lipat_iris
Ini adalah kode khusus Yi Jiang untuk ptychography sinar-X/elektron dan tomografi/laminografi.
Paket ini dibuat berdasarkan kode Matlab yang dikembangkan oleh Science IT dan kelompok hamburan sinar-X yang koheren (CXS) di Paul Scherrer Institut, Swiss: https://www.psi.ch/en/sls/csaxs/software. Masalah hak cipta dan lisensi harus mengikuti perjanjian (lihat di bawah) dan/atau merujuk ke situs web mereka.
Mulailah
Periksa dokumentasi resmi paket PtychoShelves untuk melihat persyaratannya. Anda memerlukan kotak alat Matlab berikut untuk menggunakan semua fitur: Komputasi Paralel, Pemasangan Kurva, Pemrosesan Gambar, Optimasi, dan Pemrosesan Sinyal.
Untuk ptychography, coba skrip persiapan dan rekonstruksi data di /fold_slice/ptycho/examples untuk memahami format data dan parameter rekonstruksi.
Sumber daya
- FoldsliceGPT khusus yang berfungsi sebagai asisten AI dalam sinar-X dan ptychography elektron. Ini dapat membantu pengguna dengan berbagai tugas seperti merancang eksperimen dan menyiapkan skrip rekonstruksi.
- lipat_slice dapat digunakan dalam alur kerja berbasis LLM (PEAR) kami yang baru. Jangan ragu untuk menghubungi saya jika Anda ingin menjadi penguji alfa.
- File di /fold_slice/ptycho/notes/ dapat membantu Anda memahami struktur kode secara keseluruhan. Peringatan: beberapa catatan mungkin sudah usang.
- Chia-Hao Lee menulis blog bagus yang merinci algoritma dan struktur kode PtychoShelves.
- Kami memiliki kelompok belajar mingguan untuk mendiskusikan teknik pencitraan komputasi baru dalam mikroskop elektron. Beberapa tutorial kuliah dapat ditemukan di sini.
Perbedaan besar dari paket PtychoShelves
Beberapa konvensi I/O data dan rekonstruksi telah diubah untuk mengakomodasi ptychography elektron. Lihat contoh skrip untuk lebih jelasnya.
Algoritme ptychography multi-slice kemungkinan maksimum kuadrat terkecil yang dimodifikasi ditambahkan sebagai mesin baru: GPU_MS
Ini didasarkan pada mesin GPU (ditulis oleh Michal Odstrcil) dengan peningkatan seperti beberapa mode penyelidikan dan perbaikan bug. Penggunaan kode harus menyertakan kutipan tambahan:
Z. Chen, Y. Jiang, Y. Shao, ME Holtz, M. Odstrčil, M. Guizar-Sicairos, I. Hanke, S. Ganschow, DG Schlom, DA Muller, Ptychography elektron mencapai batas resolusi atom yang ditetapkan oleh getaran kisi . Sains 372 (6544), 826-831.
Kami mengembangkan alur kerja penyetelan parameter otomatis untuk ptychography menggunakan optimasi Bayesian dengan proses Gaussian: https://doi.org/10.1038/s41598-022-16041-5. Lihat contoh skrip untuk lebih jelasnya.
Daftar lengkap fitur baru di mesin GPU dan GPU_MS:
| Fitur | GPU | GPU_MS |
|---|
| Keadaan campuran + ptychography multislice | ✖️ | ✔️ |
| Rekonstruksi multislice dinamis | ✖️ | ✔️ |
| Ptychography fly-scan jalur sewenang-wenang tingkat lanjut | ✔️ | ✖️ |
| Rekonstruksi multi-scan | ✔️ | ✔️ |
| Regularisasi TV pada fase objek | ✔️ | ✔️ |
| Penghapusan artefak jaringan | ✔️ | ✖️ |
| Pemilihan parameter otomatis | ✔️ | ✔️ |
| Perhitungkan keburaman detektor dengan kernel Gaussian | ✔️ | ✔️ |
Perangkat lunak ptychography lainnya
Jika Anda tidak memiliki Matlab atau ingin menjelajahi perangkat lunak ptychography lainnya. Berikut beberapa repositori publik:
Adorym: https://github.com/mdw771/adorym
Ptycho_gui: https://github.com/NSLS-II/ptycho_gui
Ptychodus: https://github.com/AdvancedPhotonSource/ptychodus
PtychoNN: https://github.com/mcherukara/PtychoNN
Ptychopy: https://github.com/kyuepublic/ptychopy
Py4DSTEM: https://github.com/py4dstem/py4DSTEM
PyNX: http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/doc/
Tiki: https://github.com/tomography/tike
Perjanjian Lisensi Akademik
Kode Sumber
Perkenalan
Perjanjian lisensi ini menetapkan syarat dan ketentuan di mana PAUL SCHERRER INSTITUT (PSI), CH-5232 Villigen-PSI, Swiss (selanjutnya disebut "LISENSI") akan memberi Anda (selanjutnya disebut "PEMEGANG LISENSI") bebas royalti, non-eksklusif lisensi untuk tujuan akademis dan non-komersial saja (selanjutnya disebut "LISENSI") untuk menggunakan program perangkat lunak komputer paket ptychography MATLAB cSAXS dan dokumentasi terkait yang disediakan di bawah ini (selanjutnya disebut "PROGRAM").
Syarat dan Ketentuan LISENSI
- PEMBERI LISENSI memberikan kepada PENERIMA LISENSI lisensi non-eksklusif dan bebas royalti untuk menggunakan PROGRAM untuk tujuan akademis dan nonkomersial, berdasarkan syarat dan ketentuan yang ditetapkan selanjutnya dan hingga berakhirnya lisensi ini sebagaimana ditetapkan di bawah.
- PEMEGANG LISENSI mengakui bahwa PROGRAM ini merupakan alat penelitian yang masih dalam tahap pengembangan. PROGRAM ini disediakan tanpa layanan terkait, perbaikan atau jaminan apa pun dari PEMBERI LISENSI dan bahwa LISENSI ini dibuat agar orang lain dapat memanfaatkan PROGRAM ini dalam kegiatan akademik mereka. Merupakan tanggung jawab PENERIMA LISENSI untuk memastikan penggunaan yang tepat dan kebenaran hasil.
- PROGRAM INI DISEDIAKAN "APA ADANYA", TANPA JAMINAN APA PUN, TERSURAT MAUPUN TERSIRAT, TERMASUK NAMUN TIDAK TERBATAS PADA JAMINAN KELAYAKAN UNTUK DIPERDAGANGKAN, KESESUAIAN UNTUK TUJUAN TERTENTU DAN TIDAK ADA PELANGGARAN ATAS PATEN, HAK CIPTA, MEREK DAGANG ATAU HAK LAINNYA. DALAM KEADAAN APA PUN PEMBERI LISENSI, PENULIS ATAU PEMEGANG HAK CIPTA TIDAK BERTANGGUNG JAWAB ATAS KLAIM, KERUSAKAN LANGSUNG, TIDAK LANGSUNG ATAU KONSEKUENSIAL ATAU TANGGUNG JAWAB LAINNYA YANG TIMBUL DARI, DARI ATAU SEHUBUNGAN DENGAN PROGRAM ATAU PENGGUNAAN PROGRAM ATAU HAL-HAL LAIN DALAM PROGRAM.
- PEMEGANG LISENSI setuju bahwa ia akan menggunakan PROGRAM dan setiap modifikasi, perbaikan, atau turunan PROGRAM yang mungkin dibuat oleh PENERIMA LISENSI (secara kolektif disebut "PERBAIKAN") semata-mata untuk tujuan akademis, non-komersial dan bahwa setiap salinan PROGRAM atau turunannya hanya boleh didistribusikan di bawah lisensi yang sama dengan PROGRAM. Istilah "akademik, non-komersial", sebagaimana digunakan dalam Perjanjian ini, berarti penelitian akademis atau penelitian ilmiah lainnya yang (a) tidak dilakukan untuk mencari keuntungan, atau (b) tidak dimaksudkan untuk menghasilkan karya, layanan, atau data untuk penggunaan komersial. , atau (c) tidak dilakukan, atau didanai, oleh seseorang atau suatu badan yang terlibat dalam penggunaan komersial, penerapan atau eksploitasi karya serupa dengan PROGRAM.
- PEMEGANG LISENSI setuju bahwa ia harus membuat pengakuan berikut dalam setiap publikasi yang dihasilkan dari penggunaan PROGRAM atau terjemahan kode apa pun ke dalam bahasa komputasi lain: "Pemrosesan data dilakukan menggunakan paket MATLAB ptychography cSAXS yang dikembangkan oleh Science IT dan koherennya." Kelompok hamburan sinar-X (CXS), Paul Scherrer Institut, Swiss."
Selain itu, publikasi apa pun yang menggunakan paket tersebut, atau terjemahan kode apa pun ke dalam bahasa komputasi lain harus mengutip
(untuk PtychoShelves) K. Wakonig, H.-C. Stadler, M. Odstrčil, EHR Tsai, A. Diaz, M. Holler, I. Usov, J. Raabe, A. Menzel, M. Guizar-Sicairos, PtychoShelves, kerangka kerja tingkat tinggi serbaguna untuk analisis ptychographic kinerja tinggi data, J. Aplikasi. kristal. 53(2) (2020). (doi: 10.1107/S1600576720001776)
(untuk peta perbedaan) P. Thibault, M. Dierolf, A. Menzel, O. Bunk, C. David, F. Pfeiffer, Mikroskop difraksi sinar-X pemindaian resolusi tinggi, Science 321, 379-382 (2008). (doi: 10.1126/sains.1158573).
(untuk kemungkinan maksimum) P. Thibault dan M. Guizar-Sicairos, Penyempurnaan kemungkinan maksimum untuk pencitraan difraksi koheren, New J. Phys. 14, 063004 (2012). (doi: 10.1088/1367-2630/14/6/063004).
(untuk mode koheren campuran) P. Thibault dan A. Menzel, Merekonstruksi campuran keadaan dari pengukuran difraksi, Nature 494, 68-71 (2013). (doi: 10.1038/nature11806).
(dan/atau untuk multislice) EHR Tsai, I. Usov, A. Diaz, A. Menzel, dan M. Guizar-Sicairos, ptychography sinar-X dengan kedalaman bidang yang diperluas, Opt. Ekspres 24, 29089-29108 (2016). (doi: 10.1364/OE.24.029089).
- Kecuali pengakuan yang disebutkan di atas, PENERIMA LISENSI tidak boleh menggunakan judul PROGRAM atau nama atau logo PEMBERI LISENSI, atau adaptasi apa pun darinya, atau nama karyawan atau laboratorium mana pun, dalam materi iklan, promosi, atau penjualan apa pun tanpa pemberitahuan tertulis sebelumnya. persetujuan yang diperoleh dari PEMBERI LISENSI dalam setiap kasus.
- Kepemilikan semua hak, termasuk hak cipta dalam PROGRAM dan materi apa pun yang terkait dengannya, akan selalu tetap berada di tangan PEMBERI LISENSI, dan PEMEGANG LISENSI setuju untuk mempertahankan hak tersebut. PENERIMA LISENSI setuju untuk tidak menggunakan bagian apa pun dari PROGRAM atau PERBAIKAN apa pun dalam bentuk apa pun yang dapat dibaca mesin di luar PROGRAM, atau membuat salinan apa pun kecuali untuk penggunaan internal, tanpa izin tertulis sebelumnya dari PEMBERI LISENSI. PEMEGANG LISENSI setuju untuk menempatkan pemberitahuan hak cipta berikut pada salinan tersebut: @ Hak cipta dilindungi undang-undang. PAUL SCHERRER INSTITUT, Swiss, Laboratorium Makromolekul dan Bioimaging, 2017.
- LISENSI tidak boleh ditafsirkan untuk memberikan hak apa pun kepada PEMEGANG LISENSI secara tersirat atau sebaliknya kecuali sebagaimana ditetapkan secara khusus di sini.
- PENAFIAN: PEMEGANG LISENSI harus menyadari bahwa Phase Focus Limited dari Sheffield, Inggris memiliki portofolio paten internasional dan permohonan yang menunggu keputusan terkait dengan ptychography dan bahwa PROGRAM mungkin dapat digunakan dalam keadaan yang mungkin termasuk dalam klaim satu atau lebih dari paten Phase Focus, khususnya paten dengan nomor permohonan internasional PCT/GB2005/001464. PEMBERI LISENSI secara tegas menyatakan untuk tidak memberikan ganti rugi kepada pengguna perangkat lunak jika Phase Focus atau pihak ketiga lainnya membuka tuntutan hukum terhadap PEMEGANG LISENSI akibat penggunaan program.
- Perjanjian ini akan diatur oleh hukum material Swiss dan setiap perselisihan yang timbul akibat Perjanjian ini atau penggunaan PROGRAM akan dibawa ke pengadilan di Zurich, Swiss.
