IDSL.CSA

IDSL.CSA

Paket analisis spektrum komposit (IDSL.CSA) untuk analisis data spektrometri massa telah dikembangkan oleh Laboratorium Ilmu Data Terpadu untuk Metabolomik dan Eksposomik (IDSL.ME) . Paket ini dapat digunakan untuk dekonvolusi spektrum fragmentasi yang diperoleh melalui berbagai metode analitik seperti analisis dekonvolusi spektrum komposit-MS1 ( CSA ), akuisisi yang bergantung pada data ( DDA ), dan berbagai metode akuisisi data-independen ( DIA ) termasuk MS ^{E E E E} E E E E) , All-ion Fragmentasi (AIF), dan analisis Swath-MS. Tujuan dari paket IDSL.CSA adalah untuk membantu dalam merampingkan proses analisis data dan meningkatkan anotasi struktur kimia secara keseluruhan di bidang metabolomik dan paparan.

Daftar isi

• Fitur IDSL.CSA
• Instalasi
• Alur kerja
• Contoh Batch Cepat
• Wiki
• Kutipan

Fitur IDSL.CSA

1. Pilihan parameter melalui spreadsheet parameter yang ramah pengguna dan jelas
2. Deteksi puncak dan dekonvolusi kromatogram untuk berbagai analisis data fragmentasi termasuk analisis spektrum komposit (CSA), akuisisi tergantung data (DDA), dan akuisisi independen data (DIA)
3. Menganalisis Populasi Ukuran Studi yang Tidak Ditargetkan (n> 500)
4. Agregating Struktur Kimia Beranotasi pada Tabel Puncak yang Selaras Menggunakan Meta-Variabel Seperti Inchikey, Senyum, Jenis Prekursor, Formula Molekul, ... Tergantung pada Informasi di Perpustakaan Referensi. Ini adalah fitur yang sangat unik yang hanya disajikan oleh IDSL.CSA. Untuk membiasakan diri dengan fitur spektrometri massa statistik ini, coba Param0006 di tab Start di IDSL.CSA Parameter Spreadsheet.
5. Menghasilkan angka -angka kromatogram ion (EIC) yang diekstraksi tanpa ditargetkan untuk analisis DIA dan CSA selain menghasilkan angka spektra DDA batch.
6. Pemrosesan paralel di lingkungan Windows dan Linux
7. Integrasi dengan alur kerja IDSL.FSA untuk membuat anotasi berbagai jenis file MSP dan menghasilkan pustaka fragmentasi.

Instalasi

 install.packages("IDSL.CSA")

Alur kerja

Sebelum memproses data spektrometri massa Anda ( MZXML , MZML , NETCDF ) menggunakan alur kerja IDSL.CSA, data spektrometri massa harus diproses menggunakan alur kerja IDSL.IPA untuk memperoleh informasi kromatografi dari puncak ( m/z-rt ). Ketika informasi kromatografi dari daftar puncak yang diselaraskan individu dan agregat dihasilkan menggunakan alur kerja IDSL.IPA, unduh spreadsheet parameter IDSL.CSA dan pilih parameter yang sesuai dan kemudian gunakan spreadsheet ini sebagai input untuk alur kerja IDSL.CSA:

 library(IDSL.CSA)
IDSL.CSA_workflow("Address of the CSA parameter spreadsheet")

Contoh Batch Cepat

Ikuti langkah-langkah ini untuk studi kasus cepat (n = 33) ST002263 yang memiliki data orbitrap hybrid hf hf thermo q yang dikumpulkan dalam mode hilic-esi-pos/neg.

1. Proses data spektrometri massa mentah dan informasi kromatografi menggunakan metode yang dijelaskan untuk idsl.ipa

2. Analisis spektrum komposit membutuhkan 39 parameter yang didistribusikan ke dalam 5 bagian terpisah untuk analisis skala penuh. Untuk penelitian ini, gunakan nilai parameter default yang disajikan dalam spreadsheet parameter IDSL.CSA. Selanjutnya, berikan informasi untuk

   2.1. Pilih Ya untuk Param0001 di tab Start untuk hanya memproses alur kerja CSA .

   2.2. CSA0005 untuk Alamat Lokasi Data HRMS (Data HRMS Level MS1)

   2.3. CSA0008 untuk alamat Direktori peaklists yang dihasilkan oleh alur kerja IDSL.IPA

   2.4. CSA0009 untuk alamat Direktori peak_alignment yang dihasilkan oleh alur kerja IDSL.IPA

   2.5. CSA0011 untuk lokasi output (file .msp dan EIC)

   2.6. Anda juga dapat meningkatkan jumlah utas pemrosesan menggunakan CSA0004 sesuai dengan daya komputasi Anda

3. Jalankan perintah ini di konsol atau terminal r/rstudio:

 library(IDSL.CSA)
IDSL.CSA_workflow("Address of the CSA parameter spreadsheet")

4. Anda dapat menguraikan hasil di alamat yang Anda berikan untuk CSA0011 .

   4.1. CSA_MSP termasuk file .msp

   4.2. CSA_Adduct_annotation mencakup daftar puncak dengan informasi adduct potensial

   4.3. Peak_alignment_subset termasuk himpunan bagian dari tabel puncak yang disejajarkan untuk ion utama di setiap cluster CSA

   4.4. Aligned_spectra_table termasuk informasi untuk agregasi CSA di tabel yang disejajarkan

Wiki

1. Analisis CSA oleh IDSL.CSA
2. Analisis DDA oleh IDSL.CSA
3. Analisis Dia oleh IDSL.CSA
4. Agregasi Spektrum Unik

Kutipan

[1] Fakouri Baygi, S., Kumar, Y. Barupal, DK IDSL.CSA: Analisis Spektrum Komposit untuk Anotasi Kimia Dataset Metabolomik yang Tidak Ditargetkan. Kimia Analitik , 2023 , 95 (25) , 9480–9487.

[2] Fakouri Baygi, S., Kumar, Y. Barupal, DK IDSL. IPA mencirikan ruang kimia organik dalam dataset LC/HRMS yang tidak ditargetkan. Jurnal Penelitian Proteome , 2022 , 21 (6) , 1485-1494.