seqkit 다운로드 - seqkit 소스 코드 다운로드

seqkit

기타 소스코드

v2.9.0

다운로드

SeqKit - FASTA/Q 파일 조작을 위한 크로스 플랫폼 및 초고속 툴킷

브라우저에서 SeqKit을 사용해 보세요 (sandbox.bio에서 제공하는 튜토리얼 및 연습).
문서: http://bioinf.shenwei.me/seqkit( 사용법 , FAQ , 튜토리얼 및 벤치마크 )
소스 코드: https://github.com/shenwei356/seqkit
최신 버전:
인용해 주세요: ,
기타 :

SeqKit2의 하위 명령

특징

간편한 설치 (다운로드)

여러 플랫폼(Linux/Windows/macOS, amd64/arm64)에 대해 정적으로 링크된 실행 가능 바이너리 제공
가볍고 즉시 사용 가능하며 종속성 없음, 컴파일 없음, 구성 없음
conda install -c bioconda seqkit

사용하기 쉬움

초고속(기술 세부정보 및 벤치마크 참조)
FASTA 및 FASTQ 형식을 모두 원활하게 구문 분석합니다.
지원( gzip / xz / zstd / bzip2 압축) STDIN/STDOUT 및 입력/출력 파일, 파이프에 쉽게 통합
재현 가능한 결과( sample 및 shuffle 에서 구성 가능한 랜드 시드)
정규식을 통해 사용자 정의 시퀀스 ID 지원
Bash/Zsh 자동 완성 지원

다양한 명령 (용도 및 예)

38개의 하위 명령이 지원하는 실용적인 기능

설치

더 많은 다운로드 옵션과 변경 로그를 보려면 다운로드 페이지로 이동하거나 conda를 통해 설치하세요.

conda install -c bioconda seqkit

하위 명령

범주	명령	기능	입력	가닥 감도	멀티스레드
기본 조작	순서	시퀀스 변환: ID/seq 추출, 길이/품질별 필터링, 간격 제거…	FASTA/Q
	통계	단순 통계: #seqs, min/max_len, N50, Q20%, Q30%…	FASTA/Q		✓
	하위 시퀀스	측면 시퀀스를 포함하여 지역/gtf/베드별로 하위 시퀀스 가져오기	FASTA/Q	+ 또는/및 -
	슬라이딩	슬라이딩 윈도우에서 하위 시퀀스 추출	FASTA/Q	+만
	faidx	FASTA 인덱스 파일 생성 및 하위 시퀀스 추출(samtools faidx보다 더 많은 기능 포함)	파스타	+ 또는/및 -
	번역하다	DNA/RNA를 단백질 서열로 번역	FASTA/Q	+ 또는/및 -
	보다	시퀀스 기능의 모니터링 및 온라인 히스토그램	FASTA/Q
	스캣	fastx 파일의 실시간 연결 및 스트리밍	FASTA/Q		✓
형식 변환	fq2fa	FASTQ를 FASTA 형식으로 변환	패스트큐
	fx2tab	FASTA/Q를 표 형식으로 변환	FASTA/Q
	fa2fq	FASTA 파일로 해당 FASTQ 레코드 검색	FASTA/Q	+만
	탭2FX	표 형식을 FASTA/Q 형식으로 변환	TSV
	전환하다	Sanger, Solexa 및 Illumina 간 FASTQ 품질 인코딩 변환	FASTA/Q
수색	grep	ID/이름/시퀀스/시퀀스 모티브로 시퀀스 검색, 불일치 허용	FASTA/Q	+ 및 -	부분적으로, -m
	위치하고 있다	하위 시퀀스/모티프 찾기, 불일치 허용	FASTA/Q	+ 및 -	부분적으로, -m
	앰플리콘	앰플리콘(또는 그 주변의 특정 영역) 추출, 불일치 허용	FASTA/Q	+ 및 -	부분적으로, -m
	물고기	더 큰 시퀀스에서 짧은 시퀀스를 찾으세요.	FASTA/Q	+ 및 -
동작 설정	견본	숫자 또는 비율에 따른 샘플 시퀀스	FASTA/Q
	rmdup	ID/이름/시퀀스별로 중복된 시퀀스 제거	FASTA/Q	+ 및 -
	흔한	ID/이름/시퀀스로 여러 파일의 공통 시퀀스 찾기	FASTA/Q	+ 및 -
	복제하다	시퀀스를 N번 복제합니다.	FASTA/Q
	나뉘다	ID/seq 영역/크기/부분별로 시퀀스를 파일로 분할합니다(주로 FASTA의 경우).	FASTA 선호
	분할2	시퀀스를 크기/부분별로 파일로 분할(FASTA, PE/SE FASTQ)	FASTA/Q
	머리	처음 N개의 FASTA/Q 레코드를 인쇄합니다.	FASTA/Q
	머리 게놈	이름에 공통 접두사가 있는 첫 번째 게놈의 시퀀스 인쇄	FASTA/Q
	범위	특정 범위(시작:끝)의 FASTA/Q 레코드를 인쇄합니다.	FASTA/Q
	쌍	두 개의 fastq 파일에서 페어드 엔드 읽기 패치	FASTA/Q
편집하다	바꾸다	이름/시퀀스를 정규식으로 바꾸기	FASTA/Q	+만
	이름 바꾸기	중복된 ID 이름 바꾸기	FASTA/Q
	연결	여러 파일에서 동일한 ID를 가진 시퀀스 연결	FASTA/Q	+만
	다시 시작하다	원형 게놈의 시작 위치 재설정	FASTA/Q	+만
	돌연변이를 일으키다	서열 편집(점 돌연변이, 삽입, 삭제)	FASTA/Q	+만
	사나	깨진 단일 행 FASTQ 파일을 삭제합니다.	패스트큐
주문	종류	ID/이름/시퀀스/길이별로 시퀀스 정렬	FASTA 선호
	혼합	순서 섞기	FASTA 선호
BAM 처리	빵	BAM 기록 기능의 모니터링 및 온라인 히스토그램	밤
여러 가지 잡다한	합집합	FASTA/Q 파일의 모든 시퀀스에 대한 메시지 다이제스트를 계산합니다.	FASTA/Q		✓
	병합 슬라이드	seqkit 슬라이딩에서 생성된 슬라이딩 창 병합	TSV

참고:

가닥 감도:

+ only : 포지티브/포워드 가닥에서만 처리합니다.
+ and - : 두 가닥 모두에서 검색합니다.
+ or/and - : 사용자의 플래그/옵션/인수에 따라 다릅니다.

다중 스레드: 기본 4개 스레드를 사용하면 대부분의 명령에 충분히 빠르며 일부 명령은 추가 스레드의 이점을 누릴 수 있습니다.

소환

Wei Shen*, Botond Sipos 및 Liuyang Zhao. 2024. SeqKit2: 시퀀스 및 정렬 처리를 위한 스위스 군용 칼. 아이메타 e191. doi:10.1002/imt2.191.
Wei Shen, Shuai Le, Yan Li*, Fuquan Hu*. SeqKit: FASTA/Q 파일 조작을 위한 크로스 플랫폼 및 초고속 툴킷입니다. 플로스 원 . doi:10.1371/journal.pone.0163962.