ldsc corrplot rg

LDSC 遺伝相関結果の corrplot

概要

このリポジトリは、二変量 LD スコア回帰結果 (Kanai, M. et al ., Nat. Genet. 2018) に基づいて遺伝相関相関corrplot (図 2) を再現するためのスクリプトを提供します。

要件

• dplyr と corrplot の修正バージョン (mkanai/corrplot) を使用した R。

 install.packages("dplyr")
devtools::install_github("mkanai/corrplot")

遺伝的相関プロット (図 2)

二変量 LD スコア回帰によって推定されるペアワイズ遺伝相関を視覚化するために corrplot を変更しました。大きな正方形は、より重要な FDR に対応します ( corrplot(method = 'psquare', p.mat = p.mat, ...) )。有意な相関 (FDR < 0.05) はアスタリスクcorrplot(sig = 'pch', sig.level = 0.05, pch = '*') ) で示されます。

使用法

 Rscript plot_corrplot_rg.R input_example/input_rg.txt input_example/traitlist.txt

入力: 遺伝的相関 ( input_rg.txt )

このファイルは、ldsc ソフトウェアによって推定されたすべてのペアごとの遺伝的相関のリストを提供します。スクリプトは、すべての行が一意であることを想定しています (つまり、特性のペアごとに 1 行)。必須フィールドは次のとおりです。

• p1_category : 特性 1 の特性カテゴリ
• p1 : 特性 1
• p2_category : 特性 2 の特性カテゴリ
• p2 : 特性 2
• rg : 遺伝的相関
• p : P値
• q : FDR q値

入力: 特性リスト ( traitlist.txt )

このファイルには、特性とそのカテゴリのリストが含まれています。 Figure 内の各カテゴリの色を定義します。必須フィールドは次のとおりです。

• CATEGORY : 特性カテゴリ
• TRAIT : 特性名
• COLOR : カテゴリーカラー

出力

出力例を以下に示します。公開された図を取得するために、Adobe Illustrator を使用して PDF 出力を編集しました。

引用

オリジナルのcorrplotパッケージ:

• タイユン・ウェイとヴィリアム・シムコ。 R パッケージ「corrplot」: 相関行列の視覚化 (バージョン 0.85)。 (2018) https://github.com/taiyun/corrplot から入手できます。

データ例と公開された図:

• 金井 正人他日本人集団の量的形質の遺伝子分析により、細胞の種類と複雑なヒトの病気が関連付けられます。ナット。ジュネット。 50、390–400 (2018)。土井:10.1038/s41588-018-0047-6

接触

金井正博 ([email protected])

http://mkanai.github.io/

リンク

• JENGER（研究室のウェブサイト）
• バイオバンクジャパンプロジェクト
• 理化学研究所 統合医科学研究センター
• 国立生物科学データベースセンター ヒトデータベース
• 不正なプロット
• ldsc