qtl power

GWAS 研究設計のための電力計算ルーチン

これは、ゲノムワイド関連研究で予想される検出効果の検出力曲線を迅速に計算するためのライブラリです。

インストール

スクリプトまたはノートブック内で直接使用するためにこのパッケージをインストールすることに興味がある場合は、次を実行してください。

 git clone https://gitlab.com/data-analysis5/qtl-power.git
cd qtl-power
pip install .

ソースから直接インストールします。

ノートブックによるインタラクティブな探索

よりインタラクティブなエクスペリエンスに主に興味がある場合は、上記のmybinderリンクから、事前に構築されたノートブックのいくつかをすぐに使用できます。これにより、ライブラリを使用して、複数の入力パラメーターに基づいて遺伝的関連性の検出力を比較するために一般的に使用されるプロットを生成できるようになります。

ドキュメント

現在、ドキュメントは/docsディレクトリに保持されており、 Sphinx使用して構築されています。ドキュメントを再構築するには:

 cd docsrc
make clean html copy
cd ..
git add docs/

次に、更新されたドキュメントのセットを作成するコミットを作成します。

参考文献

• マッティ・ピリネン (GWAS コースノート)
• Andriy Derkach、Haoyu Zhang、Nilanjan Chatterjee、Power Analysis for Genetic Association Test (PAGEANT) は、希少変異関連研究の課題に対する洞察を提供します、バイオインフォマティクス、第 34 巻、第 9 号、2018 年 5 月 1 日、ページ 1506–1513、https://doi .org/10.1093/バイオインフォマティクス/btx770
• ジェニファー・リー・ジョンソン、ゴンサロ・アベカシス GAS 電卓