新しいアップデート

08/03/24 : 緑内障検出への新しいアプローチを紹介する新しい要約が公開されました: 緑内障検出のための網膜血管系の評価: 人間の専門知識と深層学習アルゴリズムの比較分析。
05/15/24 : Kaggle の EyePACS-light-V2 コードフォルダーには、緑内障検出を迅速かつ簡単にセットアップするための新しい PyTorch テンプレートが含まれています。このモデルは軽量の MobileNetV3 を使用し、92.6% のテスト精度を達成しました: https://www.kaggle.com/code/deathtrooper/pytorch-easy-setup-for-glaucoma-detection-92-6
03/09/24 : EyePACS-light-V2 の Kaggle ユーザビリティスコアは 10.0 になりました: 補足のmetadata.csv ファイルがデータセットに追加されました。
01/20/24 : データセットがどのように導出されたかについて興味がある場合は、EyePACS-light-V2 プリプロセスの高レベルの概要が、概要セクション (下までスクロール) の Kaggle データセットリンクで利用できるようになりました。
12/28/23 : ConvNeXtTiny を使用した EyePACS-light-V2 94.94% テスト精度ベンチマーク: https://www.kaggle.com/code/deathtrooper/benchmark-94-94-convnexttiny
12/12/23 : EyePACS-light-V2 が登場しました!!!この改良されたデータセットを使用してモデルのベンチマークを最初に行ってください。 kaggle からダウンロード: https://www.kaggle.com/datasets/deathtrooper/glaucoma-dataset-eyepacs-airrogs-light-v2/data

引用注記

このカタログが役に立ったと思われる場合は、以下の引用を検討してください。

ライリー・キーファー、ムハマド・アビッド、ジェシカ・スティーン、マーサ・ライシ・アルダリ、イーサン・アムジャディアン。 2023. 機械学習アプリケーション用の公開緑内障データセットのカタログ: 網膜眼底画像と OCT 画像を使用して緑内障関連の問題に取り組む機械学習エンジニアが利用できる、公開緑内障データセットの詳細な説明と分析。 2023 年の第 7 回情報システムとデータマイニングに関する国際会議 (ICISDM '23) の議事録。 Association for Computing Machinery、米国ニューヨーク州ニューヨーク、24 ～ 31 日。 https://doi.org/10.1145/3603765.3603779

公開緑内障データセットカタログ

[新しい緑内障データセットへのリンク/出版物を提供して、このリポジトリの拡張にご協力ください!]

リポジトリの目次

README.md : 緑内障の概要、関連研究、データセットへのアクセスリンク
benchmark-eyepacs-airrogs-light.md : EyePACS-AIROGS-light データセットの train/val セットを使用したテストセット評価のリーダーボード
summary.md : データセットクラスの内訳、画像タイプ、緑内障タイプ
data-availability.md : データセットイメージとセグメンテーションの可用性。
Origin.md : データセットの収集元と収集年。

緑内障の概要

AAOによると、「緑内障は目の視神経に損傷を与える病気です。緑内障は通常、目の前部分に液体が溜まったときに起こります。余分な液体によって眼圧が上昇し、視神経が損傷します。」これは失明の主な原因であり、治療せずに放置すると時間の経過とともに悪化します。検眼医は、眼底画像 (目の 2D 画像) または眼球干渉断層撮影 (OCT) 画像 (目の 3D 画像) を通じて緑内障を診断します。眼底画像では、検眼医は通常、眼杯または視神経乳頭の損傷を探します。 OCT 画像では、検眼医は通常、層の萎縮を探します。緑内障の検出を自動化するために、機械学習用にデータセットが厳選されています。眼底画像データセットは通常、健康な緑内障を区別するための緑内障分類、またはカップまたは椎間板の損傷を抽出して分析するための視神経乳頭セグメンテーションのために設計されています。 EyePACS-AIROGS-light のような高品質のベンチマークデータセットには、再現性を高めるための事前のトレーニング、検証、テストセットが含まれています。

データ例

ドリシュティ-GS	G1020	オリガライト	避難所1-VAL	乳頭

ユースケースの頭字語

分類
- BGC = 緑内障の二値分類 (健康対緑内障、または非緑内障対緑内障)
- MGC = 多発緑内障分類 (疑いを含む少なくとも 2 種類の緑内障)
セグメンテーション
- ODS = 光ディスクのセグメンテーション
- OCS = 光学カップのセグメンテーション
- BVS = 血管セグメンテーション
- OLS = OCT レイヤーセグメンテーション
- RNFLS = 網膜神経線維層セグメンテーション
他の
- LT = ローカリゼーションタスク
- IQA = 画質評価
- MIDI = マルチイメージドメイン入力
- CDR = カップ対ディスク比の推定値
- N = ノッチング
- VF = 視野情報/セグメンテーション

公開緑内障画像データセット

データセット	アクセスリンク	アクセシビリティ	緑内障のラベル?	使用事例
アクリマ	https://figshare.com/s/c2d31f850af14c5b5232	開ける	Y	BGC
年	https://age.grand-challenge.org/ダウンロード/	登録	Y	MGC、LT
BEH (バングラデシュ眼科病院)	https://github.com/mirtanvirislam/Deep-Learning-Based-Glaucoma-Detection-with-Cropped-Optic-Cup-and-Disc-and-Blood-Vessel-Segmentation/tree/master/Dataset	開ける	Y	BGC
ビオミサ	https://data.mendeley.com/datasets/2rnnz5nz74/2	開ける	Y	MGC、BGC、MIDI、OLS、CDR
チャクス-IMAGE	https://doi.org/10.6084/m9.figshare.20123135	開ける	Y	BGC
CRFO-v4	https://data.mendeley.com/datasets/trghs22fpg/4	開ける	Y	BGC、MDI、ODS、OCS
ハギス博士	https://personalpages.manchester.ac.uk/staff/niall.p.mcloughlin/	開ける	Y	BGC、BVS
DRIONS-DB	https://www.researchgate.net/publication/326460478_Glaucoma_dataset_-_DRIONS-DB	開ける	N	ODS
ドリシュティ-GS1	https://cvit.iiit.ac.in/projects/mip/drishti-gs/mip-dataset2/Home.php	開ける	Y	BGC、ODS、OCS、CDR、N
EyePACS-AIROGS	https://airrogs.grand-challenge.org/data-and-challenge/	開ける	Y	BGC、IQA
EyePACS-AIROGS-light (v1)	https://www.kaggle.com/datasets/deathtrooper/eyepacs-airrogs-light	登録	Y	BGC
EyePACS-AIROGS-light (v2)	https://www.kaggle.com/datasets/deathtrooper/glaucoma-dataset-eyepacs-airrogs-light-v2	登録	Y	BGC
ファイブ	https://figshare.com/articles/figure/FIVES_A_Fundus_Image_Dataset_for_AI-based_Vessel_Segmentation/19688169/1	開ける	Y	BGC、BVS
G1020	https://www.kaggle.com/datasets/arnavjain1/glaucoma-datasets	登録	Y	BGC、ODS、OCS
ガンマ	https://gamma.grand-challenge.org/	登録	Y	BGC?、ODS、OCS、OLS?、LT、MIDI
目標	https://ichallenges.grand-challenge.org/iChallenge-GON3/	登録	Y	BGC、OLS
グレープ	https://springernature.figshare.com/collections/GRAPE_A_multi-modal_glaucoma_dataset_of_follow-up_visual_field_and_fundus_images_for_glaucoma_management/6406319/1	開ける	Y	MGC、バージニア州
ハーバード大学GF	https://ophai.hms.harvard.edu/datasets/harvard-glaucoma-fairness-3300-samples/	リクエスト	N	BGC、VF、RNFLS、MIDI
HRF	https://www5.cs.fau.de/research/data/fundus-images/	開ける	Y
INSPIRE-AVR-テスト	https://medicine.uiowa.edu/eye/inspire-datasets	開ける	N
インスパイアステレオ	https://medicine.uiowa.edu/eye/inspire-datasets	開ける	N
JSIEC-1000	https://www.kaggle.com/datasets/linchundan/fundusimage1000	登録	Y
KEH (キムズ眼科病院)	https://dataverse.harvard.edu/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.7910/DVN/1YRRAC	開ける	Y
遅れ	https://github.com/smilell/AG-CNN	リクエスト	Y
レスAV	https://figshare.com/articles/dataset/LES-AV_dataset/11857698/1	開ける	Y
ルーヴェン - ハイファ HRF	https://rdr.kuleuven.be/dataset.xhtml?persistentId=doi:10.48804/Z7SHGO	リクエスト	Y	MGC、BVS
MSHF	https://www.nature.com/articles/s41597-023-02188-x#ref-CR17	開ける	Y	BGC、IQA
OCTV	https://zenodo.org/record/1481223#.Y20g3XbMIuV	開ける	Y
イア-ODIR	https://www.kaggle.com/datasets/andrewmvd/ocular-disease-recognition-odir5k	登録	Y
ONHSD	https://aldiri.info/Image%20Datasets/ONHSD.aspx	アクセスできない	Y
オリガライト	https://www.kaggle.com/datasets/sshikamaru/glaucoma-detection	登録	Y
乳頭	https://doi.org/10.6084/m9.figshare.14798004.v1	開ける	Y
避難所1	https://refuge.grand-challenge.org/REFUGE2Download/	登録	Y
避難所2	https://refuge.grand-challenge.org/REFUGE2Download/	登録	Y
リガビンラッシュ	https://deepblue.lib.umich.edu/data/concern/data_sets/3b591905z	開ける	N
リガ・マグラビ	https://deepblue.lib.umich.edu/data/concern/data_sets/3b591905z	開ける	N
リガ-メシドール	https://deepblue.lib.umich.edu/data/concern/data_sets/3b591905z	開ける	N
リムワンr1	http://medimrg.webs.ull.es/research/retinal-imaging/rim-one/	開ける	Y
リムワンr2	http://medimrg.webs.ull.es/research/retinal-imaging/rim-one/	開ける	Y
リムワンr3	http://medimrg.webs.ull.es/research/retinal-imaging/rim-one/	開ける	Y
リムワンDL	http://medimrg.webs.ull.es/research/retinal-imaging/rim-one/	開ける	Y
シギフ	https://github.com/XiaofeiWang2018/DeepGF	リクエスト	Y
SMDG	https://www.kaggle.com/datasets/deathtrooper/multichannel-glaucoma-benchmark-dataset	登録	Y
sjchoi86-HRF	https://github.com/yiweichen04/retina_dataset	開ける	Y
VEIRC	https://github.com/ProfMKD/Glaucoma-dataset	開ける	Y