biochatter
v0.7.9
| ライセンス | パイソン | ||
| パッケージ | ビルドステータス | ||
| テスト | ドッカー | ||
| 発達 | 貢献 |
生成 AI モデルは、幅広いタスクのアクセシビリティと自動化を高める上で非常に有用であることが示されています。しかし、必要とされる多様なモデルや補助技術を展開、テスト、評価するための共通のフレームワークが欠如していることもあり、生物医学分野への応用は依然として限られています。このリポジトリには、生物医学アプリケーションを会話型 AI に接続するための汎用バックエンド ライブラリであるbiochatter Python パッケージが含まれています。
このライブラリはこのプレプリントで説明されており、その使用法を示すさまざまなデモ アプリケーションで使用されています。
BioChatter Light と呼ばれる単純な Python ベースのフロントエンド。これは https://github.com/biocypher/biochatter-light で開発されています。
BioChatter Next と呼ばれる高度な Next.js ベースのフロントエンド。これは https://github.com/biocypher/biochatter-next で開発されています。
https://github.com/biocypher/biochatter-server にある Next フロントエンド (およびその他の REST ベースのアプリケーション) で使用する RESTful API サーバー。
BioChatter は BioCypher エコシステムの一部であり、BioCypher ナレッジ グラフにネイティブに接続します。 BioChatter の論文はここで書かれています。
このパッケージを使用するには、たとえば pip ( pip install biochatter ) または Poetry ( poetry add biochatter ) を使用して、PyPI からインストールします。
パッケージには、次のエクストラを使用してインストールできるオプションの依存関係がいくつかあります (例: pip install biochatter[xinference] )。
xinference : Xorbits 推論によるオープンソース LLM のクエリのサポート
podcast : ポッドキャストのテキスト読み上げのサポート (無料の Google TTS 用。有料の OpenAI TTS はこの追加機能なしで使用できます)
streamlit : streamlit UI 関数のサポート (BioChatter Light で使用)
例、使用例、その他の情報については、ドキュメントを参照してください。 BioChatter でカバーされる多くの一般的な機能は、BioChatter Light コード ベースで使用されていることがわかります。
大小を問わず、コミュニティからの貢献をとても嬉しく思っています。 BioCypher の開発に貢献したい場合は、貢献ガイドラインと開発者向けドキュメントを参照してください。 :)
非公式な質問をしたり、開発に関することについて話したり、ただチャットしたりしたい場合は、https://biocypher.zulipchat.com のコミュニティに参加してください。
インポスター症候群の免責事項:あなたの助けが必要です。いや、本当に。頭の中に、まだ準備ができていない、貢献できるほどのスキルが備わっていないという小さな声があるかもしれません。あなたの頭の中にある小さな声は間違っていると断言します。最も重要なことは、コードを書く以外にも貢献できる貴重な方法がたくさんあるということです。
この免責事項は、Pooch プロジェクトから改変されたものです。
計算生物学における大規模な言語モデルの使用法について詳しくは、このリポジトリをご覧ください。
Apple Silicon を使用している場合、 grpcio依存関係 ( pymilvusで使用されるgrpcライブラリ) に関する問題が発生する可能性があります。その場合は、ここから仮想環境からインストールされたパッケージを削除した後、ソースからバイナリをインストールしてみてください。
pip uninstall grpcio
export GRPC_PYTHON_LDFLAGS= " -framework CoreFoundation "
pip install grpcio==1.53.0 --no-binary :all:
