siar

SIAR v4.2.4.XXXX

Analisis Isotop Stabil dalam paket R

JANGAN GUNAKAN PAKET INI SIAR!!!!

• PENTING: SIAR sekarang sudah tidak berfungsi (mati, hilang, habis).
  • Silakan gunakan paket SIBER untuk pemasangan elips dan lambung cembung.
  • Silakan gunakan paket MixSIAR untuk menyesuaikan model pencampuran yang menawarkan rangkaian opsi terbaru untuk menyertakan kovariat linier dan efek acak hierarki di antara perkembangan baru lainnya. Anda juga dapat menggunakan paket simmr untuk memasang model pencampuran versi sederhana atau ringan.

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. Partisi sumber menggunakan isotop stabil: mengatasi terlalu banyak variasi. PLoS SATU, 5(3), e9672 . doi

Versi 4.2.4.XXXXX

• SIAR sekarang sudah tidak berfungsi.
  • Silakan gunakan paket SIBER untuk pemasangan elips dan lambung cembung.
  • Silakan gunakan paket MixSIAR untuk menyesuaikan model pencampuran yang menawarkan rangkaian opsi terbaru untuk menyertakan kovariat linier dan efek acak hierarki di antara perkembangan baru lainnya. Anda juga dapat menggunakan paket simmr untuk memasang model pencampuran versi sederhana atau ringan.

Versi 4.2.4

• tambahkan argumen 'color.src' (dengan 20 warna berbeda yang ditetapkan sebagai default) ke fungsi 'siarplotdatawrapper' dan 'siarplotdata', sementara pengguna dapat mengatur sendiri warna item sumber.
• mengubah output dalam fungsi 'siarhdrs' dari c("Low 95% hdr","High 95% hdr","mode","mean") menjadi c("Mean", "SD", "2.5%", " 5%", "25%", "50%", "75%", "95%", "97,5%") sebagai default.
• tambahkan nilai Pengembalian untuk fungsi 'siarhdrs'.

Versi 4.2.3 20-Februari-2018

• bug dari 4.2.2.9000 dimasukkan.
• bug pada pelabelan keluaran interval kredibel dengan siarproportionbysourceplot dan siarproportionbygroupplot diperbaiki.

Versi 4.2.2.9000 Perbaikan terbaru 28-Maret-2017

• perbarui ke paket spatstat rusak siar. Ini ditukar ke spatstat.utils dalam perbaikan terbaru di cabang master.

Perbaikan versi 4.2.2:

• bug dalam panggilan ke .C() untuk satu grup data konsumen yang timbul karena kerangka data tidak secara otomatis dipaksa ke format ganda. Pemaksaannya sekarang menjadi as.double(as.matrix(some.data)). Ini mengatasi error: not a matrix

Perbaikan versi 4.2.1:

• bug dalam rutinitas SIBER di distribusi Linux melalui panggilan ke bayesm:rmultireg melalui siar:bayesMVN yang ditemukan oleh https://github.com/lsaravia
• Argumen main="my awesome graph" siardensityplot() sekarang berfungsi.
• linewidths di semua file *.Rd sekarang dalam batas 90 karakter untuk pembuatan pdf.
• membersihkan beberapa contoh panggilan quartz() yang tidak digunakan dalam hal apa pun.

Instalasi SIAR

Anda dapat menginstal langsung dari GitHub jika Anda telah menginstal paket devtools. Tapi sebaiknya Anda tidak melakukannya. Paket ini tidak lagi didukung atau dianjurkan, dan hanya itu saja

	library( devtools )
	install_github( " andrewljackson/siar@master " , build_vingettes = TRUE )
	library( siar )

Tutorial, bantuan dan bantuan

Ada berbagai materi yang tersedia untuk memulai SIAR dengan tautan ke file contoh, podcast video, tutorial, dll... tersedia di http://www.tcd.ie/Zoology/research/groups/jackson/projects/siar. php. Ada juga lebih banyak file dan contoh di https://github.com/AndrewLJackson/SIAR-examples-and-queries dan saya akan menggabungkan berbagai file ini ke dalam repo git ini dan/atau situs web git yang menyertainya di masa mendatang. Perhatikan juga bahwa saya sedang mengerjakan pembaruan besar untuk SIBER yang akan menghapusnya dari paket SIAR di beberapa titik https://github.com/AndrewLJackson/SIBER-sandbox.

Ucapan Terima Kasih

Terima kasih kepada Natalie Cooper atas bantuannya dengan petunjuk instalasi Github dan saran umum Git!

Publikasi

Jackson, AL, Parnell, AC, Inger R., & Bearhop, S. 2011. Membandingkan lebar relung isotop antar dan di dalam komunitas: SIBER – Isotop Stabil Bayesian Ellipses di R. Journal of Animal Ecology, 80, 595-602. doi

Parnell, AC, Inger R., Bearhop, S. & Jackson, AL 2010. Partisi sumber menggunakan isotop stabil: mengatasi terlalu banyak variasi. PLoS SATU, 5(3), e9672 . doi