straw

Straw: mengalirkan data dengan cepat dari file .hic

Straw adalah perpustakaan yang memungkinkan streaming data kontak dengan cepat dari file .hic. Repositori ini berisi kode sumber untuk Straw versi C++, R, Python, dan MATLAB.

• Untuk versi Java, lihat: https://github.com/aidenlab/java-straw/
• Untuk versi Javascript, lihat: https://github.com/igvteam/hic-straw/

Ada dua versi Python - versi Python murni dan versi yang menggabungkan kode C++ dengan pybind11. Versi sebelumnya sudah tidak digunakan lagi dan digantikan dengan versi pybind11, yang jauh lebih cepat.

• Untuk tujuan pengarsipan, versi python murni telah dipindahkan ke: https://github.com/aidenlab/pystraw

Contoh notebook Jupyter yang menggunakan sedotan dapat ditemukan di sini: https://aidenlab.gitbook.io/juicebox/accessing-raw-data

Instal jerami untuk python

Gunakan pip install hic-straw . Jika Anda ingin membangun dari kode sumber, Anda harus sudah menginstal pybind11. Kloning perpustakaan dan cd ke dalam direktori straw/ . Kemudian pip install ./pybind11_python .

Kompilasi jerami untuk C++

g++ -std=c++0x -o straw main.cpp straw.cpp -lcurl -lz

Anda harus menginstal cURL. Silakan lihat wiki untuk dokumentasi lebih lanjut.

Untuk pertanyaan, silakan gunakan Google Grup.

Pekerjaan pembangunan yang sedang berlangsung dilakukan oleh Muhammad S. Shamim. Kontributor sebelumnya termasuk Neva C. Durand dan banyak lainnya.

Jika Anda menggunakan alat ini dalam pekerjaan Anda, harap kutip

Neva C. Durand, James T. Robinson, Muhammad S. Shamim, Ido Machol, Jill P. Mesirov, Eric S. Lander, dan Erez Lieberman Aiden. "Juicebox menyediakan sistem visualisasi untuk peta kontak Hi-C dengan zoom tak terbatas." Sistem Sel 3(1), 2016.