lightdock
0.9.4
LightDock は、Glowworm Swarm Optimization (GSO) アルゴリズムに基づいた、タンパク質-タンパク質、タンパク質-ペプチド、およびタンパク質-DNA ドッキング フレームワークです。
LightDock フレームワークは汎用性が高く、ユーザーがさらに開発および最適化できる多くのオプションを備えています。ユーザー定義のスコアリング関数を受け入れることができ、局所的な勾配のない最小化を使用でき、シミュレーションを最初から制限して焦点を合わせることができます。ユーザーが割り当てた相互作用領域により、受容体とリガンドパートナーの両方の残基制限がサポートされます。
LightDock プロトコルと残基制限を利用するための最新情報が、オックスフォード バイオインフォマティクス ジャーナルに掲載されました。研究で LightDock を使用する場合は、次の参考文献を引用してください。
LightDock: タンパク質間ドッキングへの新しいマルチスケール アプローチ
ブライアン・ヒメネス＝ガルシア、ホルヘ・ロエル＝トゥーリス、ミゲル・ロメロ＝デュラナ、ミケル・ビダル、ダニエル・ヒメネス＝ゴンサレス、フアン・フェルナンデス＝レシオ
バイオインフォマティクス、第 34 巻、第 1 号、2018 年 1 月 1 日、49 ～ 55 ページ、https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555
LightDock は情報主導型になる
ホルヘ・ロエル・トゥーリス、アレクサンドル・MJJ・ボンバン、ブライアン・ヒメネス・ガルシア
バイオインフォマティクス、btz642;土井: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642
膜結合タンパク質集合体の統合モデリング
ホルヘ・ロエル・トゥーリス、ブライアン・ヒメネス・ガルシア、アレクサンドル・MJJ・ボンヴァン
Nat Commun 11 , 6210 (2020);土井: https://doi.org/10.1038/s41467-020-20076-5
Lightdock ソフトウェアは互換性があり、次の OS でテストされています。
Microsoft Windows は、プロトコルの多くの部分が実行できる可能性があるにもかかわらず、正式にサポートされていません。ご自身の責任でご使用ください。 Windows 用 LightDock のテストと開発に貢献したい場合は、お問い合わせください。
LightDock には次の依存関係があります。
オプションの依存関係は次のとおりです。
LightDock をインストールする最も速い方法は、 pip使用することです。
pip install lightdockLightDock コードの開発と拡張については、次の手順に従ってください。
このリポジトリのクローンを作成します。
git clone https://github.com/lightdock/lightdock.git依存関係が既にインストールされていることを確認してください (pip、パッケージ マネージャーなどを介して)。
仮想環境を作成してインストールすることをお勧めします。
virtualenv venv
source venv/bin/activate
cd lightdock
pip install -e .開発に pip または setuptools を使用しない場合は、すべての拡張機能をコンパイルする bash スクリプトがあります。
cd lightdock
./setup.sh~/.bashrcファイルに次の行を追加します。 /path/to/lightdock変更することを忘れないでください。
# LightDock
export LIGHTDOCK_HOME= " /path/to/lightdock "
export PATH= $PATH : $LIGHTDOCK_HOME /bin
export PYTHONPATH= $PYTHONPATH : $LIGHTDOCK_HOME変更を適用することを忘れないでください。
source ~ /.bashrcLightDock テストを実行できます。
cd lightdock
nosetestsLightDock プロトコルの実行方法に関する完全なドキュメント、およびいくつかのチュートリアルと使用例は、https://lightdock.org/tutorials にあります。
LightDock は積極的に開発されており、いくつかの問題が発生したり、LightDock を実行するために追加のヘルプが必要になる場合があります。このような場合、サポートを受けるには主に 2 つの方法があります。
LightDock は GPLv3 ライセンスの下で利用できます。詳細については、ライセンス文書を参照してください。
