guar_genotypes

Genotip RAD-Seq guar ( C. tetragonoloba )

Repositori yang berisi data dan kode untuk genotipe guar ( Cyamopsis tetragonoloba (L.) Taub.) dan proyek GWAS. Penjelasan singkat tentang isi repositori:

Skrip make_consensus_vcf.py digunakan untuk menghasilkan kumpulan data varian akhir menggunakan panggilan varian GATK-HC, NGSEP, dan TASSEL 5 mentah, skrip make_snp_stats.py digunakan dengan masukan yang sama untuk mengeksplorasi statistik kualitas panggilan varian.

notebook callset_refinement_filtering.ipynb digunakan untuk menjalankan kontrol kualitas varian dan membuat kumpulan data akhir yang difilter dari varian umum.

notebook genetic_analysis.ipynb digunakan untuk melakukan sebagian besar analisis genetik, termasuk PCA, analisis disekuilibrium keterkaitan, dan analisis asosiasi berbasis model linier umum.

skrip prepare_farmcpu.py digunakan untuk memformat data masukan untuk alat FarmCPU (plot QQ dari nilai p yang dihasilkan ditunjukkan pada makalah dan di bawah).

File admix_file_create.py digunakan untuk memproses genotipe terlebih dahulu untuk analisis ADMIXTURE (sebagiannya dilakukan menggunakan Hail di genetic_analysis.ipynb ).

skrip guar_stat.R digunakan untuk menjalankan analisis statistik dari data akhir, melakukan analisis asosiasi genom menggunakan alat FarmCPU, dan memplot gambar utama

skrip parse_vcf_fcpu.py digunakan untuk memformat tabel genotipe SNP akhir yang tersedia sebagai file genotypes.xlsx di repositori ini.