Unduh igv.js - Unduh kode sumber igv.js

igv.js

Kode sumber lainnya

3.0.8

Unduh

igv.js

igv.js adalah komponen visualisasi genom interaktif yang dapat disematkan yang dikembangkan oleh tim Integrative Genomics Viewer (IGV).

Mengutip igv.js

James T Robinson, Helga Thorvaldsdottir, Douglass Turner, Jill P Mesirov, igv.js: implementasi JavaScript yang dapat disematkan dari Integrative Genomics Viewer (IGV), Bioinformatics, Volume 39, Edisi 1, Januari 2023, btac830, https://doi. org/10.1093/bioinformatika/btac830

Di bawah ini adalah contoh dan panduan memulai cepat. Lihat dokumentasi pengembang untuk dokumentasi lebih lanjut.

Contoh

Penyelarasan

Interaksi

Salin nomor

Beberapa wilayah

Format Anotasi Mutasi (MAF)

Pilihan warna varian

Lagi

Mulai cepat

Instalasi

igv.js terdiri dari satu file javascript tanpa ketergantungan eksternal.

File yang dibuat sebelumnya untuk skrip termasuk, sistem modul AMD, atau CJS (igv.min.js) dan modul ES6 (igv.esm.min.js) dapat diunduh dari https://cdn.jsdelivr.net/npm/ [email protected]/dist/.

Untuk mengimpor igv sebagai modul ES6

 impor igv dari "https://cdn.jsdelivr.net/npm/[email protected]/dist/igv.esm.min.js"

Atau sebagai penyertaan skrip (mendefinisikan global "igv")

Alternatifnya, Anda dapat menginstal dengan npm

npm install igv

dan sumber file yang sesuai untuk sistem modul Anda (igv.min.js atau igv.esm.min.js) di node_modules/igv/dist.

Penggunaan

Untuk membuat browser igv.js, sediakan div container dan konfigurasi awal yang menentukan genom referensi, track awal, dan status lainnya ke fungsi igv.createBrowser(div, config) .

Fungsi ini mengembalikan janji untuk objek igv.Browser yang dapat digunakan untuk mengontrol browser. Misalnya, untuk membuka browser pada satu jalur penyelarasan yang dibuka pada lokus tertentu:

      var igvDiv = document.getElementById("igv-div");
      var options =
        {
            genome: "hg38",
            locus: "chr8:127,736,588-127,739,371",
            tracks: [
                {
                    "name": "HG00103",
                    "url": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram",
                    "indexURL": "https://s3.amazonaws.com/1000genomes/data/HG00103/alignment/HG00103.alt_bwamem_GRCh38DH.20150718.GBR.low_coverage.cram.crai",
                    "format": "cram"
                }
            ]
        };

        igv.createBrowser(igvDiv, options)
                .then(function (browser) {
                    console.log("Created IGV browser");
                })

Dokumentasi

Dokumentasi lengkap API igv.js tersedia di https://igv.org/doc/igvjs/.

Perkembangan

Persyaratan

Membangun igv.js dan menjalankan contohnya memerlukan Linux atau MacOS. Lingkungan Unix lainnya mungkin akan berfungsi tetapi belum diuji.

Pengguna Windows dapat menggunakan Subsistem Windows untuk Linux.

Bangunan

Membangun igv.js dan menjalankan contoh memerlukan node.js.

git clone https://github.com/igvteam/igv.js.git
cd igv.js
npm install
npm run build

Ini membuat folder dist dengan file-file berikut

igv.js - File UMDS untuk skrip termasuk, modul AMD, atau CJS. Penyertaan skrip akan mendefinisikan global "igv".
igv.min.js - versi igv.js yang diperkecil
igv.esm.js -- modul ES6
igv.esm.min.js -- versi igv.esm.js yang diperkecil