baad

BAAD: Database Biomassa dan Alometri tanaman berkayu

Tentang

Basis Data Biomassa dan Alometri (BAAD) berisi data tentang konstruksi tumbuhan berkayu di seluruh dunia. Data ini dikumpulkan dari lebih dari 170 penelitian ilmiah yang dipublikasikan dan tidak dipublikasikan, yang sebagian besar sebelumnya tidak tersedia dalam domain publik. Kami berharap dengan tersedianya data ini akan meningkatkan kemampuan kita untuk memahami pertumbuhan tanaman, dinamika ekosistem, dan siklus karbon pada vegetasi berkayu di dunia. Kumpulan data dijelaskan lebih lanjut dalam publikasi

Falster, DS , RA Duursma, MI Ishihara, DR Barneche, RG FitzJohn, A Vårhammar, M Aiba, M Ando, ​​N Anten, MJ Aspinwall, JL Baltzer, C Baraloto, M Battaglia, JJ Battles, B Bond-Lamberty, M van Breugel, J Camac, Y Claveau, L Coll, M Dannoura, S Delagrange, JC Domec, F Fatemi, W Feng, V Gargaglione, Y Goto, A Hagihara, JS Hall, S Hamilton, D Harja, T Hiura, R Holdaway, LS Hutley, T Ichie, EJ Jokela, A Kantola, JW G Kelly, T Kenzo, D King, BD Kloeppel, T Kohyama, A Komiyama, JP Laclau, CH Lusk, DA Maguire, G le Maire, A Mäkelä, L Markesteijn, J Marshall, K McCulloh, I Miyata, K Mokany, S Mori, RW Myster, M Nagano, SL Naidu, Y Nouvellon, AP O'Grady, KL O'Hara, T Ohtsuka, N Osada, OO Osunkoya, PL Peri , AM Petritan, L Poorter, A Portsmuth, C Potvin, J Ransijn, D Reid, SC Ribeiro, SD Roberts, R Rodríguez, A Saldaña-Acosta, I Santa-Regina, K Sasa, NG Selaya, SC Sillett, F Sterck, K Takagi, T Tange, H Tanouchi, D Tissue, T Umehara, H Utsugi, MA Vadeboncoeur, F Valladares , P Vanninen, JR Wang, E Wenk, R Williams, F de Aquino Ximenes, A Yamaba, T Yamada, T Yamakura, RD Yanai, dan RA York (2015) BAAD: Database Biomassa Dan Alometri Tanaman Berkayu. Ekologi 96 :1445–1445. 10.1890/14-1889.1

Pada saat publikasi, BAAD berisi 258.526 pengukuran yang dikumpulkan dalam 175 penelitian berbeda, dari 20.950 individu di 674 spesies. Rincian tentang studi individu yang berkontribusi pada BAAD tersedia dalam laporan online ini.

Menggunakan BAAD

Data di BAAD dirilis berdasarkan pengabaian domain publik Creative Commons Zero, dan oleh karena itu dapat digunakan kembali tanpa batasan. Untuk mengakui upaya yang telah dilakukan dalam membangun basis data, kami dengan hormat meminta Anda mengutip artikel di atas, atau bila menggunakan data hanya dari satu atau beberapa studi individual, artikel asli jika Anda mau.

Ada dua opsi untuk mengakses data dalam BAAD.

Unduh database yang dikompilasi

Anda dapat mengunduh versi database yang dikompilasi dari:

1. Arsip Ekologis. Ini adalah versi database yang terkait dengan makalah terkait di jurnal [ Ekologi ]. Link.
2. Rilis yang telah kami posting di github.
3. Paket baad.data untuk R .

Basis data berisi elemen-elemen berikut

• data : kumpulan data gabungan (tabel), dengan kolom seperti yang ditentukan dalam dictionary
• dictionary : tabel definisi variabel
• metadata : tabel dengan kolom "studyName", "Topik", "Deskripsi", berisi informasi tertulis tentang metode yang digunakan untuk mengumpulkan data
• methods : tabel dengan kolom seperti pada data, tetapi berisi kode metode yang digunakan untuk mengumpulkan data. Lihat config/methodsDefinitions.csv untuk mengetahui kodenya.
• references : baik sebagai tabel ringkasan maupun entri bibtex yang berisi sumber utama untuk setiap penelitian
• contacts : tabel dengan informasi kontak dan afiliasi untuk setiap studi Elemen ini tersedia di kedua tautan di atas sebagai rangkaian file CSV dan teks.

Jika Anda menggunakan R , sejauh ini cara terbaik untuk mengakses data adalah melalui paket baad.data kami. Setelah menginstal paket (instruksi di sini), pengguna dapat menjalankannya

 baad.data :: baad_data( " 1.0.0 " )

untuk mengunduh versi Arsip Ekologis yang disimpan, atau

 baad.data :: baad_data( " x.y.z " )

untuk mengunduh versi yang lebih lama atau lebih baru (yang nomor versinya akan mengikuti pedoman pembuatan versi semantik. Paket baad.data menyimpan semuanya dalam cache sehingga panggilan berikutnya, bahkan antar sesi, berlangsung sangat cepat. Hal ini akan memfasilitasi reproduktifitas yang lebih besar dengan membuatnya mudah untuk diandalkan versi yang digunakan untuk analisis tertentu, dan memungkinkan analisis yang berbeda menggunakan versi database yang berbeda.

Detail lebih lanjut tentang berbagai versi dan perubahan antar versi tersedia di halaman rilis github dan di CHANGELOG.

Detail tentang sistem distribusi data

BAAD dirancang untuk menjadi database yang hidup -- kami akan membuat rilis berkala seiring dengan bertambahnya data. Pembaruan ini akan sesuai dengan perubahan nomor versi sumber daya ini, dan setiap versi database akan tersedia di github dan melalui paket baad.data. Jika Anda menggunakan sumber daya ini untuk analisis yang dipublikasikan, harap catat nomor versi dalam publikasi Anda. Ini akan memungkinkan siapa pun di masa depan untuk kembali dan menemukan versi data yang sama persis dengan yang Anda gunakan.

Membangun kembali dari sumber

BAAD dapat dibangun kembali dari sumber (file data mentah) menggunakan alur kerja skrip kami di R. Di luar basis R, pembuatan BAAD memerlukan paket 'remake'. Untuk menginstal remake, dari dalam R, jalankan:

 # installs the package devtools
install.packages("devtools")
# use devtools to install remake
devtools::install_github("richfitz/remake")

Sejumlah paket lain juga diperlukan ( rmarkdown, knitr, knitcitations, plyr, whisker, maps, mapdata, gdata, bibtex, taxize, Taxonstand, jsonlite ). Ini dapat diinstal baik di dalam R menggunakan install.packages , atau lebih mudah menggunakan remake (instruksi di bawah).

Basis data kemudian dapat dibangun kembali menggunakan remake.

Pertama unduh kode dan data mentahnya, baik dari Ecological Archives atau dari github sebagai file zip, atau dengan mengkloning repositori baad:

 git clone [email protected]:dfalster/baad.git

Kemudian buka R dan atur folder yang diunduh sebagai direktori kerja Anda. Kemudian,

 # ask remake to install any missing packages
remake::install_missing_packages()

# build the dataset
remake::make("export")

# load dataset into R
baad <- readRDS('export/baad.rds')

Salinan kumpulan data telah disimpan di folder export sebagai rds (data terkompresi untuk R) dan juga sebagai file csv.

Mereproduksi BAAD versi lama dan makalah dari Ecology

Anda dapat mereproduksi versi BAAD apa pun dengan memeriksa komit yang sesuai yang dihasilkan, atau menggunakan tautan yang disediakan di bawah tab rilis. Misalnya, untuk mereproduksi database v1.0.0, sesuai dengan makalah di Ecology dan naskah yang diserahkan ke Ecology:

 git checkout v1.0.0

Kemudian di R dijalankan

 remake::make("export")
remake::make("manuscript")

Menyumbangkan data ke BAAD

Kami menyambut baik kontribusi lebih lanjut kepada BAAD.

Jika Anda ingin menyumbangkan data, persyaratannya adalah

1. Data yang dikumpulkan adalah untuk tanaman berkayu
2. Anda mengumpulkan data biomassa atau ukuran untuk beberapa individu dalam suatu spesies
3. Anda mengumpulkan total luas daun atau setidaknya satu ukuran biomassa
4. Pengukuran biomassa Anda (jika ada) berasal dari panen langsung, tidak diperkirakan melalui persamaan alometrik.
5. Anda bersedia untuk merilis data di bawah dedikasi domain publik Creative Commons Zero.

Lihat petunjuk berikut tentang cara mempersiapkan dan mengirimkan kontribusi Anda.

Setelah data tambahan yang cukup telah dikontribusikan, kami berencana untuk mengirimkan pembaruan pada makalah data pertama, mengundang siapa saja yang telah berkontribusi sejak makalah data pertama sebagai rekan penulis.

Ucapan Terima Kasih

Kami sangat berterima kasih kepada semua pihak yang telah menyumbangkan datanya. Kami juga ingin mengucapkan terima kasih kepada sumber pendanaan berikut yang telah mendukung pengumpulan data. DS Falster, A. Vårhammer dan DR Barneche dipekerjakan pada hibah penemuan ARC untuk Falster (DP110102086) dan hibah awal UWS untuk RA Duursma. RG FitzJohn didukung oleh Dana Abadi Sains dan Industri (RP04-174). MI Ishihara didukung oleh Dana Penelitian dan Pengembangan Teknologi Lingkungan (S-9-3) Kementerian Lingkungan Hidup, Jepang.