셀2tcr

Cell2TCR은 T세포 수용체(TCR) 모티프를 추론하는 도구입니다. TCR 모티프는 공통 에피토프를 인식할 가능성이 있는 충분한 서열 유사성을 갖는 TCR 그룹을 나타냅니다.

시작하기

cell2tcr.ipynb의 사용 예를 참조하세요.

설치

1. 새로운 콘다 환경 생성

 conda create --name cell2tcr_env python=3.10
conda activate cell2tcr_env

2. Github에서 Cell2TCR 설치

git clone https://github.com/Teichlab/cell2tcr.git
cd cell2tcr
pip install .

3. 선택사항: Jupyter 노트북에서 사용할 커널 추가

 python -m ipykernel install --user --name cell2tcr_env

인간 SARS-CoV-2 챌린지는 국소 및 전신 반응 역학을 밝혀냅니다.

자연에 게시됨 2024년 6월 19일

Rik GH Lindeboom*, Kaylee B. Worlock*, Lisa M. Dratva, Masahiro Yoshida, David Scobie, Helen R. Wagstaffe, Laura Richardson, Anna Wilbrey-Clark, Josephine L. Barnes, Lorenz Kretschmer, Krzysztof Polanski, Jessica Allen-Hyttinen , 푸자 메타, 디니티 수마나위라, 재클린 M. 보카치노, 와라돈 성낙, 라사 엘멘타이트, 니 황, 리라 마마노바, 라케시 카푸게, 리암 볼트, 엘레나 프리그모어, 벤 킬링리, 마리야 칼리노바, 마리아 메이어, 앨리슨 보이어스, 알렉스 맨, 레오 스와들링 , 막시밀리안 NJ 우달, 사무엘 엘리스, 클레어 M. 스미스, 비토 H. 테세이라, 샘 M. 제인스, 레이첼 C. 챔버스, 무즐리파 하니파, 앤드루 캐치폴, 로버트 하이더만, 마흐다드 누르사데기, 베니 체인, 안드레아스 메이어, 커스틴 B. 메이어 , Christopher Chiu, Marko Z. Nikolić† 및 Sarah A. Teichmann†