omaat
1.0.0
OpenMSI Arrayed Analysis Toolkit (OMAAT) adalah paket perangkat lunak baru untuk menganalisis sampel yang ditentukan secara spasial dalam pencitraan spektrometri massa (MSI). Sebelumnya, para peneliti akan memeriksa data secara manual atau mengandalkan algoritma komputer ahli untuk analisis berdasarkan wilayah kepentingan berskala besar. Dengan menggunakan notebook Jupyter, OMAAT menjadi mudah diakses oleh siapa saja tanpa pengalaman pemrograman dan membuat pencarian puncak dan integrasi puncak serta sampel yang ditentukan secara spasial dalam kumpulan data MSI menjadi mudah. Dalam kombinasi dengan OpenMSI, sebuah platform kuat untuk menyimpan, berbagi, dan menganalisis data MSI yang ditentukan secara spasial dibuat dan mempromosikan penggunaan MSI untuk menganalisis kumpulan sampel yang tersusun besar. Kemampuan baru ini akan sangat memungkinkan penggunaan pencitraan spektrometri massa ionisasi desorpsi laser sebagai modalitas untuk analisis biomolekuler throughput tinggi.
OMAAT ditulis sebagai modul Python dan diuji primeritasnya menggunakan distribusi Anaconda Python. Untuk mereproduksi lingkungan pengujian kami dengan tepat, lihat distribusi dan paketnya di sini dan di sini.
Anaconda hadir dengan banyak paket python yang berguna untuk analisis data. Jika Anda sudah memiliki Anaconda, pastikan paket Anda sudah yang terbaru. OMAAT memerlukan Jupyter versi 4.1+ dan python versi 2.7+ atau 3.2+. Kami merekomendasikan penggunaan distribusi python Anaconda yang tersedia di sini: https://www.continuum.io/downloads.
Selain instalasi dasar anaconda, Anda perlu menginstal paket python, "masa depan". Dengan anaconda ini dilakukan dengan menggunakan manajer paket conda.
conda install future
Widget di notebook ini memerlukan paket widgetsnbextension. Ini dapat diinstal melalui:
conda install widgetsnbextension
jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension
Kode OMAAT dapat diperoleh dari baris perintah dengan:
git clone https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools.git
atau dengan mengunduh dan membuka kompresi file zip repo di sini: https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools/archive/master.zip
Untuk meluncurkan notebook dari terminal, ubah ke direktori kode OMAAT. Dan ketik
jupyter notebook
Atau luncurkan notebook menggunakan alat Peluncur grafis dari anaconda.
Paket Python terus diperbarui. Silakan hubungi kami dengan menempatkan tiket di sini di github jika Anda mengalami masalah dalam menggunakan atau menginstal omaat.
Pengujian dilakukan menggunakan Travis-CI. Untuk mereproduksi lingkungan python yang serupa dengan pengujian kami dari direktori omaat, gunakan:
>conda create -n omaat_python3 python=3.5 pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
# or
>conda create -n omaat_python2 python=2.7 future pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
>source activate omaat_python3
# or
>source activate omaat_python2
>python setup.py install
>pytest test/test_all.py
*Markus de Raad, Tristan de Rond, Oliver Rübe, Jay D. Keasling, Trent R. Northen, dan Benjamin P. Bowen, "Perangkat Analisis Array OpenMSI: Menganalisis Sampel yang Ditentukan Spasial Menggunakan Pencitraan Spektrometri Massa" Anal. Kimia, 2017, 89 (11), hal 5818–5823 DOI: 10.1021/acs.analchem.6b05004
Format data untuk penyimpanan data MSI dijelaskan dalam publikasi berikut:
Oliver Rübel, Annette Greiner, Shreyas Cholia, Katherine Louie, E. Wes Bethel, Trent R. Northen, dan Benjamin P. Bowen, "OpenMSI: Platform Berbasis Web Berkinerja Tinggi untuk Pencitraan Spektrometri Massa" Kimia Analitik 2013 85 (21 ), 10354-10361, DOI: 10.1021/ac402540a. [BibTeX] [Online di ACS]
Lihat lisensi.txt
Lihat hak cipta.txt
