AlphaFold3, model prediksi struktur protein yang telah membuat gelombang besar di bidang ilmu biologi, telah memicu upaya luas untuk mereproduksinya karena hanya menerbitkan makalah tetapi tidak memberikan kode. Strategi DeepMind memungkinkan banyak ilmuwan untuk hanya menggunakan AlphaFold3 beberapa kali di server tertentu, yang tentunya akan menggugah selera semua orang. Namun, tim Ligo yang terdiri dari tiga mahasiswa sarjana dari Universitas Oxford berhasil mereproduksi AlphaFold3 hanya dalam empat bulan dan berencana untuk menjadikannya sebagai sumber terbuka, sehingga membawa berita menarik bagi komunitas ilmiah. Editor Downcodes akan memberi Anda pemahaman mendalam tentang pencapaian luar biasa tim Ligo ini.
Di persimpangan antara ilmu biologi dan ilmu komputer, AlphaFold3 telah menjadi seperti superstar sejak dirilis, menarik banyak perhatian. Sangat disayangkan Google DeepMind hanya memberi kami satu kertas, tetapi tidak memberikan kode atau bobot model apa pun. Ini seperti kue yang enak, tetapi hanya memungkinkan semua orang untuk melihat tampilannya tanpa bisa mencicipinya. Menghadapi pendekatan “di balik pintu tertutup” ini, banyak tim yang berusaha keras melakukan pekerjaan reproduksi.
Dalam suasana panas ini, sebuah perusahaan start-up bernama Ligo menonjol dan menjadi tim pertama yang mereproduksi AlphaFold3. Ketiga pendiri tim ini semuanya adalah mahasiswa sarjana di Universitas Oxford. Mereka mencapai prestasi ini hanya dalam waktu empat bulan, yang merupakan hadiah besar bagi komunitas ilmiah.
AlphaFold3 dianggap sebagai tonggak sejarah dalam bidang ilmu biologi, khususnya dalam prediksi struktur protein, dan potensi penerapannya sangat besar. Namun, strategi DeepMind cukup mengecewakan. Karya mereka hanya tersedia untuk ilmuwan di server tertentu dan memiliki jumlah panggilan terbatas per hari, yang tampaknya membuka jalan bagi kepentingan komersial di masa depan. Meski begitu, para peneliti gembira dengan pencapaian ini karena berpotensi mengubah aturan permainan penemuan obat secara menyeluruh.
Saat banyak ilmuwan merasa frustrasi, tim Ligo dengan berani mengambil langkah pertama. Mereka tidak hanya mereproduksi model AlphaFold3, mereka juga berencana menjadikannya open source sehingga lebih banyak orang dapat memperoleh manfaat. Tim Ligo mengatakan model mereka saat ini efektif dalam memprediksi struktur protein, dan kemampuan lainnya akan segera menyusul.
Proses reproduksinya tidak sederhana. Tim sepenuhnya mengubah arsitektur model di makalah DeepMind menjadi kode PyTorch. Dalam prosesnya, mereka menemukan beberapa masalah pada makalah asli, seperti kesalahan rumus fungsi kerugian, yang dapat mempengaruhi efek pelatihan. Selain itu, mereka juga mengoptimalkan model aslinya, seperti memperkenalkan lapisan sisa untuk meningkatkan aliran gradien.
Yang menarik adalah tim Ligo tidak hanya mengikuti ide model asli dalam karya ini, tetapi juga berinovasi dan mencoba metode implementasi yang lebih efisien. Mereka bahkan hanya menggunakan 8 A100GPU selama proses pelatihan untuk menghasilkan model yang sesuai, dan efisiensinya sangat menarik.
Meskipun DeepMind menutup sementara hasil karena alasan komersial, keberhasilan reproduksi Ligo memberikan harapan dan memicu lebih banyak tim untuk menindaklanjutinya. Selain Ligo, tim OpenFold Universitas Columbia dan pengembang independen Phil Wang juga berpartisipasi aktif dalam gerakan sumber terbuka ini, membentuk ekosistem penelitian ilmiah yang hidup.
Alamat proyek: https://github.com/Ligo-Biosciences/AlphaFold3
Keberhasilan reproduksi tim Ligo tidak hanya mematahkan strategi tertutup DeepMind, namun juga menyediakan alat penelitian yang lebih nyaman bagi para ilmuwan di seluruh dunia. Ini bukan hanya kemenangan bagi AlphaFold3, tetapi juga kemenangan bagi semangat open source, yang menandai pesatnya perkembangan bidang prediksi struktur protein di masa depan. Kami menantikan lebih banyak tim yang bergabung untuk bersama-sama mendorong kemajuan ilmu biologi!