congas

Salin genotipe nomor dari sequencing scRNA

Seperangkat model dan fungsi Pyro untuk menyimpulkan CNA dari data scRNA-seq. Muncul dengan paket R pendamping yang berfungsi sebagai antarmuka dan menyediakan rutinitas pra-pemrosesan, simulasi, dan visualisasi. Kami menyarankan untuk menggunakan paket R secara langsung karena paket ini sebagian besar berfungsi sebagai backend untuk komputasi.

Saat ini menyediakan:

• Model campuran pada segmen di mana CNV dimodelkan sebagai variabel acak LogNormal (MixtureGaussian)

• Model campuran pada segmen di mana CNV dimodelkan sebagai variabel acak Kategorikal (MixtureCategorical)

• Hmm sederhana di mana CNV kembali bersifat kategoris, tetapi tidak ada pengelompokan (SimpleHmm)

Untuk menginstal:

$ pip install congas-old

Untuk menjalankan analisis sederhana pada contoh data

 impor congas sebagai cnfrom congas.models import MixtureGaussiandata_dict = cn.simulation_dataparams, loss = cn.run_analisis(data_dict,MixtureGaussian, langkah=200, lr=0.05)