URD
Version 1.1.1
URD は、単一細胞 RNA 配列データを使用して、分岐ツリーの形式で仕様または分化プロセスの基礎となる転写軌跡を再構築するために設計された R パッケージです。世界樹を育て、すべての運命を決定する北欧神話の人物にちなんで名付けられました。
URDについては、以下で説明されています。
ゼブラフィッシュの胚形成中の発生軌跡の単一細胞再構築。
Farrell JA および Wang Y (同等の貢献)、Riesenfeld SJ、Shekhar K、Regev A および Schier AF (同等の貢献)。
科学 2018 年 4 月 26 日。doi: 10.1126/science.aar3131
開始するには、クイック スタート チュートリアルを確認してください: (表示) (ダウンロード)
Farrell & Wang らによる完全な補足分析は、次のとおりです。ゼブラフィッシュの胚形成中（受精後 3.3 ～ 12 時間）の発生軌跡の再構築を説明する論文も入手可能です。
Siebert、Farrellらによる完全な補足分析。成体ヒドラの発生軌跡の再構成を説明する論文も入手可能です。
Siebert、Farrellらの処理済みデータをプロットするためのチュートリアル。 (ダウンロードについては下記を参照してください) ここから入手できます
Farrell & Wang, et al.のゼブラフィッシュ胚形成 (受精後 3.3 ～ 12 時間) からの処理された URD オブジェクト。 Broad Single-cell Portal からダウンロードできます (ログインが必要です)。
Siebert、Farrellらによる成体のヒドラからの処理された URD オブジェクト。 Broad Single-cell Portal (ログインが必要) または Data Dryad からダウンロードできます。
詳細な変更点とマイナーバージョンは NEWS.md に記載されています。
バージョン1.1がリリースされました！これには、NMF モジュール解析を使用してダブレットを検出および削除するための新しい関数、擬似時間と相対的に遺伝子発現を調べるための新しい関数、およびデータを検査するための新しいプロット関数が含まれます。これには、単一細胞解像度で解決された Hydra の幹細胞分化軌跡という出版物が付属しています。
バージョン1.0がリリースされました！これは、私たちの原稿「ゼブラフィッシュの胚形成中の発生軌道の単一細胞再構成」に付属しています。
