meryl

Meril

Ini adalah 'meryl', penulisan ulang 'meryl' yang hampir total yang muncul di proyek kmer dan Celera Assembler.

PENTING : Dapatkan kode meryl terbaru dari repo ini. Ini tidak kompatibel dengan meryl dbs lama yang dibuat dari canu 1.8 atau lebih lama. Meryl baru secara signifikan lebih cepat dibandingkan versi sebelumnya.

meryl dbs tidak lagi dalam format file .mcdat dan .mcidx . Meryl db sekarang dirancang sebagai DIREKTORI, berisi 64 binari + 64 indeks (128 file).

Ketergantungan

• gcc 10.2.0 atau lebih tinggi

Instalasi

• Versi rilis: unduh versi rilis stabil

 # Contoh untuk Linux-amd64wget https://github.com/marbl/meryl/releases/download/v1.4.1/meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xz
tar -xJf meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xzexport PATH=/path/to/meryl-1.4.1/bin:$PATH

• Tip eksperimental (gunakan git 2.25.1 atau lebih tinggi):

 git clone https://github.com/marbl/meryl.git# buildcd meryl/src
make -j 24export PATH=/path/ke/meryl/*/bin:$PATH

Evaluasi majelis dengan k-mers dan banyak lagi

Lihat Merkurius.

Mengutip Meryl

Kami tidak ingin membuat dunia menderita karena kertas hitung k-mer lagi, jadi kami memasukkan meryl ke dalam metode merqury:

Rhie, A., Walenz, BP, Koren, S. dkk. Merqury: penilaian kualitas, kelengkapan, dan pentahapan tanpa referensi untuk kumpulan genom. Genom Biol 21, 245 (2020). https://doi.org/10.1186/s13059-020-02134-9