emmaa
1.0.0
EMMAA adalah Ekosistem Model yang Dipelihara Mesin dengan Analisis Otomatis. Cara utama pengguna berinteraksi dengan EMMAA adalah dengan menggunakan Dasbor EMMAA yang dapat diakses di sini.
Untuk dokumentasi rinci tentang EMMA, kunjungi http://emmaa.readthedocs.io. Dokumentasi berisi tiga bagian utama:
Ide utama di balik EMMAA adalah untuk menciptakan serangkaian model komputasi yang selalu diperbarui menggunakan pembacaan mesin otomatis, perakitan pengetahuan, dan pembuatan model. Setiap model dimulai dengan jaringan konsep relevan sebelumnya yang dihubungkan melalui serangkaian mekanisme yang diketahui. Rangkaian mekanisme ini kemudian diperluas dengan membaca literatur atau sumber informasi lain setiap hari, menentukan bagaimana informasi baru berhubungan dengan model yang ada, dan kemudian memperbarui model tersebut dengan informasi baru.
Model juga tersedia untuk analisis otomatis di mana kueri relevan yang termasuk dalam cakupan setiap model dapat secara otomatis dipetakan ke prosedur analisis struktural dan dinamis pada model tersebut. Hal ini memungkinkan pengenalan dan pelaporan perubahan pada model yang menghasilkan perubahan berarti pada hasil analisis.
Area penerapan utama EMMAA adalah biologi molekuler kanker, namun dapat diterapkan pada domain lain yang dapat ditangani oleh sistem INDRA dan sistem pembacaan yang terintegrasi dengan INDRA.
Pengguna terutama berinteraksi dengan EMMAA melalui Dasbor, sehingga tidak ada ketergantungan yang perlu diinstal.
Untuk menyiapkan akses terprogram ke fitur EMMAA secara lokal, lakukan hal berikut:
git clone https://github.com/indralab/emmaa.git
cd emmaa
pip install git+https://github.com/sorgerlab/indra.git
pip install git+https://github.com/indralab/indra_db.git
pip install -e .
Versi EMMAA Docker tersedia di https://hub.docker.com/r/labsyspharm/emmaa, yang dapat diperoleh sebagai
docker pull labsyspharm/emmaa
Pengembangan EMMAA didanai oleh program DARPA Automating Scientific Knowledge Extraction (ASKE) di bawah penghargaan HR00111990009.
