seurat wrappers
1.0.0
SeuratWrappers adalah kumpulan metode dan ekstensi yang disediakan komunitas untuk Seurat, yang dikurasi oleh Satija Lab di NYGC. Metode-metode ini mencakup fungsionalitas yang saat ini tidak ditemukan di Seurat, dan dapat diperbarui lebih sering.
Silakan lihat panduan kontribusi kami untuk bantuan dan pedoman dalam mengembangkan dan menambahkan metode baru ke SeuratWrappers
Sketsa metode individual dapat ditemukan di direktori docs/ , sebaiknya lihat file penurunan harga standar ( *.md ) saat melihatnya di GitHub
Instalasi dapat dilakukan melalui remote
remotes :: install_github( ' satijalab/seurat-wrappers ' )| Kemasan | Skema | Referensi | Sumber |
|---|---|---|---|
| Kacamata berlensa 3 | Menghitung Lintasan dengan Monocle 3 dan Seurat | Cao dkk, Alam 2019 | https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3 |
| scVelo | Memperkirakan Kecepatan RNA menggunakan Seurat dan scVelo | Bergen dkk, bioRxiv 2019 | https://scvelo.readthedocs.io |
| CoGAPS | Menjalankan CoGAPS pada Objek Seurat | Stein-O'Brien dkk, Sistem Sel 2019 | https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CoGAPS.html |
| glmca | Menjalankan GLM-PCA pada Objek Seurat | Townes dkk, Biologi Genom 2019 | https://github.com/willtownes/glmpca |
| Kono | Integrasi kumpulan data menggunakan Conos | Barkas dkk, Metode Alam 2019 | https://github.com/hms-dbmi/conos |
| LIGER | Mengintegrasikan objek Seurat menggunakan LIGER | Welch dkk, Sel 2019 | https://github.com/MacoskoLab/liger |
| cepatMNN | Menjalankan fastMNN pada Objek Seurat | Bioteknologi Alam 2018 | https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/batchelor.html |
| Harmoni | Integrasi kumpulan data menggunakan Harmony | Korsunsky dkk, bioRxiv 2018 | https://github.com/immunogennomics/harmony |
| ALRA | Imputasi tanpa pelestarian dengan ALRA | Linderman dkk, bioRxiv 2018 | https://github.com/KlugerLab/ALRA |
| Kecepatan | Memperkirakan Kecepatan RNA menggunakan Seurat | La Manno dkk, Alam 2018 | https://velocyto.org |
| skema | Menggunakan schex dengan Seurat | Freytag, paket R 2019 | https://github.com/SaskiaFreytag/schex |
| alevin | Impor jumlah alevin ke Seurat | Srivastava dkk. al., Biologi Genom 2019 | https://github.com/k3yavi/alevin-Rtools |
| Nebulosa | Visualisasi ekspresi gen dengan Nebulosa | Jose Alquicira-Hernandez dan Joseph E. Powell, Sedang Ditinjau | https://github.com/powellgenomicslab/Nebulosa |
| CIPR | Menggunakan CIPR dengan data PBMC manusia | Ekiz dkk. al., BMC Bioinformatika 2020 | https://github.com/atakanekiz/CIPR-Package |
| miQC | Menjalankan miQC pada objek Seurat | Hippen dkk. al., bioRxiv 2021 | https://github.com/greenelab/miQC |
| roda tiga | Menjalankan estimasi_cycle_position dari sepeda roda tiga pada Objek Seurat | Zheng dkk. al., bioRxiv 2021 | https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tricycle.html |
