nf validation 다운로드 - nf validation 소스 코드 다운로드

nf validation

기타 소스코드

Version 1.1.4 - Kushiro

다운로드

파이프라인 매개변수 및 샘플 시트의 검증 작업을 위한 Nextflow 플러그인입니다.

중요한

`nf-validation` 이제 `nf-schema` 로 이름이 변경되었습니다.

nf-validation 플러그인은 향후 업데이트를 받지 않습니다. 대신 nf-schema 사용하도록 파이프라인을 업데이트하세요.

자세한 내용은 https://github.com/nextflow-io/nf-schema를 참조하세요.

이 변경은 nf-validation 최신 버전으로 업데이트할 때 고정되지 않은 플러그인 참조가 포함된 이전 버전의 nf-core 파이프라인이 중단되는 것을 방지하기 위해 필요했습니다. 파이프라인의 nextflow.config 파일에 nf-schema 버전을 고정하세요.

plugins { id ' [email protected] ' }

소개

이 Nextflow 플러그인은 매개변수 및 샘플 시트 스키마로 작업하기 위해 Nextflow 파이프라인 스크립트에 포함될 수 있는 다양한 기능을 제공합니다. 이러한 기능을 사용하면 다음을 수행할 수 있습니다.

? 사용 지침을 터미널에 인쇄합니다( --help 와 함께 사용).
✍️ 기본값이 아닌 매개변수를 보여주는 로그 출력 인쇄
✅ 파이프라인 스키마에 대해 제공된 매개변수의 유효성을 검사합니다.
? 제공된 샘플 시트 파일의 내용을 검증합니다.
?️ 구문 분석된 샘플 시트로 Nextflow 채널 생성

지원되는 샘플 시트 형식은 CSV, TSV 및 YAML(단순)입니다.

빠른 시작

Nextflow 파이프라인 구성 파일에서 플러그인을 선언합니다.

plugins {
  id ' nf-validation '
}

이것이 필요한 전부입니다. Nextflow는 런타임에 플러그인 코드를 자동으로 가져옵니다.

메모

위의 코드 조각은 항상 최신 버전을 설치하려고 시도하므로 최신 버그 수정 사항이 포함되어 있는지 확인하는 것이 좋습니다! 그러나 오프라인으로 실행하는 경우 문제가 발생할 수 있습니다. [email protected] 구문을 사용하여 특정 릴리스를 고정할 수 있습니다.

이제 Nextflow 파이프라인에 플러그인 도우미 기능을 포함할 수 있습니다.

include { validateParameters; paramsHelp; paramsSummaryLog; fromSamplesheet } from ' plugin/nf-validation '

// Print help message, supply typical command line usage for the pipeline
if (params . help) {
   log . info paramsHelp( " nextflow run my_pipeline --input input_file.csv " )
   exit 0
}

// Validate input parameters
validateParameters()

// Print summary of supplied parameters
log . info paramsSummaryLog(workflow)

// Create a new channel of metadata from a sample sheet
// NB: `input` corresponds to `params.input` and associated sample sheet schema
ch_input = Channel . fromSamplesheet( " input " )