biopython
1.0.0
Proyek Biopython adalah asosiasi internasional pengembang alat Python yang tersedia secara gratis untuk biologi molekuler komputasi.
File README ini ditujukan terutama untuk orang-orang yang tertarik bekerja dengan kode sumber Biopython, baik salah satu rilis dari situs web http://biopython.org, atau dari repositori kami di GitHub https://github.com/biopython/biopython
Dokumentasi kami yang berpusat pada pengguna, Tutorial dan Buku Masakan Biopython, dan dokumentasi API, dihasilkan dari repositori kami menggunakan Sphinx.
File NEWS merangkum perubahan dalam setiap rilis Biopython, bersama dengan file DEPRECATED yang mencatat kerusakan API.
Paket Biopython adalah perangkat lunak sumber terbuka yang tersedia dengan persyaratan yang murah hati. Silakan lihat file LISENSI untuk rincian lebih lanjut.
Jika Anda menggunakan Biopython dalam karya yang berkontribusi pada publikasi ilmiah, kami meminta Anda mengutip catatan aplikasi kami (di bawah) atau salah satu publikasi khusus modul (terdaftar di situs web kami):
Ayam, PJA dkk. Biopython: alat Python yang tersedia secara gratis untuk biologi molekuler komputasi dan bioinformatika. Bioinformatika 2009 1 Juni; 25(11) 1422-3 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 pmid:19304878
Python menyertakan sistem manajemen paket "pip" yang memungkinkan Anda menginstal Biopython (dan ketergantungannya NumPy jika diperlukan), meningkatkan atau menghapus instalasi hanya dengan satu perintah terminal:
pip instal biopython instalasi pip --upgrade biopython pip hapus instalan biopython
Sejak Biopython 1.70 kami telah menyediakan paket roda biner yang telah dikompilasi sebelumnya di PyPI untuk Linux, macOS dan Windows. Ini berarti pemasangan pip harus cepat, dan tidak memerlukan kompiler.
Sebagai pengembang atau kontributor potensial, Anda mungkin ingin mengunduh, membuat, dan menginstal Biopython sendiri. Hal ini dijelaskan di bawah ini.
Saat ini kami merekomendasikan penggunaan Python 3.11 dari http://www.python.org
Biopython saat ini didukung dan diuji pada implementasi Python berikut:
Biopython memerlukan NumPy (lihat http://www.numpy.org) yang akan diinstal secara otomatis jika Anda menginstal Biopython dengan pip (lihat di bawah untuk mengkompilasi sendiri Biopython).
Bergantung pada bagian Biopython mana yang ingin Anda gunakan, ada sejumlah dependensi Python opsional lainnya, yang dapat diinstal nanti jika diperlukan:
Bio.Graphics , jadi jika Anda tidak memerlukan fungsi ini, Anda tidak perlu menginstal paket ini.Bio.Phylo menggunakan paket ini untuk memplot pohon filogenetik.Bio.Phylo .Bio.Phylo .BioSQL untuk mengakses database PostgreSQL.BioSQL untuk mengakses database MySQL, dan juga didukung di PyPy.BioSQL untuk mengakses database MySQL. Ini didukung oleh PyPy.Selain itu ada sejumlah alat pihak ketiga yang berguna yang mungkin ingin Anda instal seperti NCBI BLAST, EMBOSS, atau ClustalW yang berdiri sendiri.
Kami merekomendasikan penggunaan roda biner yang telah dikompilasi sebelumnya yang tersedia di PyPI menggunakan:
pip instal biopython
Namun, jika Anda perlu mengkompilasi Biopython sendiri, hal-hal berikut diperlukan pada waktu kompilasi:
Python menyertakan file header pengembangan seperti python.h , yang di Linux sering kali tidak diinstal secara default (mencoba mencari dan menginstal paket bernama python-dev atau python-devel serta paket python ).
Kompiler C yang sesuai untuk versi Python Anda, misalnya GCC di Linux, MSVC di Windows. Untuk Mac OS X, atau yang sekarang diberi merek macOS, gunakan alat baris perintah Apple, yang dapat diinstal dengan perintah terminal:
xcode-pilih --install
Ini akan menawarkan untuk menginstal rangkaian pengembangan XCode Apple - Anda bisa, tetapi ini tidak diperlukan dan memakan banyak ruang disk.
Kemudian unduh dan dekompresi kode sumber kami, atau ambil menggunakan git. Sekarang ubah direktori ke folder kode sumber Biopython dan jalankan:
instalasi pip -e . tes python setup.py sudo python setup.py instal
Gantikan python dengan versi spesifik Anda jika diperlukan, misalnya python3 , atau pypy3 .
Untuk mengecualikan pengujian yang memerlukan koneksi internet (dan mungkin memerlukan waktu lama), gunakan opsi --offline :
python setup.py tes --offline
Jika Anda perlu melakukan konfigurasi tambahan, misalnya mengubah awalan direktori install, silakan ketik python setup.py .
Biopython menyertakan serangkaian tes regresi untuk memeriksa apakah semuanya berjalan dengan benar. Untuk menjalankan pengujian, buka direktori kode sumber biopython dan ketik:
instalasi pip -e . tes python setup.py
Jika Anda ingin melewatkan tes online (yang disarankan saat melakukan pengujian berulang), gunakan:
python setup.py tes --offline
Jangan panik jika Anda melihat pesan peringatan tes yang dilewati:
test_DocSQL ... melewatkan. Instal MySQLdb jika Anda ingin menggunakan Bio.DocSQL.
Ini kemungkinan besar berarti bahwa suatu paket tidak diinstal. Anda dapat mengabaikan ini jika ini terjadi dalam pengujian modul yang tidak Anda rencanakan untuk digunakan. Jika Anda ingin menggunakan modul itu, silakan instal ketergantungan yang diperlukan dan jalankan kembali pengujian.
Beberapa pengujian mungkin gagal karena masalah jaringan, hal ini sering kali disebabkan oleh kebetulan atau gangguan layanan. Jika masalah tidak kunjung hilang saat menjalankan kembali pengujian, Anda dapat menggunakan opsi --offline .
Ada lebih banyak informasi pengujian di Tutorial & Buku Masak Biopython.
Biopython 1.61 memperkenalkan peringatan baru, Bio.BiopythonExperimentalWarning , yang digunakan untuk menandai kode eksperimental apa pun yang disertakan dalam rilis Biopython yang stabil. Kode tingkat 'beta' tersebut siap untuk pengujian yang lebih luas, namun masih mungkin berubah, dan hanya boleh dicoba oleh pengguna awal untuk memberikan masukan melalui milis biopython-dev.
Kami mengharapkan kode eksperimental tersebut mencapai status stabil dalam satu atau dua rilis, dan pada saat itulah kebijakan normal kami tentang upaya mempertahankan kompatibilitas ke belakang akan berlaku.
Saat kami mencoba mengirimkan paket yang kuat, bug pasti muncul. Jika Anda mengalami masalah yang mungkin disebabkan oleh bug di Biopython, kemungkinan masalah tersebut sudah teridentifikasi. Perbarui ke rilis terbaru jika Anda belum menggunakannya, lalu coba lagi. Jika masalah masih berlanjut, silakan cari di basis data bug dan milis kami untuk mengetahui apakah masalah tersebut sudah dilaporkan (dan mudah-mudahan sudah diperbaiki), dan jika belum, silakan laporkan bug tersebut. Kita tidak bisa memperbaiki masalah yang tidak kita ketahui;)
Pelacak masalah: https://github.com/biopython/biopython/issues
Jika Anda mencurigai masalahnya terletak pada parser, kemungkinan besar format data telah berubah dan kode parsingnya rusak. (Teks format BLAST dan GenBank tampaknya sangat rapuh.) Oleh karena itu, kode penguraian di Biopython terkadang diperbarui lebih cepat daripada saat kami membuat rilis Biopython. Anda bisa mendapatkan parser terbaru dengan mengambil file yang relevan (misalnya yang ada di Bio.SeqIO atau Bio.Blast ) dari repositori git kami. Namun berhati-hatilah saat melakukan ini, karena kode di github belum teruji sebaik kode yang dirilis, dan mungkin berisi dependensi baru.
Dalam laporan bug apa pun, harap beri tahu kami:
Dan juga idealnya:
Biopython dijalankan oleh relawan dari seluruh dunia, dengan berbagai latar belakang. Kami selalu mencari orang yang tertarik untuk membantu pengembangan kode, manajemen situs web, penulisan dokumentasi, administrasi teknis, dan apa pun yang muncul.
Jika Anda ingin berkontribusi, silakan baca CONTRIBUTING.pertama di sini, kunjungi situs web kami http://biopython.org dan bergabunglah dengan milis kami: http://biopython.org/wiki/Mailing_lists
README.rst -- File ini.NEWS.rst -- Catatan rilis dan berita.LICENSE.rst -- Apa yang dapat Anda lakukan dengan kode tersebut.CONTRIB.rst -- Daftar (tidak lengkap) orang-orang yang membantu Biopython dengan satu atau lain cara.CONTRIBUTING.rst -- Ikhtisar tentang cara berkontribusi pada Biopython.DEPRECATED.rst -- Berisi informasi tentang modul di Biopython yang telah dihapus atau tidak lagi direkomendasikan untuk digunakan, dan cara memperbarui kode yang menggunakan modul tersebut.MANIFEST.in -- Mengonfigurasi file mana yang akan disertakan dalam rilis.setup.py -- File instalasi.Bio/ -- Kode dasar kode utama.BioSQL/ -- Kode untuk menggunakan Biopython dengan database BioSQL.Doc/ -- Dokumentasi.Scripts/ -- Skrip mandiri yang lain-lain, mungkin berguna.Tests/ -- Kode pengujian regresi termasuk file data sampel.
