xyz2mol

xyz2mol kini telah diterapkan di RDKit

 raw_mol = Chem.MolFromXYZFile('acetate.xyz')
mol = Chem.Mol(raw_mol)
rdDetermineBonds.DetermineBonds(mol,charge=-1)

Ubah koordinat Kartesius menjadi satu atau lebih grafik molekul

Mengingat koordinat Cartesian dalam bentuk file .xyz , kode tersebut membuat daftar satu atau lebih grafik molekul. Dalam kasus di mana ada beberapa kemungkinan bentuk resonansi, xyz2mol mengembalikan daftar semuanya, jika tidak, hanya satu daftar.

Kode ini didasarkan pada karya DOI: 10.1002/bkcs.10334

 Yeonjoon Kim and Woo Youn Kim
"Universal Structure Conversion Method for Organic Molecules:
From Atomic Connectivity to Three-Dimensional Geometry"
Bull. Korean Chem. Soc.
2015, Vol. 36, 1769-1777

Pengaturan

Tergantung pada rdkit , numpy , dan networkx . Paling mudah untuk diatur melalui anaconda/conda:

conda install -c conda-forge xyz2mol

Pengaturan untuk lingkungan mandiri tersedia melalui Makefile . Untuk mengatur dan menguji cukup mengkloning proyek dan membuatnya.

 git clone https://github.com/jensengroup/xyz2mol

dan kemudian jalankan folder xyz2mol berikut ini

 make
make test

Catatan, kode juga dapat dijalankan tanpa ketergantungan networkx , namun lebih lambat.

Contoh penggunaan

Baca dalam file xyz dan cetak SMILES, tetapi jangan mengkodekan kiralitasnya.

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz --ignore-chiral

Baca dalam file xyz dan cetak format SDF, simpan dalam file

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz -o sdf > save_file.sdf

Baca dalam file xyz dengan biaya dan cetak SMILES

 xyz2mol.py examples/acetate.xyz --charge -1

Ketergantungan:

 rdkit # (version 2019.9.1 or later needed for huckel option)
networkx