Unduh taxtree - unduh kode sumber taxtree

taxtree

Kode sumber lainnya

1.0.0

Unduh

pohon pajak

Ringkasan

Basis Data Taksonomi adalah klasifikasi dan tata nama yang dikurasi untuk semua organisme dalam basis data urutan publik. Saat ini jumlah ini mewakili sekitar 10% spesies kehidupan yang dideskripsikan di planet ini. Alamat resmi untuk database Taksonomi NCBI adalah https://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy dan alamat pengunduhan data publik adalah https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/. taxtree digunakan untuk menghasilkan topologi filogenetik unit taksonomi (taksa) berdasarkan database Taksonomi dengan memproses nama.dmp dan node.dmp dan menggambar pohon evolusi sederhana berdasarkan hierarki taksa. Implementasi fungsi taxtree mengandalkan tidyverse dan ggtree . Saat ini, taxtree mengizinkan 768.430 taksa dari database taksonomi digunakan untuk membangun topologi pohon filogenetik.

Peringkat	taksa yang lebih tinggi	marga	jenis	taksa yang lebih rendah	total
Arkea	610	264	878	0	1.752
Bakteri	5.897	5.005	24.761	952	36.615
Eukariota	67.028	98.600	515.880	36.640	718.148
jamur	6.009	7.437	55.840	1.571	70.857
Metazoa	48.564	70.320	270.261	18.292	407.437
Virus	2.064	2.587	7.180	65	11.896
Bakteri	5.897	5.005	24.761	952	36.615
Semua taksa	75.630	106.458	548.685	37.657	768.430

Instalasi

Sebelum menginstal, Anda perlu mengunduh paket ketergantungan taxtree ggtree dari BiocManager .

if (!require("BiocManager"))
  install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
if (!require("ggtree"))
  BiocManager::install("ggtree")

Instal devtools , yang digunakan untuk menginstal paket R dari GitHub.

if (!require("devtools"))
  install.packages("devtools")

Setelah Anda menyelesaikan langkah-langkah di atas, mulailah instalasi.

devtools::install_github("nongxinshengxin/taxtree")

Fungsi

taxtree memiliki enam fungsi inti .

make_Taxtree() Jika Anda memiliki beberapa nama taksa yang pasti (baik Spesies Genus Keluarga Urutan Kelas Filum Kerajaan atau simpul taksonomi lainnya), Anda dapat menggunakan fungsi ini untuk membangun topologi taksonominya dari daftar nama taksa.
find_Lineage() Dengan nama takson yang eksplisit, semua garis keturunan taksonomi di bawah takson tersebut ditemukan.
name2rank() Jika Anda memiliki beberapa nama taksa yang pasti (baik Kingdom Phylum Class Order Family Genus Species atau simpul taksonomi lainnya), Anda dapat menggunakan fungsi ini untuk mendapatkan nama peringkat taksonomi (dan taksid) berdasarkan nama taksa.
name2rank_str() Jika Anda memiliki beberapa nama taksa yang pasti (baik Kingdom Phylum Class Order Family Genus Species atau simpul taksonomi lainnya), Anda dapat menggunakan fungsi ini untuk mendapatkan nama peringkat taksonomi (dan taksid) berdasarkan nama taksa. Anda dapat memasukkan satu string atau vektor yang berisi banyak string dalam fungsi ini.
plot_taxTree() Menggambar pohon Taksonomi sederhana berdasarkan paket ggtree .
write_taxTree() Fungsi ini menulis pohon dalam file dalam format tanda kurung menggunakan format Newick, berdasarkan paket ape .

Aplikasi

Anotasi spesies berdasarkan OTU, memungkinkan konstruksi topologi filogenetiknya berdasarkan nama taksa yang diperoleh dari anotasi tersebut, menggunakan fungsi make_Taxtree();
Melakukan studi taksonomi. Penasaran dengan kerabat dekat manusia ordo Primata? find_Lineage("Primata") adalah perintah satu baris yang akan memberi Anda jawabannya;
Spesies Genus Keluarga Ordo Filum Perbatasan, klasifikasinya terlalu rumit. name2rank(), name2rank_str(), cukup berikan nama taksa dan ia akan memberi tahu Anda peringkat taksonominya;
Tautan super. taxtree didasarkan pada database Taksonomi dan dapat dihubungkan ke perangkat lunak TaxonKit ; juga, taxtree menghasilkan kelas filo S3, yang biasanya digunakan untuk menyimpan pohon filogenetik di R. Pohon tersebut dapat dengan mudah dihias secara mendalam menggunakan paket ggtree . Pohon juga dapat di-output melalui write_taxTree(), dikombinasikan dengan paket itol.toolkit dan dihiasi dengan iTOL.

Referensi

Hadley Wickham. https://github.com/tidyverse/tidyverse

G Yu, DK Smith, H Zhu, Y Guan, TTY Lam (2017). ggtree: paket R untuk visualisasi dan anotasi pohon filogenetik beserta kovariatnya dan data terkait lainnya. Metode dalam Ekologi dan Evolusi, 8(1):28-36. https://doi.org/10.1111/2041-210X.12628