Pelacakan Dicty

Daftar isi

Tentang
Tangkapan layar dan contoh pelacakan
Video Tutorial
Kode
Lisensi
Cara mengutip
Pelacakan Dicty dalam literatur

Tentang

Dicty Tracking adalah alat mandiri berbasis MATLAB® yang dikembangkan untuk pelacakan semi-otomatis migrasi sel Dictyostelium discoideum dari rangkaian gambar selang waktu kontras fase. Alat ini memerlukan Fiji/ImageJ dan instalasi MATLAB Runtime.

Bagaimana cara kerjanya

Deteksi sel : menggunakan operator Sobel yang diimplementasikan dalam Kotak Alat Pemrosesan Gambar MATLAB® serta langkah pelebaran dan erosi selanjutnya. Pelacakan Dicty mampu mendeteksi badan sel secara efisien dari migrasi sel Dictyostelium dari gambar fase kontras. Penyesuaian beberapa parameter yang mempengaruhi keakuratan deteksi sel tubuh dimungkinkan dan mungkin diperlukan dalam beberapa kasus.
Kontrol kualitas dan pemilihan sel : keakuratan deteksi sel tubuh dapat diperiksa oleh pengguna di Fiji/ImageJ. Setelah itu, antarmuka pengguna grafis (GUI) memungkinkan pemilihan sel yang harus dilacak oleh algoritma. Biasanya, beberapa sel harus dikeluarkan dari analisis karena tumbukan, pembelahan, atau karena meninggalkan bidang pandang.
Pelacakan sel dan ekspor data : algoritma Pelacakan Dicty melacak sel yang dipilih dengan menghubungkan pusat massa sel pada setiap titik waktu rangkaian gambar. Pelacakan Dicty menghasilkan tumpukan .tif dengan trek sel berwarna berbeda dan menyimpan parameter berikut dari setiap sel yang dilacak pada setiap titik waktu ke dalam lembar Excel:
- posisi x dan y
- jarak ke titik sebelumnya (ukuran langkah)
- panjang lintasan keseluruhan
- jarak langsung ke titik awal
- kecepatan sesaat
- sudut sesaat (sudut antara vektor perpindahan dan sumbu x, lihat buku petunjuk untuk lebih jelasnya)
- sudut belok (selisih sudut sesaat berikutnya)
- kosinus sudut belok.
Analisis lebih lanjut : Pelacakan Dicty dilengkapi dengan buku kerja Excel berbasis VBA tambahan yang memungkinkan penghitungan
- kecepatan rata-rata
- rasio arah
- perpindahan kuadrat rata-rata (MSD).

Penjelasan lebih rinci tentang pelacakan sel Dictyostelium dan analisis migrasi selanjutnya dengan Dicty Tracking disediakan dalam panduan pengguna .

Tangkapan layar dan contoh pelacakan

Jendela untuk pengaturan parameter deteksi sel

Kontrol deteksi sel menggunakan Fiji/ImageJ

GUI untuk pemilihan sel yang harus dilacak

Lacak data yang diekspor ke buku kerja Excel

Perhitungan MSD dengan buku kerja Excel terkait

Sel Dictyostelium tipe liar Ax2 yang bermigrasi secara bebas (tidak terbatas) dan acak, dilacak dengan Dicty Tracking

terbatas
Sel Dictyostelium tipe liar Ax2 dibatasi oleh irisan agarosa 0,17 nm 1,5% yang dilacak dengan Dicty Tracking

Video Tutorial

Tutorial video singkat (sekitar 3 menit) untuk Dicty Tracking tersedia di vimeo.com .

Kode

Kode di balik Dicty Tracking disimpan dalam kode sumber subrepositori. Akses cepat dan langsung ke file kode tertentu dimungkinkan melalui tautan berikut:

kode MATLAB®
- Dicty_tracking_v1_3.m: identifikasi badan sel, ekstraksi pusat massa, GUI pemilihan sel, pelacakan, ekspor data
Kode VBA dari buku kerja Excel terkait
- trajectories.vb: menggeser lintasan semua sel yang dilacak ke titik asal (untuk pembuatan plot lintasan)
- speed.vb: menghitung kecepatan rata-rata semua sel yang dilacak dari rangkaian gambar
- dir ratio.vb: menghitung rasio dir rata-rata dari semua sel yang dilacak dari rangkaian gambar
- Persiapan MSD.vb: menyiapkan data pelacakan untuk diimpor ke buku kerja perhitungan MSD
- MSD_1.vb, MSD_2.vb, MSD_3.vb dan MSD_4.vb: memungkinkan penghitungan perpindahan kuadrat rata-rata (MSD) pada setiap titik waktu hingga 4 populasi sel yang berbeda

Lisensi

Alat dan file terkaitnya termasuk buku kerja Excel, panduan pengguna, dan contoh film dilisensikan di bawah lisensi MIT.

Pelacakan Dicty dalam literatur

Pelacakan Dicty dan/atau file terkait digunakan dalam makalah penelitian berikut:

Litschko C, Brühmann S, Csiszár A, Stephan T, Dimchev V, Damiano-Guercio J, Junemann A, Körber S, Winterhoff M, Nordholz B, Ramalingam N, Peckham M, Rottner K, Merkel R, Faix J. (2019) Integritas fungsional korteks aktin kontraktil dijaga oleh beberapa formin yang berhubungan dengan Diaphanous . Proc Natl Acad Sci AS 116(9):3594-3603. https://doi.org/10.1073/pnas.1821638116
Litschko C, Linkner J, Brühmann S, Stradal TEB, Reinl T, Jänsch L, Rottner K, Faix J. (2017) Fungsi diferensial subunit kompleks regulasi WAVE dalam regulasi proses yang digerakkan oleh aktin . Biol Sel Eur J. 96(8):715-727. https://doi.org/10.1016/j.ejcb.2017.08.003
Latham SL, Ehmke N, Reinke PYA, Taft MH, Eicke D, Reindl T, Stenzel W, Lyons MJ, Friez MJ, Lee JA, Hecker R, Frühwald MC, Becker K, Neuhann TM, Horn D, Schrock E, Niehaus I , Sarnow K, Grützmann K, Gawehn L, Klink B, Rump A, Chaponnier C, Figueiredo C, Knöfler R, Manstein DJ, Di Donato N (2018) Varian ekson 5 dan 6 ACTB menyebabkan sindrom trombositopenia . Nat Komuni. 9(1):4250. https://doi.org/10.1038/s41467-018-06713-0

Pelacakan Dicty selanjutnya dijelaskan dalam bab metode tentang analisis migrasi acak Dictyostelium . Bab ini juga memberikan informasi rinci tentang prapartasi sampel terbatas dan tidak terbatas, perolehan gambar, dan petunjuk bermanfaat:

Litschko C, Damiano-Guercio J, Brühmann S, Faix J (2018) Analisis Migrasi Acak Dictyostelium Amoeba di Lingkungan Terkekang dan Tidak Terkekang . Metode Mol Biol. 1749:341-350. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7701-7_24

Cara mengutip

Kumpulan file Dicty Tracking juga tersedia untuk umum di figshare . Pengidentifikasi objek digital (DOI) yang diatribusikan adalah 10.6084/m9.figshare.5024552. Pelacakan Dicty dapat disebut sebagai

Litschko C (2017) Pelacakan Dicty: Alat mandiri untuk pelacakan migrasi sel Dictyostelium dengan cepat dan mudah. berbagi gambar. https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5024552

Memperluas

Informasi Tambahan