RCAS

proyek RCAS

Perkenalan

RCAS adalah paket R/Biokonduktor yang dirancang sebagai alat pelaporan umum untuk analisis fungsional wilayah minat luas transkriptome yang terdeteksi oleh eksperimen throughput tinggi. Daerah transkriptomik tersebut dapat berupa, misalnya, puncak sinyal yang terdeteksi oleh analisis CLIP-Seq untuk situs interaksi protein-RNA, situs modifikasi RNA (alias epitranskriptome), lokasi tag CAGE, atau kumpulan wilayah kueri lainnya pada tingkat tersebut. transkriptom. RCAS menghasilkan ringkasan anotasi mendalam dan profil cakupan berdasarkan distribusi wilayah kueri sehubungan dengan fitur transkrip (ekson, intron, wilayah UTR 5'/3', batas ekson-intron, wilayah promotor). Selain itu, RCAS dapat melakukan analisis pengayaan fungsional dan penemuan motif yang diskriminatif. RCAS mendukung semua versi genom yang tersedia di BSgenome::available.genomes

instalasi:

Menginstal dari Biokonduktor

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")

BiocManager::install('RCAS')

Menginstal versi pengembangan dari Github

 library('devtools')
devtools::install_github('BIMSBbioinfo/RCAS')

Menginstal melalui saluran Bioconda

conda install bioconductor-rcas -c bioconda

Menginstal melalui Guix

guix package -ir r-rcas

penggunaan:

Sketsa paket dan manual referensi

Untuk petunjuk rinci tentang cara menggunakan RCAS, silakan lihat:

• sketsa paket untuk analisis sampel tunggal
• sketsa paket untuk analisis multi-sampel
• manual referensi untuk informasi lebih lanjut tentang fungsi rinci yang tersedia di RCAS.

Kasus penggunaan dari kumpulan data omics berbasis RNA yang dipublikasikan

Kasus penggunaan analisis multi-sampel

• Lihat contoh laporan yang membandingkan daerah puncak yang ditemukan melalui eksperimen sekuensing CLIP dari protein pengikat RNA FUS oleh Nakaya dkk, 2013, Synaptic Functional Regulator FMR1 oleh Ascano dkk. 2012, dan faktor inisiasi eukariotik 4A-III oleh Sauliere dkk, 2012.

Kasus Penggunaan Analisis Sampel Tunggal

• Laporan RCAS untuk situs pengikatan RNA PUM2 terdeteksi dengan teknik PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • masukan: PARCLIP_PUM2_Hafner2010b_hg19

• Laporan RCAS untuk situs pengikatan RNA QKI yang terdeteksi dengan teknik PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • masukan: PARCLIP_QKI_Hafner2010c_hg19

• Laporan RCAS untuk situs pengikatan RNA IGF2BP123 yang terdeteksi dengan teknik PAR-CLIP (Hafner et al, 2010)

  • masukan: PARCLIP_IGF2BP123_Hafner2010d_hg19

• Laporan RCAS untuk lokus RNA kecil (tiRNA) yang terdeteksi oleh analisis deepCAGE (Taft dkk. 2009)

  • masukan: human_FANTOM4_tiRNAs.bed

• Laporan RCAS untuk situs metilasi m ¹ A (Dominissini et al, 2016)

  • masukan: GSE70485_human_peaks.txt.gz

Kutipan

Untuk mengutip RCAS, silakan gunakan:

Bora Uyar, Dilmurat Yusuf, Ricardo Wurmus, Nikolaus Rajewsky, Uwe Ohler, Altuna Akalin; RCAS: sistem anotasi sentris RNA untuk wilayah minat luas transkriptome. Asam Nukleat Res 2017 gkx120. doi: 10.1093/nar/gkx120

Lihat publikasi kami di sini.

Ucapan Terima Kasih

RCAS dikembangkan dalam kelompok Altuna Akalin (kepala Platform Bioinformatika Ilmiah) oleh Bora Uyar (Ilmuwan Bioinformatika), Dilmurat Yusuf (Ilmuwan Bioinformatika) dan Ricardo Wurmus (Administrator Sistem) di Institut Biologi Sistem Medis Berlin (BIMSB) di Max-Delbrueck-Pusat Pengobatan Molekuler (MDC) di Berlin.

RCAS dikembangkan sebagai layanan bioinformatika sebagai bagian dari RNA Bioinformatics Center, yang merupakan salah satu dari delapan pusat Jaringan Infrastruktur Bioinformatika Jerman (de.NBI).