ViMO

Vimo

Visualisasi untuk meta-omics (VIMO) adalah aplikasi interaktif berbasis-R-mengkilap untuk memfasilitasi integrasi data antara metagenomik, metatranscriptomics dan metaproteomics. Pada saat yang sama VIMO bertujuan untuk memberi pengguna representasi grafis data interaktif, siap publikasi, dan relevan.

Vimo dapat diakses secara online di sini:
https://magnusarntzen.shinyapps.io/visualizerformetaomics/

Vimo mengintegrasikan data dari

• Metagenomik
• Metatranscriptomics
• Metaproteomics
• Taksonomi
• Langkah -langkah kualitas
• Fungsi Kegg dan Penyelesaian Modul
• Enzim Aktif Karbohidrat (Cazymes)

Vimo membuat plot dari:

• Kualitas mag
• Kelimpahan mag di berbagai file
• Kategori Cazyme di berbagai majalah dan kelimpahannya di tingkat transkrip dan protein
• Kategori KEGG di berbagai mag dan kelimpahannya di tingkat transkrip dan protein
• Fraksi penyelesaian modul KEGG untuk melihat potensi metabolisme untuk setiap mag

Beberapa contoh output:

Laporan Bug

Harap laporkan bug melalui sistem masalah GitHub.

Hak Cipta (C) 2023, Magnus Arntzen, Universitas Ilmu Kehidupan Norwegia