SIQ

Siq

Interogasi dan kualifikasi urutan ada untuk melakukan analisis pada data sekuensing yang ditargetkan. SIQ membuat profil mutasi yang dapat divisualisasikan secara interaktif menggunakan Siqplotter. Itu ditulis dalam Java sehingga siapa pun yang memiliki komputer dapat menggunakan program ini untuk menganalisis urutan mereka. Kami telah merancang dan mengimplementasikan alat ini untuk siapa pun tanpa latar belakang informatika untuk dapat menganalisis data NGS.

Untuk panduan pengguna terperinci, silakan unduh dan baca:

Panduan Pengguna

Dan di samping itu Anda dapat menonton video Turials yang telah kami buat agar Anda mudah menjalankan SIQ:

Tutorial video

Jika Anda telah menonton semua video, telah membaca seluruh panduan pengguna dan masih memiliki masalah dengan menjalankan SIQ atau menganalisis data Anda, silakan buat masalah di sini atau kirimkan kami email. Lihat SIQ Paper untuk detail kontak.

Bagi mereka yang lebih suka mengikuti readme lebih lanjut, kami telah menyertakan panduan pengguna singkat di bawah ini:

Isi

• Instalasi
• Menjalankan Siq
• Menganalisis data dengan Siqplotter
• Pemecahan masalah
• Tutorial video

Instalasi

• Unduh file Java .jar terbaru yang berisi SIQ dari repositori ini di sini

Unduh file .jar terbaru dari repositori ini. Anda dapat mengklik dua kali dan itu harus berfungsi secara langsung. Satu -satunya hal yang Anda butuhkan adalah versi Java yang berfungsi (1.8 dan lebih tinggi). Pastikan untuk menginstal versi Java 64-bit . Unduh dan instal Java di sini

Catatan: Sebagian besar sistem operasi seperti macOS dan Windows tidak mempercayai file apa pun yang berasal dari internet. Untuk macOS silakan tahan 'kontrol' + klik pada file jar untuk membukanya. Pemberitahuan ini hanya muncul pertama kali.

Menjalankan Siq

Saat SIQ dimulai, Anda harus melihat layar berikut:

SIQ dapat digunakan untuk menganalisis jenis data berikut:

• Sanger Sequences (file .ab1) ( Catatan: Hanya urutan Sanger yang berisi mutasi tunggal yang dapat dianalisis )
• Illumina data urutan tunggal dan berpasangan (.fastq atau .fastq.gz file)
• Data PACBIO (.Fastq atau .fastq.gz file)
• Data ONT (.fastq atau .fastq.gz file) Catatan: Pastikan untuk memeriksa opsi 'Aktifkan analisis membaca panjang (PACBIO/ONT)'

Saat menyiapkan eksperimen sekuensing yang ditargetkan, Anda biasanya menggunakan dua primer untuk memperkuat lokus minat Anda. Selain itu, Anda (secara opsional) memiliki situs target yang diharapkan untuk percobaan Anda. Misalnya, ini adalah kasus jika Anda menggunakan CRISPR CAS9, CAS13, I-SCEI atau enzim lain untuk menargetkan DNA. Kami juga telah menggunakan SIQ untuk menganalisis situs yang berbeda, seperti situs transposon, situs sekuens G-quadruplex. SIQ menggunakan lokasi ini untuk 1) Cobalah untuk mengidentifikasi perubahan urutan lebih disukai di lokasi ini. 2) Untuk memastikan primer PCR Anda diperkuat dari lokasi yang diharapkan (lihat filter di bawah).

SIQ memiliki kemungkinan untuk input berikut:

• R1 - File Sequencing (Diperlukan)
• R2 - File Sequencing Akhir Paired. Jika disediakan SIQ akan menggabungkan R1 dan R2 menggunakan flash (opsional)
• Referensi - File referensi yang berisi urutan DNA Anda dalam format FASTA. Perlu berisi urutan primer juga jika disediakan. Simpan file referensi kecil karena ini menentukan runtime SIQ (diperlukan)
• Alias ​​- Nama sampel Anda (diperlukan)
• Left Flank - bentangan DNA yang hanya menyentuh situs target yang Anda harapkan. Lihat di bawah untuk contoh grafis (diperlukan, lihat sisi)
• Sirap kanan - bentangan DNA yang hanya menyentuh situs target yang Anda harapkan. Lihat di bawah untuk contoh grafis. Dalam kasus misalnya cas9 nickases ini dapat menunjuk situs target sgRNA kedua (diperlukan)
• #Bases Past Primer - Jumlah basis urutan Anda dibaca setidaknya harus melewati primer untuk dimasukkan sebagai peristiwa nyata. Filter ini ada untuk memastikan primer Anda dianil di situs target di DNA (default: 5, 0 menonaktifkan filter ini)

Pengaturan opsional:

• Max membaca untuk dianalisis - jumlah maksimum bacaan yang Anda ingin SIQ menganalisis per sampel (0 tidak terbatas)
• Dukungan Min - Angka minimum Suatu peristiwa harus dilihat sebagai bagian dari output SIQ (default: 2)
• MAX BASE ERROR - Maksimum per kesalahan dasar yang diizinkan dalam bacaan untuk dianalisis (default: 0,05)
• Max CPU - Jumlah maksimum CPUS SIQ dapat digunakan pada waktu tertentu. Perhatikan bahwa SIQ menggunakan maksimum 1 CPU per file (default: semua)
• Kaleng Jarak Pencarian - Jarak relatif terhadap persimpangan acara yang akan dimasukkan dalam ruang pencarian untuk mencari asal usul insersi. Kaleng adalah penyisipan templated (default: 100)

Siqplotter

Ketika SIQ selesai menganalisis sampel Anda, itu akan menghasilkan file Excel. File Excel ini dapat diunggah dan divisualisasikan secara langsung oleh Siqplotter

Unggah ke SiqPlotter

Lihat Panduan Pengguna atau tutorial video untuk detail lebih lanjut tentang cara menggunakan SIQPlotter.

Pemecahan masalah

SIQ tidak dimulai

Masalahnya kemungkinan Anda tidak memiliki (versi yang benar dari) Java yang diinstal. Pastikan Anda mengunduh dan menginstal versi Java terbaru:

Unduh java

Siq masih belum dimulai

Mulai SIQ dari dalam terminal (prompt perintah di windows):

1. Mulai terminal
2. Buka Direktori Di mana File Jar SIQ (misalnya unduhan): cd Downloads
3. Mulai SIQ (dalam contoh ini file adalah Siq_1.0.jar: java -jar SIQ_1.0.jar
4. Posting output sebagai masalah.

SIQ tidak berfungsi pada file yang perlu penggabungan bacaan berpasangan

Flash program yang diperlukan untuk sistem operasi Anda tampaknya tidak berfungsi. Saat memulai SIQ, Flash disalin ke direktori yang sedang dijalankan SIQ. Mungkin program tidak berfungsi untuk sistem operasi Anda. Harap periksa output dari komunikasi berikut untuk melihat apakah flash berfungsi

1. Mulai terminal
2. Buka Direktori Di mana File Jar SIQ (misalnya unduhan): cd Downloads
3. Jalankan flash seperti ini (linux/macos)

  ./flash2  
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `./flash2 --help | less' for more information.

 or in windows:

  flash.exe
    Usage: flash [OPTIONS] MATES_1.FASTQ MATES_2.FASTQ
    Run `flash.exe --help | more' for more information.

4. Jika output berbeda, silakan posting output sebagai masalah. Lihat Panduan Pengguna untuk lebih banyak opsi

Tutorial video

Video 1. Unduh & Menginstal SIQ

Video 2. Menjalankan SIQ di data Anda

Video 3. Menjalankan SIQ dengan referensi HDR untuk mendeteksi pengeditan

Video 4. Opsi SIQ Lanjutan

Video 5. Menganalisis Data Menggunakan SIQPlotter