pbbam
Version 2.1.0
SMRTanalytic 3.0 릴리스부터 PacBio는 (정렬 및 정렬되지 않은) 베이스콜 데이터 파일에 대한 업계 표준 BAM 형식을 수용하고 있습니다. 또한 우리는 더 풍부한 읽기별 정보 세트에 빠르게 액세스할 수 있을 뿐만 아니라 레거시 cmp.h5 형식을 기반으로 구축된 소프트웨어에 대한 호환성을 가능하게 하는 BAM 동반 파일 형식(bam.pbi)을 공식화했습니다.
pbbam 소프트웨어 패키지는 PacBio BAM 파일 및 관련 색인을 생성, 쿼리 및 편집하는 구성 요소를 제공합니다. 이러한 구성 요소에는 핵심 C++ 라이브러리, 추가 언어에 대한 바인딩 및 명령줄 유틸리티가 포함됩니다.
최신 pbbam bioconda 패키지 pbbam 통해 설치할 수 있습니다.
설치, 지원, 라이선스, 저작권 및 고지 사항에 대한 정보는 공식 pbbioconda 페이지를 참조하세요.
이 라이브러리는 범용 BAM 유틸리티로 사용하기 위한 것이 아닙니다 . 모든 입력 및 출력 BAM은 PacBio BAM 형식 사양을 준수해야 합니다. PacBio 이외의 BAM을 사용하면 예외가 발생합니다.
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변경 내역
pbbam은 모든 BAM 파일의 유효성을 검사하고 이 유효성 검사의 일부로 제공된 BAM 파일의 모든 ReadGroup에 있는 BindingKit 및 SequencingKit 변수가 알려져 있는지 확인합니다. 지속적인 화학 개발의 일환으로 새로운 시약 및/또는 SMRT 세포를 식별하기 위해 새로운 부품 번호를 도입해야 할 수도 있습니다. SMRT Link에는 새 화학물질을 주기적으로 확인하고 자동으로 설치하는 통합 자동 업데이트 기능이 있으므로 SMRT Link를 사용할 때 이러한 문제가 발생할 가능성이 거의 없습니다. 적절한 SMRT Link 설치 없이 사용되는 모든 PacBio 도구는 새 화학물질을 다운로드하기 위해 수동 개입이 필요합니다.
cd < some persistent dir >
export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR= " ${PWD} "
wget https://raw.githubusercontent.com/PacificBiosciences/pbcore/develop/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml -O chemistry.xml 이로 인해 pbbam은 SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR 에서 대역 외 chemistry.xml 로드하려고 시도하며 다소 새로운 BAM과 함께 다소 오래된 소프트웨어를 사용할 수 있게 됩니다. 참고: 이는 pbbam 의 내부 검증만 통과하도록 허용하며, 다른 화학 의존 소프트웨어가 최신 화학과 자동으로 작동하도록 만들지는 않습니다. 예를 들어 Arrow의 백엔드(Unanimity)는 화학에 대해서도 매개변수화되어 있으며 완전히 새로운 화학이 도입되면 실패할 것입니다. SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR 사용하여 새로운 화학에 대한 모델을 로드하는 방법에 대한 Unanimity의 FAQ를 참조하세요.
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