kma

Jauhkan saya sekitar ( kma ): Deteksi retensi intron

kma adalah paket R yang melakukan estimasi dan deteksi retensi intron menggunakan ulangan biologis dan resampling. Kode yang diperbarui selalu dapat ditemukan di https://github.com/pachterlab/kma

Instalasi

Untuk menginstal, pertama -tama pastikan Anda memiliki paket yang diperlukan:

 required_packages <- c("devtools", "data.table", "reshape2", "dplyr")
install.packages(required_packages)

Anda kemudian dapat menginstal paket menggunakan devtools :

 devtools::install_github("pachterlab/kma")

Dengan asumsi semuanya berjalan dengan baik, muat kma :

 library("kma")

Tutorial

Setelah diinstal, silakan lihat sketsa di R:

 vignette("kma")

Bug dan permintaan fitur

Harap ajukan ini di GitHub.

Pekerjaan di masa depan

• Alat plot analisis eksplorasi tambahan
• Berikan analisis penggunaan intron diferensial antara kondisi eksperimental
  • Kami saat ini memiliki beberapa ide tentang bagaimana melakukan ini dan kemungkinan akan segera mengimplementasikannya
• Memberikan analisis rangkaian waktu

Penulis

Perangkat lunak dikembangkan oleh Harold Pimentel. Metode dikembangkan dengan Lior Pachter dan John Conboy.

Alat sumber terbuka terkait

Di bawah ini Anda akan menemukan daftar alat terkait dan bagaimana mereka berbeda dari kma .

Dexseq

Dexseq tertarik pada penggunaan diferensial di seluruh wilayah genik. Akibatnya, itu tidak menentukan apakah suatu intron sedang "digunakan" (relatif terhadap ekspresi transript), hanya bahwa itu sedang "digunakan secara berbeda."

Miso

Miso dapat menghitung persentase intronik yang disambung dalam (PSI), meskipun saat ini membutuhkan anotasi yang dimodifikasi dari situs web mereka. kma saat ini dapat bekerja dengan anotasi apa pun, karena anotasi akan diproses selama langkah pra-pemrosesan. Juga, MISO saat ini tidak memberikan support bawaan untuk ulangan.