RagTag

Sampah masyarakat

RagTag adalah kumpulan alat perangkat lunak untuk merancang dan meningkatkan kumpulan genom modern. Tugasnya meliputi:

• Koreksi kesalahan perakitan berbasis homologi
• Perancah dan penambalan perakitan berbasis homologi
• Penggabungan perancah

RagTag juga menyediakan utilitas baris perintah untuk bekerja dengan format file perakitan genom umum.

Memulai

 # install with conda
conda install -c bioconda ragtag

# correct a query assembly
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta

# scaffold a query assembly
ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta

# scaffold with multiple references/maps
ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# use Hi-C to resolve conflicts
ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# make joins and fill gaps in target.fa using sequences from query.fa
ragtag.py patch target.fa query.fa

dokumen

Silakan lihat Wiki untuk dokumentasi rinci.

Ketergantungan

• Minimap2, Unimap, atau Nucmer
• Python 3 (dengan paket yang diinstal otomatis berikut)
  • numpy
  • pohon interval
  • pysam
  • jaringanx

Kutipan

• Bersamaan dengan itu, Michael, dkk. "Perancah perakitan otomatis meningkatkan sistem tomat baru untuk pengeditan genom dengan throughput tinggi." Biologi Genom (2022).
  https://doi.org/10.1186/s13059-022-02823-7

RagTag menggantikan RaGOO:

• Bersamaan dengan itu, Michael, dkk. "RaGOO: perancah genom rancangan yang dipandu referensi dan cepat." Biologi genom 20.1 (2019): 1-17.
  https://doi.org/10.1186/s13059-019-1829-6

Ucapan Terima Kasih

Banyak perbaikan algoritmik besar dibandingkan rilis pertama RaGOO disediakan oleh Aleksey Zimin, pengembang utama assembler MaSuRCA. Luca Venturini menyarankan dan pada awalnya menerapkan banyak peningkatan fitur, seperti integrasi pysam. RagTag "gabungan" terinspirasi oleh CAMSA. Pengembang CAMSA, Sergey Aganezov, membantu meninjau kode RagTag yang relevan. RagTag "patch" terinspirasi oleh Graafter, alat perancah yang ditulis oleh Melanie Kirsche. Melanie memberikan panduan untuk penerapan RagTag. Michael Schatz telah memberikan panduan untuk keseluruhan proyek.