stoqs
Uses Python 2.7
stoqs adalah database geospasial dan aplikasi web yang dirancang untuk memberikan akses terintegrasi yang efisien kepada ahli kelautan ke pengukuran in situ dan data sampel ex situ . Lihat http://www.stoqs.org.
Pertama, instal Vagrant dan VirtualBox — ada penginstal standar untuk Mac, Windows, dan Linux. (Anda juga memerlukan perangkat lunak Sistem X Windows di komputer Anda.) Kemudian buat folder kosong dari direktori home Anda seperti Vagrants/ stoqs vm , buka jendela command prompt, cd ke folder itu, dan masukkan perintah berikut:
curl " https://raw.githubusercontent.com/stoqs/ stoqs /master/Vagrantfile " -o Vagrantfile
curl " https://raw.githubusercontent.com/stoqs/ stoqs /master/provision.sh " -o provision.sh
vagrant plugin install vagrant-vbguest
vagrant up --provider virtualbox Vagrantfile dan penyediaan.sh akan menyediakan sistem pengembangan dengan direktori terpasang NFS dari sistem operasi host Anda. Jika host Anda tidak mendukung penyajian file melalui NFS (sebagian besar host Windows tidak mendukung penyajian file NFS) maka Anda harus mengedit file-file ini sebelum menjalankan vagrant up . Cari support NFS file serving komentar di file ini untuk baris yang perlu Anda ubah.
Perintah vagrant up membutuhkan waktu sekitar satu jam untuk menyediakan dan menyiapkan Mesin Virtual CentOS 7 stoqs lengkap yang juga mencakup MB-System, InstantReality, dan semua alat ilmu data Python yang dibundel dalam paket seperti Anaconda. Anda akan dimintai kata sandi admin untuk mengonfigurasi folder bersama dari VM (kecuali Anda telah menonaktifkan pemasangan NFS). Semua koneksi ke VM ini dilakukan dari direktori tempat Anda menginstalnya; Anda harus melakukan cd ke sana (misalnya cd ~/Vagrants/ stoqs vm ) sebelum masuk dengan perintah vagrant ssh -- -X . Setelah instalasi selesai, masuk ke VM baru Anda dan uji:
vagrant ssh -- -X # Wait for [vagrant@localhost ~]$ prompt
export stoqs _HOME=/vagrant/dev/ stoqs git # Use stoqs _HOME=/home/vagrant/dev/ stoqs git if not using NFS mount
cd $ stoqs _HOME && source venv- stoqs /bin/activate
export DATABASE_URL=postgis:// stoqs adm:[email protected]:5438/ stoqs
./test.sh CHANGEME load noextraload Di jendela terminal lain mulai server pengembangan (setelah cd ~/Vagrants/ stoqs vm ):
vagrant ssh -- -X # Wait for [vagrant@localhost ~]$ prompt
export stoqs _HOME=/vagrant/dev/ stoqs git # Use stoqs _HOME=/home/vagrant/dev/ stoqs git if not using NFS mount
cd $ stoqs _HOME && source venv- stoqs /bin/activate
export DATABASE_URL=postgis:// stoqs adm:[email protected]:5438/ stoqs
stoqs /manage.py runserver 0.0.0.0:8000 --settings=config.settings.localKunjungi Antarmuka Pengguna stoqs server Anda menggunakan browser komputer host Anda:
http://localhost:8008
Petunjuk lebih lanjut ada di direktori doc/instruksi — lihat LOADING untuk mengetahui secara spesifik cara memuat data Anda sendiri. Misalnya, Anda dapat membuat database kampanye MBARI yang diarsipkan sendiri:
cd stoqs
ln -s mbari_campaigns.py campaigns.py
loaders/load.py --db stoqs _cce2015
Anda didorong untuk berkontribusi pada proyek stoqs ! Silakan lihat BERKONTRIBUSI untuk mengetahui cara membagikan karya Anda. Lihat juga contoh Notebook Jupyter yang mendemonstrasikan analisis dan visualisasi spesifik yang melampaui kemampuan Antarmuka Pengguna stoqs . Kunjungi halaman stoqs Wiki untuk pembaruan dan tautan ke presentasi. Daftar stoqs -discuss di Google Grup juga merupakan tempat yang baik untuk mengajukan pertanyaan dan terlibat dalam diskusi dengan komunitas pengguna dan pengembang stoqs .
Didukung oleh David dan Lucile Packard Foundation, stoqs mengalami pengembangan berkelanjutan untuk membantu mendukung misi Lembaga Penelitian Akuarium Monterey Bay. Jika Anda memiliki server sendiri, terkadang Anda ingin mendapatkan fitur baru dengan:
git pull Pertama, instal Docker dan docker-compose di sistem Anda. Kemudian kloning repositori; di direktori docker salin file template.env ke .env dan edit untuk instalasi spesifik Anda, lalu jalankan docker-compose up :
git clone https://github.com/stoqs/ stoqs .git stoqs git
cd stoqs git/docker
cp template.env .env
chmod 600 .env # You must then edit .env and change settings for your environment
docker-compose up Jika direktori yang disetel ke variabel stoqs _VOLS_DIR di file .env Anda tidak ada, maka eksekusi docker-compose up akan membuat cluster database postgresql, memuat database stoqs default, dan menjalankan pengujian unit dan fungsional aplikasi stoqs . Jika Anda tidak melihat pengujian ini dijalankan (akan memakan waktu beberapa menit), periksa pesan kesalahan.
Setelah Anda melihat ... [emperor] vassal /etc/uwsgi/django-uwsgi.ini is ready to accept requests Anda dapat mengunjungi situsnya di https://localhost — situs ini menggunakan sertifikat yang ditandatangani sendiri, sehingga browser Anda akan mengeluh dan Anda perlu menambahkan pengecualian. (Layanan nginx juga mengirimkan aplikasi yang sama di http://localhost:8000 tanpa masalah sertifikat.)
Pengaturan default di template.env akan menjalankan server produksi nginx/uwsgi/ stoqs yang dikonfigurasi untuk https://localhost di mesin virtual Vagrant. Untuk mengonfigurasi server untuk intranet atau penyajian data publik Anda, ikuti instruksi yang diberikan di komentar untuk pengaturan di file .env Anda. Setelah mengedit file .env Anda perlu membangun kembali image dan memulai ulang layanan Docker, kali ini dengan opsi -d untuk menjalankan container di latar belakang:
docker-compose build
docker-compose up -d Perintah di atas juga harus dilakukan setelah git pull untuk menerapkan perangkat lunak yang diperbarui di server Anda.
Satu hal yang baik untuk dilakukan adalah memantau log dan memeriksa pesan kesalahan, hal ini dapat dilakukan dengan:
docker-compose logs -f
Anda dapat mengeksekusi kode Python di server stoqs dari host Anda dengan mengawalinya dengan docker-compose exec stoqs (Gunakan docker-compose run stoqs untuk meluncurkan container lain untuk proses yang berjalan lama), misalnya untuk memuat beberapa data kampanye MBARI yang ada:
docker-compose run stoqs stoqs /loaders/load.py --db stoqs _simz_aug2013 (Untuk memuat Kampanye MBARI, Anda harus menghapus komentar pada baris CAMPAIGNS_MODULE= stoqs /mbari_campaigns.py di file .env Anda. Pastikan Anda tidak memiliki tautan simbolik bernama campaigns.py di direktori stoqs . Ini diperlukan hanya untuk mesin pengembangan Vagrant — yang terbaik adalah menjaga direktori yang digunakan untuk penerapan Docker terpisah dari yang digunakan untuk Vagrant.)
Di jendela lain pantau hasilnya:
docker-compose run stoqs tail -f /srv/ stoqs /loaders/MolecularEcology/loadSIMZ_aug2013.out
# Or (The stoqs code is bound as a volume in the container from the GitHub cloned location)
tail -f stoqs git/ stoqs /loaders/MolecularEcology/loadSIMZ_aug2013.out Anda juga dapat menggunakan pg_restore untuk memuat database Kampanye yang ada di sistem Anda dengan lebih cepat. Untuk petunjuknya klik nama Kampanye di bar atas Kampanye di server stoqs lain, misalnya di Server Publik stoqs MBARI.
Jika Anda menggunakan stoqs untuk penelitian Anda, harap kutip publikasi ini:
McCann, M.; Schramm, R.; Klinik, D.; Michisaki, R.; Harvey, J.; Ryan, J., "Menggunakan stoqs (Sistem kueri oseanografi temporal spasial) untuk mengelola, memvisualisasikan, dan memahami data AUV, glider, dan mooring," dalam Autonomous Underwater Vehicles (AUV), IEEE/OES 2014 , hal.1-10 , 6-9 Oktober 2014 doi: 10.1109/AUV.2014.7054414
logo stoqs" style="lebar maksimal: 100%;">
