RCAS
1.5.4
RCAS は、ハイスループット実験によって検出されたトランスクリプトーム全体の対象領域の機能分析のための汎用レポート ツールとして設計された R/Bioconductor パッケージです。このようなトランスクリプトーム領域は、たとえば、タンパク質と RNA の相互作用部位、RNA 修飾部位 (別名エピトランスクリプトーム)、CAGE タグの位置、またはその他のレベルでのクエリ領域のコレクションの CLIP-Seq 分析によって検出されるシグナル ピークである可能性があります。トランスクリプトーム。 RCAS は、転写物の特徴 (エクソン、イントロン、5'/3' UTR 領域、エクソンとイントロンの境界、プロモーター領域) に関するクエリ領域の分布に基づいて、詳細なアノテーションの概要とカバレッジ プロファイルを生成します。さらに、RCAS は機能強化分析と識別モチーフの発見を実行できます。 RCAS は、 BSgenome::available.genomesで利用可能なすべてのゲノム バージョンをサポートします。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)) install.packages("BiocManager")
BiocManager::install('RCAS')
library('devtools')
devtools::install_github('BIMSBbioinfo/RCAS')
conda install bioconductor-rcas -c bioconda
guix package -ir r-rcas
RCAS の使用方法の詳細については、以下を参照してください。
PAR-CLIP技術によって検出された PUM2 RNA 結合部位に関する RCAS レポート (Hafner et al、2010)
PAR-CLIP技術によって検出された QKI RNA 結合部位に関する RCAS レポート (Hafner et al、2010)
PAR-CLIP技術によって検出された IGF2BP123 RNA 結合部位に関する RCAS レポート (Hafner et al、2010)
deepCAGE分析によって検出された小さな RNA (tiRNA) 遺伝子座に関する RCAS レポート (Taft et al. 2009)
m1Aメチル化部位に関する RCAS レポート (Dominissini et al、2016)
RCAS を引用するには、以下を使用してください。
ボラ・ウヤル、ディルムラト・ユスフ、リカルド・ヴルムス、ニコラウス・ライェフスキー、ウーヴェ・オーラー、アルトゥナ・アカリン。 RCAS: トランスクリプトーム全体の関心領域に対する RNA 中心のアノテーション システム。核酸解像度 2017 gkx120。土井: 10.1093/nar/gkx120
こちらの出版物をご覧ください。
RCAS は、ベルリン医療システム生物学研究所 (BIMSB) の Bora Uyar (バイオインフォマティクス科学者)、Dilmurot Yusuf (バイオインフォマティクス科学者)、Ricardo Wurmus (システム管理者) によって、Altuna Akalin (科学バイオインフォマティクス プラットフォームの責任者) のグループで開発されました。ベルリンのマックス・デルブリュック分子医学センター（MDC）。
RCAS は、ドイツ バイオインフォマティクス インフラストラクチャ ネットワーク (de.NBI) の 8 つのセンターの 1 つである RNA バイオインフォマティクス センターの一部として、バイオインフォマティクス サービスとして開発されました。
