Shenzhen_BGIC_0101_2013 Unduh - Shenzhen_BGIC_0101

Shenzhen_BGIC_0101_2013

Kode sumber lainnya

Unduh

Genovo

Selamat datang di Dunia Genovo. Kami adalah tim Shenzhen_BGIC_0101_2013. Silakan melangkah ke halaman proyek untuk tampilan yang lebih baik. :)

Apa yang kami lakukan adalah

NeoKr

Modul Neochr akan membantu pengguna untuk mengambil gen terkait di jalur berbeda secara manual, mengatur ulang hubungan gen secara logis*, dan mengganti gen dengan ortolog yang skornya lebih tinggi*.

NukleoMod

NucleoMod adalah modul untuk memodifikasi rangkaian gen CDS yang dihasilkan oleh modul Neochr. Modul ini berisi 5 plugin: desain CRISPR, hapus situs enzim, buat situs enzim, optimasi kodon, ulangi smash. Semua plugin ini memungkinkan pengguna untuk mengubah atau mengoptimalkan gen. Setelah operasi NucleoMod, langkah selanjutnya adalah SegmMan merancang metode sintesis sesuai dengan panjang kromosom.

SegmenMan

Synthesizer atau chip sintesis dapat mengurutkan DNA hingga 3kb dengan akurasi tinggi, namun kromosomnya tidak terlalu pendek. SegmMan dapat menyelesaikan masalah ini, ia membagi kromosom menjadi 30k fragmen, setelah menguraikan situs enzim yang keluar, melanjutkan segmentasi menjadi 10k dan 2k fragmen. Pada level 10k dan 2k, ini akan menambahkan wilayah homolog vektor dan merancang situs enzim.

===============

instal Panduan

Perangkat lunak kami sepenuhnya didasarkan pada JBrowse yang merupakan GBrowse generasi berikutnya. Jika Anda telah menginstal JBrowse, cukup tarik git dan gunakan.

Instal JBrowse

Untuk menginstal JBrowse, lihat wiki JBrowse utama di http://gmod.org/wiki/JBrowse.

Untuk Deskripsi Singkat:

unzip file Download di folder root www (/home/www is recommand and do not use /var/www/ as that need root permission)
cd jbrowse
./install.sh # Instal semua paket Perl yang dibutuhkan dengan cpan, Jika semuanya berjalan dengan baik, Anda dapat membuka http://localhost/jbrowse/index.html?data=sample_data/json/volvox

Persyaratan Perangkat Lunak

perl5
php5 (untuk REST api dan server backend)
apache
Linux (Diuji pada Debian)
git (untuk plugin kontrol versi)
Biopython dan UNAFoldt (untuk plugin chip)
Ledakan+ ( untuk Plugin NucleoMod )
Chrome, Firefox, and IE10 is recommand

Persyaratan Izin

Anda Perlu mengubah izin apache dengan Edit /etc/Apache2/envvars

  export APACHE_RUN_USER=`whoami`
  export APACHE_RUN_GROUP=`whoami`

Dan

  sudo chown `whoami`:`whoami` /var/lock/apache2/
  sudo /etc/init.d/apache2 restart

Writable data, plugin/tmp_data, server/tmp_data, jbrowse_conf.json

Executable ./bin/ ./server/bin/ ./plugin/bin

Instal Genovo

Salin plugins/, server/ ke Jbrowse.

Instal Plugin NucleoMod

NucleoMod bergantung pada Blast+, Jadi jika Anda menggunakan Sistem berbasis Debian: apt-get install ncbi-blast+

Atau Anda dapat Menginstal Dari: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

Instal Plugin Chip

Unduh dan instal UNAFoldt dan Biopython dari:

UnaFold http://dinamelt.rit.albany.edu/download.php

Biopython: http://biopython.org/DIST/docs/install/Installation.html

instal plugin kontrol versi

git is needed

Plugin lainnya bersifat portabel

==================== =

Tutorial Sisi Server Genovo

Struktur Folder :

 ./data/    
   |-NeoChr_5_add          # NeoChr Plugin, name as "NeoChr_{weekday}"
   |---01.whole2mega       # SegmMan plugin  data
   |---02.globalREmarkup   # SegmMan plugin  data
   |---03.mega2chunk2mini  # SegmMan plugin  data
   |---chip_data           # chip design
   |---names               # prefix for search
   |---seq                 # crc32 encode refsequence  name path
   |-----d7f
   |-------417
   |---------f1
   |---tracks             # track display in browser
   |-----gene             # track cluster
   |-------NeoChr         # Genome Name 
   |-----part
   |-------NeoChr
   |-----Transcript
   |-------NeoChr

 ./server/
   |-bin
   |---chip_new           # create new chip data 
   |-----ols-pool-generation-script
   |-------output-oligos-and-primers
   |---GetPrice           # fetch enzyme price
   |---segmentation       # SegmMod plugin 
   |-config               # plugins config data
   |---features            
   |---geneset
   |---globalREmarkup
   |---markers
   |---Optimize
   |-doc                    # document about plugins
   |-lib                    # library used
   |-pathway                # pathway data used 
   |-REST                   # end-side REST implement
   |-------chip
   |-------features
   |-------modify
   |-------Segmentation
   |-------stats
   |---config
   |-rewire

API REST

 base_url = server/REST/index.php

# output genes data by refname and pos
GET base_url/features/SearchByLocation?refname&start&end   
POST base_url/features/delete

# output git verison control for unroll data
GET base_url/stats/version/(?<dataset>w+)

# get pathway resource
GET base_url/pathway/nav

# create and decouple from order genelist data
POST base_url/decouple?refname&

# add loxp, centremele, ARS and so on
POST	/modify/Add

#  SegmMod plugin 
POST 	/Segmentation/globalREmarkup
	        /Segmentation/mega2chunk2mini
	        /Segmentation/whole2mega
GET  	/Segmentation/info
	
# Nucleo plugin
POST     /NucleoMod

# chip plugin
POST	/chip/chip

GET 	/stats/config 

# for get downloadable data information
GET /data/info

Selain itu, penerapan sisi server kami fleksibel. Pengguna dapat mengonfigurasi data sisi server untuk penggunaan daya.

==================== =

Persyaratan Medali

##Medali Perunggu

1 Daftarkan tim, semoga musim panas menyenangkan, dan bersenang-senang menghadiri Jambore
2 Buat dan bagikan deskripsi proyek tim melalui wiki iGEM
Ikhtisar proyek
3 Presentasikan Poster dan Pembicaraan di Jambore iGEM.
4 Mengembangkan dan menyediakan melalui The Registry of Software Tools alat perangkat lunak sumber terbuka yang mendukung biologi sintetik berdasarkan bagian biologis standar BioBrick
- Perangkat lunak kami di Github

Catatan: Perangkat lunak raksasa kami bertujuan untuk mengoperasikan Biobrick pada tingkat perangkat berdasarkan fragmen DNA yang disintesis. Namun untuk level biobrick, modul kedua juga dapat membantu pengguna dalam mendesain gen, seperti penghapusan EcorI, XbaI, SpeI, PstI, Not I di CDS, optimalisasi kodon, dan repeat smash.

Medali Perak

1.A Berikan rancangan spesifikasi yang terperinci untuk versi berikutnya dari alat perangkat lunak Anda.

Karena proyek kami sangat besar dan dapat diperluas, setidaknya 5 ide tidak dapat diwujudkan karena keterbatasan waktu.

1.B Menyediakan proyek perangkat lunak kedua yang berbeda (namun saling melengkapi).

Untuk modul ketiga SegmMan, kami memiliki desain & metode sintesis sintesis chip OLS yang saling melengkapi (tautan), sehingga Genovo kompatibel untuk synthesizer dan chip.

2 Berikan demonstrasi perangkat lunak mereka baik dalam bentuk tutorial tekstual atau video yang tersedia di wiki mereka.

Tutorial tekstual

Medali Emas

1 Mintalah tim lain memanfaatkan perangkat lunak yang dikembangkan oleh tim Anda. Anda harus dengan jelas menunjukkan bagaimana perangkat lunak Anda digunakan dan hasil yang diperoleh.

Kami memiliki tim perangkat lunak Shenzhen_BGIC_ATCG yang menggunakan modul kedua untuk merancang gen mereka.
Proyek SC2.0 juga mencoba modul SegmMan pada segmentasi chrVII.
2 .Garis besar dan detail bagaimana perangkat lunak Anda memengaruhi Praktik Manusia dalam Biologi Sintetis.