최종 업데이트 날짜: 2024년 5월 3일
이 저장소는 더 이상 사용되지 않으며 더 이상 유지 관리되지 않습니다.
이는 PacBio의 장독 AAV 시퀀싱 데이터를 분석하기 위한 개인 저장소였습니다. 오픈 소스 코드는 현재 FormBio의 LAAVA 저장소에서 유지 관리 및 개발되고 있습니다. 최신 코드베이스를 얻으려면 LAAVA를 방문하세요! 감사해요!
필요한 Python 라이브러리:
R 패키지가 필요합니다:
저장소를 직접 다운로드/복제하여 스크립트를 직접 사용할 수 있습니다.
$ git clone https://github.com/Magdoll/AAV.git
종속성을 직접 설치하거나 다음 conda 기반 옵션 중 하나를 사용할 수 있습니다.
conda install -c bioconda pysam
conda install -c r ggplot2
conda install -c r dpylr
conda install -c r grid
conda install -c r gridExtra
아나콘다가 설치되어 있고 바이너리가 $HOME/anaCogentPy37/bin 에 있다고 가정합니다. $PATH에 바이너리를 추가하고 AAV.env 라는 새 conda 환경을 만듭니다.
$ export PATH=$HOME/anaCogentPy37/bin:$PATH
$ conda env create -f AAV.conda_env.yml
$ source activate AAV.env
이 시점에서 프롬프트는 (AAV.env) $ 로 변경되어야 합니다.
AAV 튜토리얼을 읽어보세요.
