

Aktifkan pelengkapan otomatis di sesi Anda saat ini dengan perintah ini:

 source <( tw generate-completion )

Penyimpanan otoritas sertifikat SSL khusus

Jika Anda menggunakan sertifikat SSL CA Pribadi yang tidak dikenali oleh otoritas sertifikat Java default, gunakan penyimpanan cacerts khusus:

tw -Djavax.net.ssl.trustStore=/absolute/path/to/cacerts info

Anda dapat mengganti nama biner menjadi tw-binary dan membuat skrip tw untuk secara otomatis menyertakan penyimpanan cacerts khusus di setiap sesi:

 #! /usr/bin/env bash
tw-binary -Djavax.net.ssl.trustStore=/absolute/path/to/cacerts $@

Bangun versi pengembangan biner

tw CLI adalah biner platform yang dapat dieksekusi yang dibuat oleh kompilasi asli dari Java GraalVM. Untuk mengkompilasi dan membangun versi pengembangan biner:

Jika perlu, instal SDKMan!
Dari root proyek tower-cli, instal GraalVM:
```
sdk env install
```
Hal ini memastikan bahwa SDKMan menggunakan konfigurasi .sdkmanrc khusus proyek tower-cli.
Instal native-image :
```
gu install native-image
```
Ekspor kredensial Github Anda. Github memerlukan autentikasi untuk paket publik (token hanya memerlukan cakupan read:packages ):
```
 export GITHUB_USERNAME=...
export GITHUB_TOKEN=...
```

Buat klien asli:

./gradlew nativeCompile

Ini akan menginstal versi tw yang dikompilasi secara lokal di direktori nativeCompile:

 Produced artifacts:
 <tower-cli-repository-root>/build/native/nativeCompile/tw (executable)
========================================================================================================================
Finished generating 'tw' in 1m 6s.
[native-image-plugin] Native Image written to: <tower-cli-repository-root>/build/native/nativeCompile

BUILD SUCCESSFUL in 1m 8s
6 actionable tasks: 2 executed, 4 up-to-date