papers for molecular design using DL
1.0.0
terkait dengan AI Generatif dan Pembelajaran Mendalam untuk desain molekul/obat dan pembuatan konformasi molekul .
Memperbarui ...
Optimasi Molekuler akan diterima !!!!
Desain Molekuler (obat) Menggunakan Kecerdasan Buatan Generatif dan Pembelajaran Mendalam
| Menu | Menu | Menu | Menu |
|---|---|---|---|
| AI Generatif untuk Penemuan Ilmiah | Ulasan | Kumpulan Data dan Tolok Ukur | Metrik kemiripan dan evaluasi obat |
| Desain berbasis Pembelajaran Mendalam | Model generasi molekuler berbasis teks | Model generatif molekuler dalam berbasis multi-Target | Model generatif molekuler dalam berbasis ligan |
| Model generatif molekuler dalam berbasis farmakofor | Model generatif molekuler dalam berbasis struktur | Model generatif molekuler dalam berbasis fragmen | DMG berbasis perancah |
| DMG berbasis fragmen | DMG berbasis motif | DMG berbasis linker | Model generatif molekuler dalam berbasis Reaksi Kimia |
| Model generatif molekuler dalam berbasis Omics | Model generatif molekuler dalam multi-tujuan | Model generatif molekuler dalam kuantum | Rekomendasi dan Referensi |
| Berbasis Spektra (Massa/NMR). | Berbasis Spektrum Massa | Berbasis NMR Spectra | Berbasis Cryo-EM Maps |
| Kumpulan data | Tolok ukur | Kemiripan dengan obat-obatan | Metrik evaluasi |
|---|---|---|---|
| Kumpulan data | Tolok ukur | QED | Skor SA |
| QEPPI | Skor RA | ||
| Metrik evaluasi | |||
| Validasi generatif molekuler |
| Menu | Menu |
|---|---|
| Tolok Ukur untuk Ensembel Konformer Molekuler | Ulasan untuk Generasi Konformasi Molekuler |
| Generasi Konformasi Molekuler berbasis VAE | Generasi Konformasi Molekuler berbasis GAN |
| Pembangkitan Konformasi Molekuler Berbasis Energi | |
| Generasi Konformasi Molekul Berbasis Difusi | |
| Generasi Konformasi Molekuler berbasis RL | |
| Generasi Konformasi Molekuler berbasis GNN |
| Menu | Menu | Menu | Menu |
|---|---|---|---|
| berbasis RNN | berbasis LSTM | Model autoregresif | Berbasis transformator |
| berbasis VAE | berbasis GAN | Berbasis aliran | Berbasis prompt |
| Berbasis Skor | Berbasis energi | Berbasis difusi | DMG Pembelajaran Aktif |
| berbasis RL | DMG multi-tugas | Pencarian Pohon Monte Carlo | Berbasis Algoritma Genetika |
| Berbasis Algoritma Evolusioner | Berbasis Model Bahasa Besar |
Desain Material Menggunakan Kecerdasan Buatan Generatif dan Pembelajaran Mendalam
| Menu | Menu | Menu | Menu |
|---|---|---|---|
mengagumkan-AI4ProteinConformation-MD
https://github.com/AspirinCode/awesome-AI4ProteinConformation-MD
Model Bahasa Besar untuk Ilmu Biomedis, Molekul, Protein, Penemuan Material
https://github.com/HHW-zhou/LLM4Mol
Daftar makalah tentang Desain Protein menggunakan Deep Learning
https://github.com/Peldom/papers_for_protein_design_using_DL
AI Generatif yang Luar Biasa
https://github.com/steven2358/awesome-generative-ai
generasi molekuler yang mengagumkan
https://github.com/amorehead/awesome-molecular-generasi
Survei Kecerdasan Buatan dalam Penemuan Obat
https://github.com/dengjianyuan/Survey_AI_Drug_Discovery
Pembelajaran Mendalam Geometri untuk Penemuan Obat dan Ilmu Hayati
https://github.com/3146830058/Geometry-Deep-Learning-for-Drug-Discovery-and-Life-Science
Model Difusi dalam Desain Obat De Novo [204]
Alakhdar, Amira, Barnabas Poczos, dan Newell Washburn.
J.kimia. Inf. Model. (2024)
Pengoptimalan Prospek Mendalam: Memanfaatkan AI Generatif untuk Modifikasi Struktural [2024]
Zhang, Odin, Haitao Lin, Hui Zhang, Huifeng Zhao, Yufei Huang, Yuansheng Huang, Dejun Jiang, Chang-yu Hsieh, Peichen Pan, dan Tingjun Hou.
arXiv:2404.19230 (2024)
Membuka Potensi Kecerdasan Buatan Generatif dalam Penemuan Obat [2024]
Romanelli, Virgilio, Carmen Cerchia, dan Antonio Lavecchia.
Penerapan AI Generatif (2024)
Kemajuan Terkini dalam Desain Obat De Novo Berbasis Struktur Otomatis [2024]
Bai, Qifeng, Jian Ma, dan Tingyang Xu.
J.kimia. Inf. Model. (2024)
Model Generatif Pembelajaran Mendalam AI untuk Penemuan Obat [2024]
Bai, Qifeng, Jian Ma, dan Tingyang Xu.
Penerapan AI Generatif. Cham: Penerbitan Internasional Springer (2024)
Model Generatif Mendalam dalam Pembuatan Molekul Obat De Novo [2024]
Xiangru Tang, Howard Dai, Elizabeth Knight, Fang Wu, Yunyang Li, Tianxiao Li, Mark Gerstein
arXiv:2402.08703 (2024) | kode
Model Generatif Mendalam dalam Pembuatan Molekul Obat De Novo [2023]
Chao Pang, Jianbo Qiao, Xiangxiang Zeng, Quan Zou, dan Leyi Wei*
J.kimia. Inf. Model. (2023)
Panduan Penumpang untuk Kimia Generatif Berbasis Pembelajaran Mendalam [2023]
Yan Ivanenkov, Bogdan Zagribelnyy, Alex Malyshev, Sergei Evteev, Victor Terentiev, Petrina Kamya, Dmitry Bezrukov, Alex Aliper, Feng Ren, dan Alex Zhavoronkov
Kedokteran ACS. kimia. Biarkan. (2023)
Komputasi kuantum untuk aplikasi jangka pendek dalam kimia generatif dan penemuan obat [2023]
Pyrkov, Alexei, Alex Aliper, Dmitry Bezrukov, Yen-Chu Lin, Daniil Polykovskiy, Petrina Kamya, Feng Ren, dan Alex Zhavoronkov.
Penemuan Obat Saat Ini (2023)
Survei Sistematis dalam Pembelajaran Mendalam Geometris untuk Desain Obat Berbasis Struktur [2023]
Zaixi Zhang, Jiaxian Yan, Qi Liu, Enhong Chen
arXiv:2306.11768v2
Bagaimana AI generatif akan mengganggu ilmu data dalam penemuan obat? [2023]
Vert, JP.
Nat Bioteknologi (2023)
Model Generatif sebagai Paradigma yang Muncul dalam Ilmu Kimia [2023]
Anstine, Dylan M., dan Olexandr Isayev.
JACS (2023)
Model bahasa kimia untuk desain obat de novo: Tantangan dan peluang [2023]
Grisoni, Francesca.
Opini Terkini dalam Biologi Struktural 79 (2023)
Kecerdasan buatan dalam desain obat multi-tujuan [2023]
Luukkonen, Sohvi, Helle W. van den Maagdenberg, Michael TM Emmerich, dan Gerard JP van Westen.
Opini Terkini dalam Biologi Struktural 79 (2023)
Mengintegrasikan pendekatan berbasis struktur dalam desain molekul generatif [2023]
Thomas, Morgan, Andreas Bender, dan Chris de Graaf.
Opini Terkini dalam Biologi Struktural 79 (2023)
Data terbuka dan algoritme untuk sains terbuka dalam informatika molekuler berbasis AI [2023]
Brinkhaus, Henning Otto, Kohulan Rajan, Jonas Schaub, Achim Zielesny, dan Christoph Steinbeck.
Opini Terkini dalam Biologi Struktural 79 (2023)
Desain obat berbasis struktur dengan pembelajaran mendalam geometris [2023]
Isert, Clemens, Kenneth Atz, dan Gisbert Schneider.
Opini Terkini dalam Biologi Struktural 79 (2023)
MolGenSurvey: Survei Sistematis dalam Model Pembelajaran Mesin untuk Desain Molekul [2022]
Du, Yuanqi, Tianfan Fu, Jimeng Sun, dan Shengchao Liu.
arXiv:2203.14500 (2022)
Desain molekuler generatif yang mendalam membentuk kembali penemuan obat [2022]
Zeng, Xiangxiang, Fei Wang, Yuan Luo, Seung-gu Kang, Jian Tang, Felice C. Lightstone, Evandro F. Fang, Wendy Cornell, Ruth Nussinov, dan Feixiong Cheng.
Pengobatan Laporan Sel (2022)
Penemuan obat berbasis struktur dengan pembelajaran mendalam [2022]
Özçelik, Rıza, Derek van Tilborg, José Jiménez-Luna, dan Francesca Grisoni.
KimiaBioChem (2022)
Model generatif untuk penemuan molekuler: Kemajuan dan tantangan terkini [2022]
Bilodeau, Camille, Wengong Jin, Tommi Jaakkola, Regina Barzilay, dan Klavs F. Jensen.
Ilmu Molekuler Komputasi 12.5 (2022)
Menilai Model Generatif Mendalam dalam Ruang Komposisi Kimia [2022]
Türk, Hanna, Elisabetta Landini, Christian Kunkel, Johannes T. Margraf, dan Karsten Reuter.
Kimia Bahan 34.21 (2022)
Pembelajaran mesin generatif untuk penemuan obat de novo: Tinjauan sistematis [2022]
Martinelli, Dominikus.
Komputer dalam Biologi dan Kedokteran 145 (2022)
Pendekatan generatif berbasis docking dalam pencarian kandidat obat baru [2022]
Danel, Tomasz, Jan Łęski, Sabina Podlewska, dan Igor T. Podolak.
Penemuan Obat Saat Ini (2022)
Kemajuan dan Tantangan Desain Obat De Novo Menggunakan Model Generatif Dalam Tiga Dimensi [2022]
Xie, Weixin, Fanhao Wang, Yibo Li, Luhua Lai, dan Jianfeng Pei.
J.kimia. Inf. Model. 2022, 62, 10, 2269–2279
Pembelajaran mendalam untuk mengkatalisis desain molekul terbalik [2022]
Alshehri, Abdulelah S., dan Fengqi You.
Jurnal Teknik Kimia 444 (2022)
AI dalam desain gabungan 3D [2022]
Hadfield, Thomas E., dan Charlotte M. Deane.
Opini Terkini dalam Biologi Struktural 73 (2022)
Pendekatan pembelajaran mendalam untuk desain obat de novo: Gambaran umum [2021]
Wang, Mingyang, Zhe Wang, Huiyong Sun, Jike Wang, Chao Shen, Gaoqi Weng, Xin Chai, Honglin Li, Dongsheng Cao, dan Tingjun Hou.
Opini Terkini dalam Biologi Struktural 72 (2022)
Kimia generatif: penemuan obat dengan model generatif pembelajaran mendalam [2021]
Bian, Yuemin, dan Xiang-Qun Xie.
Jurnal Pemodelan Molekuler 27 (2021)
Pembelajaran Mendalam Generatif untuk Desain Gabungan Bertarget [2021]
Sousa, Tiago, João Correia, Vítor Pereira, dan Miguel Rocha.
J.kimia. Inf. Model. 2021, 61, 11, 5343–5361
Model Generatif untuk Desain Obat De Novo [2021]
Tong, Xiaochu, Xiaohong Liu, Xiaoqin Tan, Xutong Li, Jiaxin Jiang, Zhaoping Xiong, Tingyang Xu, Hualiang Jiang, Nan Qiao, dan Mingyue Zheng.
Jurnal Kimia Obat 64.19 (2021)
Desain molekuler dalam penemuan obat: tinjauan komprehensif model generatif mendalam [2021]
Cheng, Yu, Yongshun Gong, Yuansheng Liu, Bosheng Song, dan Quan Zou.
Pembekalan Bioinformatika 22.6 (2021)
Desain molekuler de novo dan model generatif [2021]
Meyers, Joshua, Benedek Fabian, dan Nathan Brown.
Penemuan Obat Hari Ini 26.11 (2021)
Pembelajaran mendalam untuk desain molekuler—tinjauan mutakhir [2019]
Elton, Daniel C., Zois Boukouvalas, Mark D. Fuge, dan Peter W. Chung.
Desain & Rekayasa Sistem Molekuler 4.4 (2019)
Desain molekuler terbalik menggunakan pembelajaran mesin: Model generatif untuk rekayasa materi [2018]
Sanchez-Lengeling, Benjamin, dan Alán Aspuru-Guzik.
Sains 361.6400 (2018)
Bank Obat
SENG 15
SENG 20
PubChem
ChEMBL
Basis Data GDB
laba-laba kimia
Kumpulan Data QM
KELAPA | Koleksi database Produk Alami Terbuka
Data Mol
Tolok Ukur Molekuler untuk Pembelajaran Mesin Berbasis Penyakit dan Target
https://github.com/LumosBio/MolData
Studi Benchmarking Model Generatif Dalam untuk Desain Polimer Terbalik [2024]
Yue T, Tao L, Varshney V, Li Y.
chemrxiv-2024-gzq4r (2024)
RediscMol: Membandingkan Model Generasi Molekuler dalam Sifat Biologis [2024]
Weng, Gaoqi, Huifeng Zhao, Dou Nie, Haotian Zhang, Liwei Liu, Tingjun Hou, dan Yu Kang.
J.Med. kimia. 2024 | kode
Model Generatif Setidaknya Harus Mampu Mendesain Molekul yang Terpasang dengan Baik: Sebuah Tolok Ukur Baru [2023]
Ciepliński, Tobiasz, Tomasz Danel, Sabina Podlewska, dan Stanisław Jastrzȩbski.
J.kimia. Inf. Model. 2023, 63, 11, 3238–3247 | kode
Tartarus: Platform Pembandingan untuk Desain Molekuler Terbalik yang Realistis dan Praktis [2022]
Nigam, AkshatKumar, Robert Pollice, Gary Tom, Kjell Jorner, Luca A.
arXiv:2209.12487v1 | kode
Kumpulan Molekuler (MOSES): Platform pembandingan untuk model pembangkitan molekuler [2020]
Polykovskiy, Daniil, Alexander Zhebrak, Benjamin Sanchez-Lengeling, Sergey Golovanov, Oktai Tatanov, Stanislav Belyaev, Rauf Kurbanov dkk.
Frontiers dalam Farmakologi 11 (2020) | kode
GuacaMol: Model Tolok Ukur untuk Desain Molekuler de Novo [2019]
Brown, Nathan, Marco Fiscato, Marwin HS Segler, dan Alain C. Vaucher.
J.kimia. Inf. Model. 2019, 59, 3, 1096–1108 | kode
Kemiripan obat dapat didefinisikan sebagai keseimbangan kompleks dari berbagai sifat molekul dan fitur struktur yang menentukan apakah molekul tertentu mirip dengan obat yang diketahui. Sifat-sifat ini, terutama hidrofobisitas, distribusi elektronik, karakteristik ikatan hidrogen, ukuran dan fleksibilitas molekul dan tentu saja adanya berbagai fitur farmakoforik mempengaruhi perilaku molekul dalam organisme hidup, termasuk bioavailabilitas, sifat transportasi, afinitas terhadap protein, reaktivitas, toksisitas, metabolisme. stabilitas dan banyak lainnya.
https://github.com/AspirinCode/DrugAI_Drug-Likeness
estimasi kuantitatif kemiripan obat
perkiraan kuantitatif interaksi protein-protein yang menargetkan kemiripan obat
Indeks Perkiraan Kuantitatif untuk Skrining Tahap Awal Senyawa yang Menargetkan Interaksi Protein-Protein [2021]
Kosugi, Takatsugu, dan Masahito Ohue.
Jurnal Internasional Ilmu Molekuler 22.20 (2021) | kode
Perkiraan Kuantitatif Interaksi Protein-Protein yang Menargetkan Kemiripan Obat [2021]
Kosugi, Takatsugi, dan Masahito Ohue.
CIBCB. IEEE, (2021) | kode
Estimasi skor aksesibilitas sintetik molekul mirip obat berdasarkan kompleksitas molekul dan kontribusi fragmen
J Cheminform 1, 8 (2009) | kode
Skor aksesibilitas retrosintetik (RAscore) – klasifikasi kemampuan sintesis yang dipelajari mesin secara cepat dari perencanaan retrosintetik berbasis AI
Ilmu Kimia 12.9 (2021) | kode
Keanekaragaman Hamiltonian: secara efektif mengukur keanekaragaman molekuler dengan sirkuit Hamilton terpendek [2024]
Hu, X., Liu, G., Yao, Q. dkk.
J Cheminform 16, 94 (2024) | kode
Skor Spasial – Indikator Topologi Komprehensif untuk Kompleksitas Molekul Kecil [2023]
Krzyzanowski, Adrian, Axel Pahl, Michael Grigalunas, dan Herbert Waldmann.
J.Med. kimia. (2023) | chemrxiv-2023-nd1ll | kode
Fungsi penilaian otomatis untuk memfasilitasi dan menstandardisasi evaluasi model generatif yang diarahkan pada tujuan untuk desain molekuler de novo [2023]
Thomas, Morgan, Noel M.O'Boyle, Andreas Bender, dan Chris De Graaf.
chemrxiv-2023-c4867 | kode
FCD : Jarak Fréchet ChemNet
Fréchet ChemNet Jarak: Metrik Model Generatif Molekul dalam Penemuan Obat Preuer, Kristina, Philipp Renz, Thomas Unterthiner, Sepp Hochreiter, dan Gunter Klambauer.
J.kimia. Inf. Model. 2018, 58, 9, 1736–1741 | kode
Pemeringkatan Molekul Berbasis Kebingungan dan Estimasi Bias Model Bahasa Kimia [2022]
Moret, M., Grisoni, F., Katzberger, P. dan Schneider, G.
J.kimia. Inf. Model. 2022, 62, 5, 1199–1206 | kode
Pengambilan Sampel yang Ditingkatkan dengan Bantuan Pembelajaran Mendalam untuk Menjelajahi Perubahan Konformasi Molekuler [2023]
Haohao Fu, Han Liu, Jingya Xing, Tong Zhao, Xueguang Shao, dan Wensheng Cai.
J.Fisika. kimia. B (2023)
Kerangka Kerja End-to-End untuk Pembuatan Konformasi Molekuler melalui Pemrograman Bilevel [2021]
Xu, Minkai, Wujie Wang, Shitong Luo, Chence Shi, Yoshua Bengio, Rafael Gomez-Bombarelli, dan Jian Tang.
Konferensi Internasional tentang Pembelajaran Mesin. PMLR (2021) | kode
AGDIFF: Difusi Peningkatan Perhatian untuk Prediksi Geometri Molekuler [204]
Kim, S., Woo, J. & Kim, WY
kimiaRxiv. (2024) | kode
AI generatif berbasis difusi untuk mengeksplorasi keadaan transisi dari grafik molekul 2D [204]
Kim, S., Woo, J. & Kim, WY
Nat Komuni 15, 341 (2024) | kode
Model generatif berbasis fisika untuk konformer molekul mirip obat [204]
David C. Williams, Neil Imana.
arXiv:2403.07925. (2024) | kode
DynamicsDiffusion: Menghasilkan dan Pengambilan Sampel Peristiwa Langka dari Lintasan Dinamis Molekuler Menggunakan Model Difusi [2023]
Petersen, Magnus, Gemma Roig, dan Roberto Covino.
NeurIPS 2023 AI4 Sains (2023)
Menghasilkan Bidang Konformer Molekuler [2023]
Yuyang Wang, Ahmed Elhag, Navdeep Jaitly, Joshua Susskind, Miguel Bautista.
[Lokakarya NeurIPS 2023 AI Generatif dan Biologi (GenBio) (2023)]https://openreview.net/forum?id=Od1KtMeAYo)
Tentang Mempercepat Pembuatan Konformasi Molekuler Berbasis Difusi di Ruang Invarian SE(3) [2023]
Zhou, Z., Liu, R. dan Yu, T.
arXiv:2310.04915 (2023))
Pembuatan Konformasi Molekuler melalui Pergeseran Skor [2023]
Zhou, Zihan, Ruiying Liu, Chaolong Ying, Ruimao Zhang, dan Tianshu Yu.
arXiv:2309.09985 (2023)
EC-Conf: Model Difusi Ultra-cepat untuk Pembuatan Konformasi Molekuler dengan Konsistensi Setara [2023]
Fan, Zhiguang, Yuedong Yang, Mingyuan Xu, dan Hongming Chen.
arXiv:2308.00237 (2023)
Difusi torsi untuk pembuatan konformer molekuler [2022]
Jing, Bowen, Gabriele Corso, Jeffrey Chang, Regina Barzilay, dan Tommi Jaakkola.
sarafIPS. (2022) | kode
GeoDiff: Model Difusi Geometris untuk Pembuatan Konformasi Molekuler [2022]
Xu, Minkai, Lantao Yu, Yang Song, Chence Shi, Stefano Ermon, dan Jian Tang.
Konferensi Internasional tentang Representasi Pembelajaran. (2022) | kode
Percepatan Penemuan Inhibitor Karbamat Cbl-b Menggunakan Model AI Generatif dan Desain Obat Berbasis Struktur [2024]
Quinn, TR, Giblin, KA, Thomson, C., Boerth, JA, Bommakanti, G., Braybrooke, E., Chan, C., Chinn, AJ, Code, E., Cui, C. dan Fan, Y.
J.Med. kimia. (2024) | kode
Menemukan Kembali 4: Desain molekul generatif modern yang digerakkan oleh AI [2024]
Hannes H. Loeffler, Jiazhen He, Alessandro Tibo, Jon Paul Janet, Alexei Voronov, Lewis H. Mervin & Ola Engkvist
Jurnal Kimia Informatika,16(20) (2024) | kode
Chemistry42: Platform Berbasis AI untuk Desain dan Optimasi Molekuler [2023]
Ivanenkov, Yan A., Daniil Polykovskiy, Dmitry Bezrukov, Bogdan Zagribelnyy, Vladimir Aladinskiy, Petrina Kamya, Alex Aliper, Feng Ren, dan Alex Zhavoronkov.
Jurnal Informasi dan Pemodelan Kimia 63.3 (2023) | web
Jaringan Syaraf Berulang Bersyarat Transkripsional untuk Desain Obat De Novo [2024]
Matsukiyo, Y., Tengeiji, A., Li, C. dan Yamanishi, Y.
J.kimia. Inf. Model. (2024) | kode
Desain obat de novo prospektif dengan pembelajaran interaksi mendalam [2024]
Atz, K., Cotos, L., Isert, C. dkk.
Nat Komuni 15, 3408 (2024) | kode
CNSMolGen: model generatif berbasis jaringan saraf berulang dua arah untuk desain obat sistem saraf pusat de novo [2024]
Gou, Rongpei, Jingyi Yang, Menghan Guo, Yingjun Chen, dan Wei Wei Xue.
chemrxiv-2024-x4wbl (2024) | kode
NovoMol: Jaringan Neural Berulang untuk Desain dan Validasi Obat Bioavailable Oral pada Reseptor PDGFRα [2023]
Rao, Ishir.
arXiv:2312.01527 (2023) | kode
Pembuatan perpustakaan molekul obat terfokus menggunakan jaringan saraf berulang [2023]
Zou, Jinping, Long Zhao, dan Shaoping Shi.
Jurnal Pemodelan Molekuler 29.12 (2023) | kode
ChemTSv2: Desain molekul fungsional menggunakan generator molekul de novo [2023]
Ishida, Shoichi, Tanuj Aasawat, Masato Sumita, Michio Katouda, Tatsuya Yoshizawa, Kazuki Yoshizoe, Koji Tsuda, dan Kei Terayama.
Ulasan Interdisipliner Wiley: Ilmu Molekuler Komputasi (2023) | kode
Memanfaatkan Pembelajaran Penguatan untuk Desain Obat de novo [2023]
Svensson, Hampus Gummesson, Christian Tyrchan, Ola Engkvist, dan Morteza Haghir Chehreghani.
arXiv:2303.17615 (2023) | kode
Desain obat de novo berdasarkan Stack-RNN dengan jumlah tertimbang imbalan multi-tujuan dan pembelajaran penguatan [2023]
Hu, P., Zou, J., Yu, J. dkk.
J Mol Model 29, 121 (2023) | kode
Tentang Kesulitan Memvalidasi Model Generatif Molekuler Secara Realistis: Studi Kasus pada Data Publik dan Kepemilikan [2023]
Handa, Koichi, Morgan Thomas, Michiharu Kageyama, Takeshi Iijima, dan Andreas Bender.
chemrxiv-2023-lbvgn | kode
Magicmol: jalur pipa ringan untuk evolusi molekul mirip obat dan eksplorasi ruang angkasa kimia secara cepat [2023]
Chen, Lin, Qing Shen, dan Jungang Lou.
Bioinformatika BMC (2023) | kode
Augmented Hill-Climb meningkatkan efisiensi pembelajaran penguatan untuk pembuatan molekul de novo berbasis bahasa [2022]
Thomas, M., O'Boyle, NM, Bender, A. dkk.
J Cheminform (2022) | kode
Desain molekul de novo dengan model bahasa kimia [2022]
Grisoni, F., Schneider, G.
Kecerdasan Buatan dalam Desain Obat. Metode dalam Biologi Molekuler, vol 2390.(2022) | kode
Kerangka Kerja RNN yang Berkorelasi untuk Menghasilkan Molekul dengan Cepat dengan Sifat yang Diinginkan untuk Bahan Energik dalam Rezim Data Rendah [2022]
Li, Chuan, Chenghui Wang, Ming Sun, Yan Zeng, Yuan Yuan, Qiaolin Gou, Guangchuan Wang, Yanzhi Guo, dan Xuemei Pu.
J.kimia. Inf. Model. (2022) | kode
Mengoptimalkan Arsitektur Jaringan Neural Berulang untuk Desain Obat De Novo [2021]
Santos, BP, Abbasi, M., Pereira, T., Ribeiro, B., & Arrais, JP
Kertas | kode
Jaringan saraf berulang (RNN) yang menghasilkan molekul mirip obat untuk penemuan obat [2021]
kode
Model generatif molekul menggunakan sidik jari interaksi (pose docking) sebagai batasan [2021]
kode
Pembuatan Molekul Dua Arah dengan Jaringan Neural Berulang [2020]
Grisoni, F., Moret, M., Lingwood, R., & Schneider, G.
J.kimia. Inf. Model. (2020) | kode
Pengarahan langsung generasi molekuler de novo dengan jaringan saraf berulang bersyarat deskriptor [2019]
Kotsias, PC., Arús-Pous, J., Chen, H. dkk.
Nat Mach Intell 2, 254–265 (2020) | kode
ChemTS: Perpustakaan Python yang Efisien untuk Generasi Molekuler de novo [2017]
Yang, X., Zhang, J., Yoshizoe, K., Terayama, K., & Tsuda, K.
Sains dan Teknologi Material Maju (2017) | kode
ClickGen: Eksplorasi terarah pada ruang kimia yang dapat disintesis melalui reaksi modular dan pembelajaran penguatan [2024]
Wang, M., Li, S., Wang, J. dkk.
Nat Komuni 15, 10127 (2024) | kode
DigFrag sebagai metode fragmentasi digital yang digunakan untuk desain obat berbasis kecerdasan buatan [2024]
Yang, R., Zhou, H., Wang, F. dkk.
Kimia Komuni 7, 258 (2024) | kode
Desain obat de novo prospektif dengan pembelajaran interaksi mendalam [2024]
Atz, K., Cotos, L., Isert, C. dkk.
Nat Komuni 15, 3408 (2024) | kode
Penemuan Obat Komputasi pada Virus HIV dengan Arsitektur Pembelajaran Mendalam Autoencoder Variasi LSTM yang Disesuaikan [2023]
Kutsal, Mucahit, Ferhat Ucar, dan Nida Kati.
CPT: Farmakometri & Sistem Farmakologi. (2023) | kode
Model Urutan Ruang-Negara Terstruktur untuk Desain Obat De Novo [2023]
Özçelik R, de Ruiter S, Grisoni F.
chemrxiv-2023-jwmf3. (2023) | kode
Mengintegrasikan aksesibilitas sintetik dengan desain obat generatif berbasis AI [2023]
Parrot, M., Tajmouati, H., da Silva, VBR dkk.
J Cheminform 15, 83 (2023) | kode
Pembelajaran interaksi mendalam untuk desain obat de novo [2023]
Atz K, Cotos Muñoz L, Isert C, Håkansson M, Focht D, Nippa DF, dkk.
chemrxiv-2023-cbq9k (2023)
Desain obat de novo yang didorong oleh pembelajaran mendalam berdasarkan struktur pompa proton lambung [2023]
Abe, K., Ozako, M., Inukai, M. dkk.
Komunitas Biol 6, 956 (2023) | kode
Kecerdasan Buatan untuk Memprediksi Aktivitas Biologis dan Menghasilkan Serangan Molekuler menggunakan Informasi Stereokimia [2023]
Pereira, Tiago O., Maryam Abbasi, Rita I. Oliveira, Romina A. Guedes, Jorge AR Salvador, dan Joel P. Arrais.
Lapangan Penelitian. (2023) | kode
LOGIKA: Mempelajari distribusi generatif yang optimal untuk merancang struktur kimia de novo [2023]
Bae, B., Bae, H. & Nam, H.
J Cheminform 15, 77 (2023) | kode
Memanfaatkan struktur molekul dan bioaktivitas dengan model bahasa kimia untuk desain obat de novo [2023]
Kotsias, PC., Arús-Pous, J., Chen, H. dkk.
Nat Komuni 14, 114 (2023) | kode
CharLSTM berbasis SMILES dengan penyesuaian dan pembuatan yang diarahkan pada tujuan melalui gradien kebijakan [2022]
kode
DeLA-Drug: Algoritma Pembelajaran Mendalam untuk Desain Otomatis Analog Mirip Obat [2022]
Creanza, TM, Lamanna, G., Delre, P., Contino, M., Corriero, N., Saviano, M., ... & Ancona, N.
J.kimia. Inf. Model. (2022) | jaring
Desain de novo dan prediksi bioaktivitas protease inhibitor utama SARS-CoV-2 menggunakan pembelajaran transfer berbasis jaringan saraf berulang [2021]
Santana, MVS, Silva-Jr, FP
Kimia BMC 15, 8 (2021) | kode
Jaringan Berulang Generatif untuk Desain Obat De Novo [2018]
Gupta, A., Müller, AT, Huisman, BJ, Fuchs, JA, Schneider, P., & Schneider, G.
Informasi Mol. 2018 | kode
Jaringan Neural Berulang Generatif untuk Desain Obat De Novo [2017]
Gupta, Anvita, dkk.
Informasi Mol. 2018 | kode
Saturnus: Desain Molekuler Generatif yang Efisien Sampel menggunakan Manipulasi Memori [2024]
Jeff Guo, Philippe Schwaller.
arXiv:2405.17066 (2024) | kode
Memungkinkan pembuatan molekul yang sadar target untuk mengikuti multi tujuan dengan Pareto MCTS [2024]
Yang, Y., Chen, G., Li, J. dkk.
Komunitas Biol 7, 1074 (2024) | kode
PocketFlow adalah model generatif molekuler berbasis struktur yang digerakkan oleh data dan pengetahuan [2024]
Shengyong Yang, Yuanyuan Jiang, Guo Zhang dkk.
Nat Mach Intell (2024) | Lapangan Penelitian. PRAPRINT. (2023) | kode
Desain Molekul De Novo Menuju Properti Bias melalui Kerangka Generatif Mendalam dan Pembelajaran Transfer Iteratif [2024]
Sattari, Kianoosh, Dawei Li, Bhupalee Kalita, Yunchao Xie, Fatemeh Barmaleki Lighvan, Olexandr Isayev, dan Jian Lin.
Penemuan Digital (2024) | kode
Simfoni: Harmonisa Bola Berpusat Titik Ekuivalen Simetri untuk Pembuatan Molekul 3D [2024]
Ameya Daigavane dan Song Eun Kim dan Mario Geiger dan Tess Smidt.
ICLR (2024) | kode
Difusi berbasis fragmen autoregresif untuk desain ligan yang sadar kantong [2023]
Ghorbani, Mahdi, Leo Gendelev, Paul Beroza, dan Michael Keiser.
Lokakarya NeurIPS 2023 AI Generatif dan Biologi (GenBio). (2023) | kode
Pembelajaran permukaan topologi dan struktur geometris untuk pembuatan molekul 3D [2023]
Zhang, Odin, Tianyue Wang, Gaoqi Weng, Dejun Jiang, Ning Wang, Xiaorui Wang, Huifeng Zhao dkk.
Ilmu Pengetahuan Nat Comput (2023) | kode
ResGen adalah model pembuatan molekul 3D yang ramah kantong berdasarkan pemodelan multiskala paralel [2023]
Zhang, O., Zhang, J., Jin, J. dkk.
Nat Mach Intell (2023) | kode
FFLOM: Model Autoregresif Berbasis Aliran untuk Optimasi Fragmen ke Prospek [2023]
Jieyu Jin, Dong Wang, Guqin Shi, Jingxiao Bao, Jike Wang, Haotian Zhang, Peichen Pan, Dan Li, Xiaojun Yao, Huanxiang Liu, Tingjun Hou, dan Yu Kang
J.Med. kimia. (2023) | kode
Generasi Molekuler Domain-Agnostik dengan Umpan Balik Mandiri [2023]
Yin Fang, Ningyu Zhang, Zhuo Chen, Xiaohui Fan, Huajun Chen
arXiv:2301.11259v3 | kode
GraphAF: Model Autoregresif Berbasis Aliran untuk Pembuatan Grafik Molekuler [2020]
Shi, C., Xu, M., Zhu, Z., Zhang, W., Zhang, M., & Tang, J.
ICLR (2020) |arXiv:2001.09382 | kode
Pengeditan molekuler mirip obat generatif berbasis difusi dengan bahasa alami kimia [2024]
Jianmin Wang, Peng Zhou, Zixu Wang, Wei Long, Yangyang Chen, Kyoung Tai No, Dongsheng Ouyang*,Jiashun Mao* dan Xiangxiang Zeng*.
J.Pharm. Dubur. (2024) | kode
Memanfaatkan VAE Tree-Transformer dengan tokenisasi fragmen untuk model generatif kimia besar berkinerja tinggi [2024]
Inukai T, Yamato A, Akiyama M, Sakakibara Y.
kimiaRxiv. (2024) | kode
Pendekatan pembelajaran mendalam untuk pembentukan ligan rasional dengan pengendalian toksisitas melalui bahan penyusun reaktif [2024]
Li, P., Zhang, K., Liu, T. dkk.
Ilmu Pengetahuan Nat Comput (2024) | kode
Model Dasar untuk Desain Bahan Kimia dan Prediksi Properti [2024]
Cai, F., Zhu, T., Tzeng, TR, Duan, Y., Liu, L., Pilla, S., Li, G. dan Luo, F.
arXiv:2410.21422 (2024) | kode
SE(3) Topologi Ekuivalen untuk Penemuan Obat Berbasis Struktur [2024]
Prat A, Abdel Aty H, Pabrinkis A, Bastas O, Paquet T, Kamuntavičius G, dkk.
kimiaRxiv. (2024)
Transformator Difusi Grafik untuk Pembangkitan Molekul Multi-Kondisi [2024]
Liu, Gang, Jiaxin Xu, Te Luo dan Meng Jiang.
NeurIPS 2024 (Lisan). (2024) | kode
Eksplorasi luar angkasa kimia lokal secara menyeluruh menggunakan model transformator [2024]
Tibo, A., He, J., Janet, JP dkk.
Nat Komuni 15, 7315 (2024) | kode
Autoencoder Variasi Grafik Transformator untuk Desain Molekuler Generatif [2024]
Nguyen, Trieu, dan Aleksandra Karolak.
bioRxiv (2024)
BindGPT: Kerangka Kerja Skalabel untuk Desain Molekuler 3D melalui Pemodelan Bahasa dan Pembelajaran Penguatan [2024]
Zholus, Artem, Maksim Kuznetsov, Roman Schutski, Rim Shayakhmetov, Daniil Polykovskiy, Sarath Chandra, dan Alex Zhavoronkov.
arXiv:2406.03686 (2024)
Menjelajahi Analog Fentanil Baru Menggunakan Model Transformator Berbasis Grafik [2024]
Zhang, Guangle, Yuan Zhang, Ling Li, Jiaying Zhou, Honglin Chen, Jinwen Ji, Yanru Li, Yue Cao, Zhihui Xu, dan Cong Pian.
Ilmu Interdisipliner: Ilmu Kehidupan Komputasi (2024) | kode
TenGAN: Pembuat Enkode Transformator Murni Membuat GAN Diskrit yang Efisien untuk Generasi Molekuler De Novo [2024]
Li, Chen, dan Yoshihiro Yamanishi.
Konferensi Internasional tentang Kecerdasan Buatan dan Statistik. PMLR (2024)
DockingGA: meningkatkan generasi molekul yang ditargetkan menggunakan jaringan saraf transformator dan algoritma genetika dengan simulasi docking [2024]
Changnan Gao, Wenjie Bao, Shuang Wang, Jianyang Zheng, Lulu Wang, Yongqi Ren, Linfang Jiao, Jianmin Wang, Xun Wang.
Pengarahan dalam Genomik Fungsional (2024) | kode
Harus AMAN: Kerangka Baru untuk Desain Molekuler [2024]
Noutahi, Emmanuel, Cristian Gabellini, Michael Craig, Jonathan SC Lim, dan Prudencio Tossou.
Penemuan Digital (2024) | arXiv:2310.10773 (2023) | kode
Meningkatkan efisiensi desain molekuler: Menyatukan model bahasa dan jaringan generatif dengan algoritma genetika [2024]
Bhowmik, Debsindhu, Pei Zhang, Zachary Fox, Stephan Irle, dan John Gounley.
Pola (2024) | kode
ChemSpaceAL: Metodologi Pembelajaran Aktif yang Efisien yang Diterapkan pada Generasi Molekuler Spesifik Protein [2024]
Kyro, Gregory W., Anton Morgunov, Rafael I. Brent, dan Victor S. Batista.
J.kimia. Inf. Model. (2024) | kode
Evaluasi Pembelajaran Penguatan pada Desain Molekuler Berbasis Transformator [2024]
Dia J, Tibo A, Janet JP, Nittinger E, Tyrchan C, Czechtizky W, dkk.
kimiarxiv-2024-r9ljm (2024) | kode
Optimasi Ruang Ganda: Peningkatan Desain Urutan Molekul dengan Latent Prompt Transformer [2024]
Deqian Kong dan Yuhao Huang dan Jianwen Xie dan Edouardo Honig dan Ming Xu dan Shuanghong Xue dan Pei Lin dan Sanping Zhou dan Sheng Zhong dan Nanning Zheng dan Ying Nian Wu.
arXiv:2402.17179 (2024)
Model generatif molekul baru VAE dikombinasikan dengan Transformer [2024]
Yasuhiro Yoshikai dan Tadahaya Mizuno dan Shumpei Nemoto dan Hiroyuki Kusuhara.
arXiv:2402.11950 (2024) | kode
GexMolGen: Pembuatan Molekul Mirip Hit Lintas-modal melalui Pengkodean Model Bahasa Besar dari Tanda Tangan Ekspresi Gen [2024]
Cheng, Jia-Bei, Xiaoyong Pan, Kaiyuan Yang, Shenghao Cao, Bin Liu, Qingran Yan, dan Ye Yuan.
bioRxiv (2024) | kode
Generator Kontribusi Keanekaragaman Perancah Lokal untuk Menemukan Potensi Inhibitor NLRP3 [2024]
Weichen Bo, Yangqin Duan, Yurong Zou, Ziyan Ma, Tao Yang, Peng Wang, Tao Guo, Zhiyuan Fu, Jianmin Wang, Linchuan Fan, Jie liu, Taijin Wang, dan Lijuan Chen.
J.kimia. Inf. Model. (2024) | kode
Pembuatan Molekul Sadar Target untuk Desain Obat Menggunakan Model Bahasa Kimia [2024]
Xia, Yingce, Kehan Wu, Pan Deng, Renhe Liu, Yuan Zhang, Han Guo, Yumeng Cui dkk.
bioRxiv (2024)
Menemukan penemuan ligan baru dan bioaktif dengan model generatif informasi farmakofor [2024]
Xie, Weixin, Jianhang Zhang, Qin Xie, Chaojun Gong, YouJun Xu, Luhua Lai, dan Jianfeng Pei.
ARXIV: 2401.01059 (2024) | kode
Kerangka Penemuan Polimer yang Dapat Ditunjukkan Sendiri Berdasarkan Model Generatif Bersyarat [2023]
Xiangyun Lei dan Weike Ye dan Zhenze Yang dan Daniel Schweigert dan Ha-Kyung Kwon dan Arash Khajeh.
ARXIV: 2312.04013. (2023)
Llamol: Transformator generatif multi-kondisional yang dinamis untuk desain molekuler de novo [2023]
Dobberstein, Niklas, Astrid Maass, dan Jan Hamaekers.
ARXIV: 2311.14407. (2023) | kode
GraphGPT: Grafik yang ditingkatkan transformator pretrained generatif untuk generasi molekuler terkondisi [2023]
Lu, Hao, Zhiqiang Wei, Xuze Wang, Kun Zhang, dan Hao Liu.
Jurnal Internasional Ilmu Molekuler 24.23 (2023) | kode
Protacable adalah pipa komputasi integratif dari pemodelan 3-D dan pembelajaran mendalam untuk mengotomatiskan desain de novo protacs [2023]
Hazem Mslati, Francesco Gentile, Mohit Pandey, Fuqiang Ban, Artem Cherkasov.
Biorxiv 2023.11.20.567951. (2023) | kode
Strategi dan optimasi generasi molekuler berdasarkan pembelajaran penguatan A2C dalam desain obat de novo [2023]
Wang, Qian, Zhiqiang Wei, Xiaotong Hu, Zhuoya Wang, Yujie Dong, dan Hao Liu.
Bioinformatika: BTAD693. (2023) | kode
Generasi Modal Cross-Modal Molekul Hit Melalui Pengkodean Model Foundation dari Tanda Tangan Ekspresi Gen [2023]
Jiabei Cheng, Xiaoyong Pan, Kaiyuan Yang, Shenghao Cao, Bin Liu, Ye Yuan.
Biorxiv 2023.11.11.566725. (2023) | kode
Reinvent4: Desain Molekul Generatif AI modern [2023]
Loeffler H, He, Tibo A, Janet JP, Voronov A, Mervin L, dkk.
chemrxiv-2023-x65x (2023) | kode
Optimalisasi afinitas pengikatan dalam ruang kimia dengan transformator dan pembelajaran penguatan mendalam [2023]
Xu, Xiaopeng, Juexiao Zhou, Chen Zhu, Qing Zhan, Zhongxiao Li, Ruochi Zhang, Yu Wang, Xingyu Liao, dan Xin Gao.
chemrxiv-2023-7v4sw (2023) | kode
Mencari molekul bernilai tinggi menggunakan pembelajaran penguatan dan transformer [2023]
Raj Ghugare dan Santiago Miret dan Adriana Hugessen dan Mariano Phielipp dan Glen Berseth.
ARXIV: 2310.02902 (2023)
Desain molekuler de novo melalui pembelajaran penguatan berbasis transformator [2023]
Feng, Tao, Pengcheng Xu, Tianfan Fu, Siddhartha Laghuvarapu, dan Jimeng Sun.
ARXIV: 2310.05365 (2023)
Model bahasa transformator generatif probabilistik untuk desain generatif molekul [2023]
Wei, L., Fu, N., Song, Y. et al.
J Cheminform 15, 88 (2023) | kode
Desain obat de novo dengan transformator sendi [2023]
Adam Izdebski dan Ewelina Węglarz-Tomczak dan Ewa Szczurek dan Jakub M. Tomczak
ARXIV: 2310.02066. (2023)
Model urutan ruang-negara terstruktur untuk desain obat de novo [2023]
Özçelik R, De Ruiter S, Grisnis F.
chemrxiv-2023-jwmf3. (2023) | kode
Generasi de novo dari struktur kimia kandidat inhibitor dan aktivator untuk protein target terapeutik oleh autoencoder variasi berbasis transformator dan optimasi Bayesian [2023]
Yuki Matsukiyo, Chikashige Yamanaka, dan Yoshihiro Yamanishi.
J. Chem. Inf. Model. (2023) | kode
GAN transformer terbalik menghasilkan molekul yang dibatasi oleh perancah dengan optimasi properti. [2023]
Li, C., Yamanishi, Y.
ECML PKDD (2023) | kode
Chemspaceal: Metodologi pembelajaran aktif yang efisien diterapkan pada generasi molekuler spesifik protein [2023]
Kyro, Gregory W., Anton Morgunov, Rafael I. Brent, dan Victor S. Batista.
ARXIV: 2309.05853 (2023) | kode
Desain molekul 3D yang efisien dengan E (3) transformator invarian VAE [2023]
Dollar, Orion, Nisarg Joshi, Jim Pfaendtner, dan David AC Beck.
Jurnal Kimia Fisik A (2023) | kode
Lingo3dmol: Generasi molekul 3D berbasis saku menggunakan model bahasa [2023]
Wang, Lvwei, Zaiyun Lin, Yanhao Zhu, Rong Bai, Wei Feng, Huting Wang, Jielong Zhou, Wei Peng, Bo Huang, dan Wenbiao Zhou.
ARXIV: 2305.10133 (2023) | kode
FSM-DDTR: Strategi umpan balik ujung ke ujung untuk desain obat de novo multi-objektif menggunakan Transformers [2023]
Monteiro, Nelson RC, Tiago O. Pereira, Ana Catarina D. Machado, José L. Oliveira, Maryam Abbasi, dan Joel P. Arrais.
Komputer dalam Biologi dan Kedokteran (2023) | kode
Macrosyclisasi molekul linier dengan pembelajaran mendalam untuk memfasilitasi penemuan kandidat obat makrosiklik [2023]
Diao, Y., Liu, D., Ge, H. et al.
NAT COMMUN 14, 4552 (2023) | kode
Desain obat de novo berdasarkan profil ekspresi gen pasien melalui pembelajaran mendalam [2023]
Yamanaka, Chikashige, Shunya Uki, Kazuma Kaitoh, Michio Iwata, dan Yoshihiro Yamanishi.
Informatika Molekuler (2023) | kode
Metode pembelajaran mendalam berbasis transformator untuk mengoptimalkan sifat adon dari senyawa timbal [2023]
Yang, LIJUAN, Chao Jin, Guanghui Yang, Zhitong Bing, Liang Huang, Yuzhen Niu, dan Lei Yang.
Fisika Kimia Kimia Fisik 25.3 (2023)
Desain obat berbasis urutan sebagai konsep dalam desain obat komputasi [2023]
Chen, L., Fan, Z., Chang, J. et al.
NAT COMMUN 14, 4217 (2023) | kode
Obat-obatan: Strategi berbasis GPT untuk merancang potensi ligan yang menargetkan protein spesifik [2023]
Yuesen Li, Chengyi Gao, Lagu Xin, Xiangyu Wang, Lihat Orcid Profileyungang Xu, Suxia Han
Biorxiv (2023) | kode
Prefixmol: Desain Molekul Target- dan Kimia-Aware Melalui Embedding Awalan [2023]
Gao, Zhangyang, Yuqi Hu, Cheng Tan, dan Stan Z. Li.
ARXIV: 2302.07120 (2023) | kode
Pelatihan model bahasa adaptif untuk desain molekuler [2023]
Andrew E. Blanchard, Debsindhu Bhowmik, Zachary Fox, John Gounley, Jens Glaser, Belinda S. Akpa & Stephan Irle.
J Cheminform 15, 59 (2023) | kode
CMGN: Jaring generasi molekuler bersyarat untuk merancang molekul spesifik target dengan sifat yang diinginkan [2023]
Yang, Minjian, Hanyu Sun, Xue Liu, Xi Xue, Yafeng Deng, dan Xiaojian Wang.
Briefing in Bioinformatics, 2023;, BBAD185 | kode
CMOLGPT: Transformator pra-terlatih generatif bersyarat untuk generasi molekul de novo khusus target [2023]
Wang, Ye, Honggang Zhao, Simone Sciabola, dan Wenlu Wang.
Molekul 2023, 28 (11), 4430 | kode
Generasi Molekul Menggunakan Transformers dan Pembelajaran Penguatan Gradien Kebijakan [2023]
Mazuz, E., Shtar, G., Shapira, B. et al.
SCI Rep 13, 8799 (2023) | kode
IUPACGPT: Model pra-terlatih molekul skala besar berbasis IUPAC untuk prediksi properti dan generasi molekul [2023]
Jiashun Mao ,, Jianmin Wang, Kwang-Hwi Cho, Kyoung Tai No
chemrxiv-2023-5kjvh | kode
Generasi molekuler dengan pengurangan pelabelan melalui arsitektur kendala [2023]
Wang, Jike, Yundian Zeng, Huiyong Sun, Junmei Wang, Xiaorui Wang, Ruofan Jin, Mingyang Wang et al.
J. Chem. Inf. Model. (2023) | kode
Penemuan generatif desain kimia baru menggunakan pemodelan difusi dan transformator jaringan saraf dalam dengan aplikasi untuk pelarut eutektik yang dalam [2023]
Luu, Rachel K., Marcin Wysokowski, dan Markus J. Buehler.
arxiv: 2304.12400v1 | kode
Transformator regresi memungkinkan regresi urutan dan generasi untuk pemodelan bahasa molekuler [2023]
Lahir, J., Manica, M.
Nat Mach Intell 5, 432–444 (2023) | kode
Model generatif molekuler berbasis transformator untuk desain obat antivirus [2023]
Mao, Jiashun; Wang, Jianming; Zeb, Amir; Cho, Kwang-hwi; Jin, Haiyan; Kim, Jongwan; Lee, Onju; Wang, Yunyun; Tidak, Kyoung Tai.
J. Chem. Inf. Model. (2023) | kode
Target spesifik desain de novo molekul kandidat obat dengan jaringan permusuhan generatif berbasis transformator grafik [2023]
Ünlü, Atabey, Elif Çevrim, Ahmet Sarıgün, Hayriye Çelikbilek, Heval Ataş Güvenilir, Altay Koyaş, Deniz Cansen Kahraman, Ahmet Rifaioğlu, dan Abdurrahman Olobil.
ARXIV: 2302.07868v5
DRUGEX V3: Desain obat yang dibatasi perancah dengan pembelajaran penguatan berbasis transformator grafik [2023]
Liu, X., Ye, K., Van Vlijmen, Hwt et al.
J Cheminform 15, 24 (2023) | kode
Jelajahi ruang seperti obat dengan model generatif yang dalam [2023]
Wang, Jianmin, dkk.
Metode (2023) | kode
Representasi bahasa kimia skala besar menangkap struktur dan sifat molekul [2022]
Ross, J., Belgodere, B., Chenthamarakshan, V., Padhi, I., Mroueh, Y., & Das, P.
Nat Mach Intell 4, 1256–1264 (2022) | kode
Alphadrug: Generasi Molekul De Novo Target Protein [2022]
Qian, Hao, Cheng Lin, Dengwei Zhao, Shikui Tu, dan Lei Xu.
PNAS Nexus (2022) | kode
Bisakah kita dengan cepat belajar untuk "menerjemahkan" molekul bioaktif dengan model transformator? [2022]
Bagal, V., Aggarwal, R., Vinod, PK, & Priyakumar, UD
Chemrxiv-2022-Gln27
Molgpt: Generasi Molekuler Menggunakan Model Transformer-Decoder [2022]
Bagal, V., Aggarwal, R., Vinod, PK, & Priyakumar, UD
J. Chem. Inf. Model. 2022, 62, 9, 2064–2076 | kode
Menyesuaikan molekul untuk kantong protein: solusi generatif berbasis transformator untuk desain obat berbasis terstruktur [2022]
Wu, K., Xia, Y., Fan, Y., Deng, P., Liu, H., Wu, L., ... & Liu, Ty
arxiv.2209.06158 | kode
Mengeksploitasi model bahasa biokimia pretrained untuk desain obat yang ditargetkan [2022]
Uludoğan, Gökçe, Elif Ozkirimli, Kutlu O. Ulgen, Nilgün Karalı, dan Arzucan Özgür.
Bioinformatika (2022) | kode
Model generatif berbasis transformator untuk desain molekul de novo [2022]
Wang, Wenlu, dkk.
ARXIV: 2210.08749v2
Terjemahan antara molekul dan bahasa alami [2022]
Edwards, C., Lai, T., Ros, K., Honke, G., & Ji, H.
arxiv: 2204.11817v3 | kode
Transformator regresi memungkinkan regresi urutan dan generasi untuk pemodelan bahasa molekuler [2022]
Lahir, Jannis dan Manica, Matteo
ARXIV: 2202.01338v3 | kode
Pra-pelatihan generatif dari molekul [2021]
Adilov, Sanjar.
J. Chem. Inf. Model. 2022, 62, 9, 2064–2076 | kode
Transformers untuk Generasi Grafik Molekuler [2021]
Cofala, Tim, dan Oliver Kramer.
Esann 2021 | kode
Generasi Spasial Molekul dengan Transformers [2021]
Cofala, Tim, dan Oliver Kramer.
Ijcnn52387.2021.9533439 (2021) | kode
Transformator Kimia Generatif: Pembelajaran Mesin Saraf Struktur Geometris Molekul dari Bahasa Kimia Melalui Attentio [2021]
Hyunseung Kim, Jonggeol Na*, dan memenangkan Bo Lee*.
J. Chem. Inf. Model. 2021, 61, 12, 5804–5814 | kode
C5T5: Generasi molekul organik yang dapat dikendalikan dengan transformator [2021]
Rothchild, D., Tamkin, A., Yu, J., Misra, U., & Gonzalez, J.
Arxiv: 2108.10307v1 | kode
Optimalisasi molekuler dengan menangkap intuisi ahli kimia menggunakan jaringan saraf dalam [2021]
Dia, J., Anda, H., Sandström, E. et al.
J Cheminform 13, 26 (2021) | kode
Transformer Neural Network untuk generasi obat de novo spesifik protein sebagai masalah terjemahan mesin [2021]
Grechishnikova, Daria.
SCI Rep 11, 321 (2021) | kode
Transmol: Repurposing Model Bahasa untuk Generasi Molekuler [2021]
Grechishnikova, Daria.
Kemajuan RSC. 2021; 11 (42): 25921-32. | kode
Model generatif berbasis perhatian untuk desain molekuler de novo [2021]
Dollar, O., Joshi, N., Beck, Da dan Pfaendtner, J.,
Ilmu Kimia 12.24 (2021) | kode
Leveraging VAE transformer pohon dengan tokenisasi fragmen untuk model generatif kimia besar berkinerja tinggi [2024]
Inukai T, Yamato A, Akiyama M, Sakakibara Y.
Chemrxiv. (2024) | kode
Autoencoder variasional grafik transformator untuk desain molekuler generatif [2024]
Nguyen, Trieu, dan Aleksandra Karolak.
Biorxiv (2024)
Desain obat berbasis struktur dengan model generatif hierarkis yang dalam [2024]
Weller, Jesse A., dan Remo Rohs.
J. Chem. Inf. Model. (2024) | kode
Leveraging Subruang Aktif untuk menangkap ketidakpastian model epistemik dalam model generatif yang dalam untuk desain molekuler [2024]
Abeer, ANM, Sanket Janche, Nathan M. Urban, dan Byung-Jun Yoon.
ARXIV: 2405.00202 (2024)
GXVAES: Dua VAE sambungan menghasilkan molekul hit dari profil ekspresi gen [2024]
Li, Chen, dan Yoshihiro Yamanishi.
Prosiding Konferensi AAAI tentang Kecerdasan Buatan. Jil. 38. No. 12. (2024) | kode
Kerangka generatif molekuler 3D untuk desain obat yang dipandu interaksi [2024]
Zhung, W., Kim, H. & Kim, WY
Nat Commun 15, 2688 (2024) | kode
Generasi molekul berbasis perhatian melalui autoencoder variasional hierarkis [2024]
Divahar Sivanesan.
ARXIV: 2402.16854. (2024)
Model generatif molekul baru dari VAE dikombinasikan dengan transformator [2024]
Yasuhiro Yoshikai dan Tadahaya Mizuno dan Shumpei Nemoto dan Hiroyuki Kusuhara.
ARXIV: 2402.11950 (2024) | kode
Generasi de Novo dan identifikasi senyawa baru dengan kemanjuran obat berdasarkan pembelajaran mesin [2024]
Dia, Dakuo, Qing Liu, Yan MI, Qingqi Meng, Libin Xu, Chunyu Hou, Jinpeng Wang et al.
Ilmu Lanjut (2024)
Penemuan obat komputasi pada virus HIV dengan arsitektur pembelajaran autoencoder variasional LSTM yang disesuaikan [2023]
Kutsal, Mucahit, Ferhat Ucar, dan Nida Kati.
CPT: Farmakometrik & Sistem Farmakologi. (2023) | kode
NRC-VABS: Autoencoder variasional bersyarat yang dinormalisasi dengan pencarian balok yang diterapkan di ruang laten untuk desain molekul obat [2023]
Bhadwal, Arun Singh, Kamal Kumar, dan Neeraj Kumar.
Sistem ahli dengan aplikasi. (2023)
Target-sadar variasi auto-encoder untuk generasi ligan dengan pemodelan protein multi-modal [2023]
Ngo, Khang, dan Truong Son Hy.
Neurips 2023 Generatif AI dan Biologi (Genbio) Lokakarya. (2023) | kode
Kerangka kerja generatif molekuler 3D interaksi untuk desain obat berbasis struktur yang dapat digeneralisasikan [2023]
Woo Youn Kim, Wonho Zhung, dan Hyeongwoo Kim.
Alun -alun Penelitian. (2023) | kode
Penerapan encoder grafik variasional sebagai algoritma generalis yang efektif dalam desain obat berbantuan komputer [2023]
Lam, Hyi, Pincket, R., Han, H. et al.
Nat Mach Intell 5, 754-764 (2023) | kode
Generasi de novo dari struktur kimia kandidat inhibitor dan aktivator untuk protein target terapeutik oleh autoencoder variasi berbasis transformator dan optimasi Bayesian [2023]
Yuki Matsukiyo, Chikashige Yamanaka, dan Yoshihiro Yamanishi.
J. Chem. Inf. Model. (2023) | kode
Rebadd-se: Optimalisasi molekuler multi-objektif menggunakan fragmen selfie dan pelatihan urutan kritis diri yang tidak senonoh [2023]
Choi, Jonghwan, Sangmin Seo, Seungyeon Choi, Shengmin Piao, Taman Chihyun, Sung Jin Ryu, Byung Ju Kim, dan Taman Sanghyun.
Komputer dalam Biologi dan Kedokteran 157 (2023) | kode
Desain molekul 3D yang efisien dengan E (3) transformator invarian VAE [2023]
Dollar, Orion, Nisarg Joshi, Jim Pfaendtner, dan David AC Beck.
Jurnal Kimia Fisik A (2023) | kode
Generasi molekuler multi-konstruk menggunakan data pelatihan berlabel jarang untuk skrining pengencer elektrolit konsentrasi tinggi yang terlokalisasi [2023]
Mailoa, Jonathan P., Xin Li, Jiezhong Qiu, dan Shengyu Zhang.
Digital Discovery (2023) | Kode | Kumpulan data
Optimalisasi Molekul Multi-Objektif untuk Perawatan Gangguan Penggunaan Opioid Menggunakan Kompleks Jaringan Generatif [2023]
Feng, Hongsong, Rui Wang, Chang-Guo Zhan, dan Guo-Wei Wei.
J. Med. kimia. (2023) | kode
SCAFFOLDGVAE: Generasi perancah dan melompat dari molekul obat melalui autoencoder variasional berdasarkan jaringan saraf multi-view [2023]
Hu, Chao, Song Li, Chenxing Yang, Jun Chen, Yi Xiong, Guisheng Fan, Hao Liu, dan Liang Hong.
J Cheminform 15, 91 (2023) | Alun -alun Penelitian. (2023) | kode
Desain generatif dalam kandang organik berpori melalui autoencoder variasional [2023]
Jiajun Zhou, Austin Mroz, Kim Jelfs*.
chemrxiv (2023) | kode
Target-sadar variasi auto-encoder untuk pembuatan ligan dengan pembelajaran representasi protein multimodal [2023]
Nhat Khang Ngo, Truong Son Hy.
bioRxiv. (2023) | kode
De novo de
