iCount

iCount: analisis interaksi protein-RNA

iCount adalah modul Python dan antarmuka baris perintah (CLI) terkait, yang menyediakan semua perintah yang diperlukan untuk memproses data iCLIP pada interaksi protein-RNA dan menghasilkan:

• file FASTQ yang didemultipleks dan dipangkas dengan adaptor,

• File BAM dengan iCLIP yang dipetakan berbunyi,

• mengidentifikasi situs ikatan silang protein-RNA, disimpan ke file BED,

• puncak yang terdiri dari situs-situs bertautan silang yang signifikan secara statistik, disimpan ke file BED,

• kelompok situs yang saling terhubung secara signifikan, disimpan ke file BED,

• pengelompokan eksperimen replikasi individu,

• Pembuatan RNAmap menunjukkan distribusi posisi situs yang saling terkait relatif terhadap penanda genom,

• analisis pengayaan kmer,

• dan lainnya.

Anda dapat memulai dengan tutorial atau menyelami dokumentasinya.

Penulis

iCount dikembangkan dan didukung oleh Tomaž Curk dari Laboratorium Bioinformatika di Universitas Ljubljana, Fakultas Ilmu Komputer dan Informasi dan bekerja sama dengan laboratorium Jernej Ule.

Pengembangannya dimulai pada akhir tahun 2008 ketika Tomaž Curk dan Gregor Rot menulis prototipe pertama iCount. Banyak hal telah terjadi sejak saat itu. Untuk detail dan ucapan terima kasih selengkapnya, lihat bagian cara mengutip di dokumentasi.

Berkontribusi

Kontribusi (permintaan tarik) dipersilakan! Silakan kirimkan kontribusi Anda dengan mengikuti pedoman.

Masalah pelaporan

Gunakan halaman masalah untuk melaporkan masalah dan meminta penyempurnaan. Sebelum mengirimkan, harap periksa daftar masalah yang sudah dilaporkan. Lihat juga FAQ untuk melihat apakah masalahnya sudah diatasi.