이 저장소는 선택한 유기체에 대한 모든 iModulon을 계산하고 특성화하는 계산 작업 흐름을 제공합니다. 이는 다음 5단계로 이루어집니다.
iModulon은 유전자 발현 데이터 세트의 ICA(독립 구성 요소 분석)를 통해 계산된 독립적 으로 변조 된 유전자 그룹입니다. iModulon에 대해 자세히 알아보거나 게시된 iModulon을 살펴보려면 iModulonDB를 방문하거나 Escherichia coli , Staphylococcus aureus 또는 Bacillus subtilis 에 대한 출판물을 참조하세요.
여기에서는 공개적으로 사용 가능한 RNA-seq 데이터를 기반으로 유기체에 대해 계산할 수 있는 모든 iModulon 세트인 유기체에 대한 Modulome 의 개념을 소개합니다. 계산 파이프라인은 Bacillus subtilis 에 대한 모듈로메를 계산하는 단계별 워크플로우를 제공합니다.
우리는 필요한 모든 소프트웨어와 함께 사전 구축된 Docker 컨테이너를 제공했습니다.
시작하려면 Docker와 Nextflow를 설치하세요.
conda environment.yml 파일에 나열된 모든 요구 사항을 사용하여 각 프로그램을 로컬로 실행할 수도 있습니다. 5단계(특성화된 iModulon)의 경우 pymodulon을 추가로 설치합니다.
다음 논문을 인용하십시오: iModulonMiner 및 PyModulon: 유전자 발현 개요의 감독되지 않은 마이닝을 위한 소프트웨어
